Locus 389

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 1,463,759 – 1,463,879
Length 120
Max. P 0.816049
window643

overview

Window 3

Location 1,463,759 – 1,463,879
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.00
Mean single sequence MFE -48.12
Consensus MFE -44.82
Energy contribution -44.98
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.24
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 0.66
SVM RNA-class probability 0.816049
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1463759 120 + 27905053
AGGGCGCAGCUGUGCUCUUGCUGGAAGAACUGGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCCAUUCUAGCUGAGAUUCUGGGCUACGGCUUGUCCGGCGAUGCCUAUCACAUAACGUCGCCCA
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>DroSec_CAF1 36270 120 + 1
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>DroSim_CAF1 34554 120 + 1
AGGGCGCAGCUGUGCUCUUGCUAGAGGAACUGGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCCAUUCUAGCCGAGAUUCUGGGCUACGGCUUGUCCGGAGAUGCCUACCACAUAACGUCGCCCA
.((((((...(((((((..(((((((.....(((((.(.((((....))))).)))))..))))))).))).((((((((........))))))))........))))....).))))). ( -50.20)
>DroEre_CAF1 38166 120 + 1
AGGGCGCAGCUGUGCUCCUGCUGGAAGAACUGGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCUAUUCUAGCCGAGAUUCUGGGCUACGGAUUGUCCGGCGAUGCCUACCACAUAACCUCGCCAA
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>DroYak_CAF1 36542 120 + 1
AGGGCGCAGCUGUCCUUUUGCUGGAAGAACUAGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCUAUUCUAGCCGAGAUUCUGGGCUACGGAUUAUCCGGCGAUGCCUAUCACAUAACCUCGCCAA
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>consensus
AGGGCGCAGCUGUGCUCUUGCUGGAAGAACUGGAGCACGCCCGCGCUCGGGGAGCUCCUAUUCUAGCCGAGAUUCUGGGCUACGGCUUGUCCGGCGAUGCCUAUCACAUAACGUCGCCCA
.(((((..(.(((((((..(((((((.....(((((.(.((((....))))).)))))..))))))).)))....(((((..(((.....))).....)))))...)))).)..))))). (-44.82 = -44.98 +   0.16)

alignment

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