| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 1,475,878 – 1,475,998 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.677934 |
| Location | 1,475,878 – 1,475,998 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 86.28 |
| Mean single sequence MFE | -53.15 |
| Consensus MFE | -47.15 |
| Energy contribution | -45.52 |
| Covariance contribution | -1.63 |
| Combinations/Pair | 1.38 |
| Mean z-score | -1.52 |
| Structure conservation index | 0.89 |
| SVM decision value | 0.30 |
| SVM RNA-class probability | 0.677934 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 1475878 120 + 27905053 ACCGAUCGGCCAGUGCGACGCGGCGCUGGGCGAUCUGCUUAGCGAGUUGCAACGCGAUCCUUGGCCGGUGCCGCAGGGCAAGCGUUACCUGCGCUCCACUGGUGCCGCCCUAUCUAUUGC ...(((((.(((((((......))))))).)))))(((..........)))..(((((....((.(((..(((...((..(((((.....)))))))..)))..))).)).....))))) ( -50.80) >DroVir_CAF1 9633 120 + 1 GCCGAUCAGCCAGUGCGAUACCGCACUGGGUGAUCUGCUAAGCGAGCUGCAACGUGACCCUUGGCCGGUGCCGCAGGGCAAGCGCUAUCUACGCUCCACGGGCGCUGCUCUCUCAAUUGC ((.(((((.((((((((....)))))))).))))).))..((.((((.((..((((.((((((((....)))).))))..((((.......)))).))))...)).)))).))....... ( -55.30) >DroWil_CAF1 9106 120 + 1 GCCGAUCAGUCAGUGCGAUGCAGCACUGGGUGACCUGCUCAGUGAAUUGCAACGUGACCCUUGGCCGGUGCCGCAGGGCAAGCGCUACCUGCGUUCCACAGGCGCUGCUCUUUCCAUUGC (((((...((((.((((((....((((((((.....)))))))).))))))...))))..)))))((((((((((((((....))..)))))(.....).)))))))............. ( -47.90) >DroYak_CAF1 9328 120 + 1 GCCGAUCGGCCAGUGUGACGCUGCACUGGGCGAUCUGCUUAGCGAGUUGCAGCGCGAUCCUUGGCCGGUGCCGCAGGGCAAGCGUUACCUGCGCUCCACUGGAGCCGCCCUCUCUAUUGC ((.(((((.(((((((......))))))).))))).)).(((.(((..(((((((..((((((((....)))).))))...)))))....(.(((((...)))))))).))).))).... ( -52.90) >DroMoj_CAF1 10645 120 + 1 GCCGAUCAGCCAGUGCGACACGGCACUGGGUGAUCUGCUGAGCGAAUUGCAACGCGACCCUUGGCCGGUGCCGCAGGGCAAGCGCUAUCUGCGCUCCACAGGCGCCGCACUUUCGAUUGC ((.(((((.(((((((......))))))).))))).))....((((.(((...((........)).((((((....((..(((((.....)))))))...)))))))))..))))..... ( -55.30) >DroAna_CAF1 9090 120 + 1 GCCGAUCGGCCAGUGUGACACAGCAUUGGGCGAUCUGCUCAGCGAACUGCAGCGCGAUCCCUGGCCAGUGCCGCAGGGCAAGCGCUACCUGCGCUCCACGGGCGCUGCUCUUUCGAUAGC ((.(((((.(((((((......))))))).))))).))....((((..(((((((...((.(((....((((....))))(((((.....)))))))).)))))))))...))))..... ( -56.70) >consensus GCCGAUCAGCCAGUGCGACACAGCACUGGGCGAUCUGCUCAGCGAAUUGCAACGCGACCCUUGGCCGGUGCCGCAGGGCAAGCGCUACCUGCGCUCCACAGGCGCCGCUCUUUCGAUUGC ((((((((.(((((((......))))))).)))))......(((........))).......)))(((((((....((..(((((.....)))))))...)))))))............. (-47.15 = -45.52 + -1.63)
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