Locus 3911

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 10,654,387 – 10,654,482
Length 95
Max. P 0.582757
window6262

overview

Window 2

Location 10,654,387 – 10,654,482
Length 95
Sequences 6
Columns 114
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.42
Mean single sequence MFE -37.48
Consensus MFE -25.34
Energy contribution -25.20
Covariance contribution -0.14
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.34
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.582757
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10654387 95 + 27905053
GGCUGGGUCCAUCGUGGUAGUCAUCAUGUGGCAUUCAUAA-----UUAUCCACCAGCUGCAGCAGACGCAGCCAAAUUUGGUG----UCAUGCGUGUUGACAGG----------
((.((((((((.((((((....))))))))).........-----..)))))))..(((((((..(((((((((....)))).----...))))))))).))).---------- ( -27.80)
>DroPse_CAF1 3022 112 + 1
GGUUGGGCUCAUCGCCGUCAUCGCCAU--GGCUGCCAUGACGCUGUUAUCCAGCUGCUGCAGCAGACGCAGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUCCGUGUUGACAGUCGAUUGGCUC
....(((((.(((((.((((.(((...--.(((((...(..((((.....))))..).))))).((((((((((....)))).))))))....))).)))).).)))).))))) ( -45.60)
>DroSec_CAF1 3423 99 + 1
GGCUGGGUCCAUCGUGGUAAUCAUCAUGUGGCAUUCAUAA-----UUAUCCAGCAGCUGCAGCAGACGCGGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUGCGUGUUGACAGG----------
.((((((((((.((((((....))))))))).........-----..)))))))..((((((((((((((((((....)))).)))))).....))))).))).---------- ( -35.50)
>DroEre_CAF1 3356 98 + 1
GGCUGGGC-CAUCGCAGCCGUCAUCAUGUGGCAUUCAUAA-----UUAUCCAGCAGCUGCAGCAGACGCGGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUGCGUGUUGACAGG----------
(((((.(.-...).)))))((((.((((..((........-----..........))..).(((((((((((((....)))).)))))).)))))).))))...---------- ( -36.97)
>DroYak_CAF1 3425 99 + 1
GGCUGGGCCCAUCGUAGCCAUCAUCGUGUGGCAUUCAUAA-----UUAUCCAGCAGCUGCAGCAGACGCGGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUGCGUGUUGACAGG----------
.(((((((.....)).(((((......)))))........-----....)))))..((((((((((((((((((....)))).)))))).....))))).))).---------- ( -33.70)
>DroPer_CAF1 3012 111 + 1
GGUUGGGCUCAUCGCCGUCAUCGCCAU--GGCUGCCAUGACGCUGUUAUCCAGCUGCUGCAGCAGACGCAGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUCCGUGUUGACAGUCGAUUGGC-C
.....((((.(((((.((((.(((...--.(((((...(..((((.....))))..).))))).((((((((((....)))).))))))....))).)))).).)))).)))-) ( -45.30)
>consensus
GGCUGGGCCCAUCGCAGUCAUCAUCAUGUGGCAUUCAUAA_____UUAUCCAGCAGCUGCAGCAGACGCAGCCAAAUUUGGUGUGCGUCAUGCGUGUUGACAGG__________
.(((((((((((.((.......)).))).)))....((((.....)))))))))..((((((((((((((((((....)))).)))))).....))))).)))........... (-25.34 = -25.20 +  -0.14)

alignment

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secondary structure

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