Locus 3850

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 10,498,649 – 10,498,772
Length 123
Max. P 0.966626
window6166 window6167 window6168 window6169

overview

Window 6

Location 10,498,649 – 10,498,742
Length 93
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.50
Mean single sequence MFE -27.27
Consensus MFE -15.93
Energy contribution -17.60
Covariance contribution 1.67
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.63
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 1.03
SVM RNA-class probability 0.903747
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10498649 93 + 27905053
AGCAC--AAGCACGUCUAAUUAAUGCAAGCCGC------CAGACAUCGCAGAUGUCUGACAACCCUGCUAUGUAUCUCACAGAUACAC--------UUGUGCUCAGCAA
(((((--(((..............(((.(..(.------((((((((...)))))))).)...).)))..((((((.....)))))))--------)))))))...... ( -27.90)
>DroSec_CAF1 147434 93 + 1
AGCAC--AAGCACGUCUAAUUAAUGCAAGCCGC------CAGACAUCGCAGAUGUCUGACAACCCUGCUAUGUAUCUCACAGAUACAC--------UUGUGCUUAGCAA
(((((--(((..............(((.(..(.------((((((((...)))))))).)...).)))..((((((.....)))))))--------)))))))...... ( -27.90)
>DroSim_CAF1 45343 93 + 1
AGCAC--AAGCACGUCUAAUUAAUGCAAGCCGC------CAGACAUCGCAGAUGUCUGACAACCCUGCUAUGUAUCUCACAGAUACAC--------UUGUGCUUAGCAA
(((((--(((..............(((.(..(.------((((((((...)))))))).)...).)))..((((((.....)))))))--------)))))))...... ( -27.90)
>DroEre_CAF1 45694 90 + 1
AG-----AAACACGUCUAAUUAAUGCAAGCCGG------CAGACAUCGCAGAUGUCUGACAACCCUGGUAUGUAUCUCGCAGAUACAG--------AUGCGCUUAGCAA
..-----................(((((((.(.------((((((((...)))))))).).......(((((((((.....)))))).--------.))))))).))). ( -24.20)
>DroYak_CAF1 45253 98 + 1
AG-----AAACACGUCUAAUUAAUGCAAGCCGG------CAGACAGCGCCGAUGUCUGACAACCCUGGUAUGUAUCUCGCAGAUACAGAUACACAGAUACGCUUAGCAA
..-----................((((((((((------(.......)))).((((((...((....)).((((((.....))))))......)))))).)))).))). ( -25.50)
>DroAna_CAF1 39175 99 + 1
UGCCCAGAAAGGCGUCUAAUUAAGGCA-GCUGCCAGCAGCAGAACACGCAGAUGUCUGAG-ACCGGGCUGAGCAUCUUGCAGAUACAG--------AUGCGAUUCGCAU
.((((.(..((((((((......(((.-...)))....((.......))))))))))...-.).))))...((((((.(......)))--------))))......... ( -30.20)
>consensus
AGCAC__AAACACGUCUAAUUAAUGCAAGCCGC______CAGACAUCGCAGAUGUCUGACAACCCUGCUAUGUAUCUCACAGAUACAC________AUGCGCUUAGCAA
.......................(((((((.........((((((((...))))))))............((((((.....)))))).............)))).))). (-15.93 = -17.60 +   1.67)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 10,498,649 – 10,498,742
Length 93
Sequences 6
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.50
Mean single sequence MFE -35.15
Consensus MFE -19.25
Energy contribution -21.12
Covariance contribution 1.86
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.42
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 1.60
SVM RNA-class probability 0.966626
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10498649 93 - 27905053
UUGCUGAGCACAA--------GUGUAUCUGUGAGAUACAUAGCAGGGUUGUCAGACAUCUGCGAUGUCUG------GCGGCUUGCAUUAAUUAGACGUGCUU--GUGCU
..(((((((((..--------(((((((.....))))))).(((((.((((((((((((...))))))))------)))))))))...........))))))--).)). ( -41.60)
>DroSec_CAF1 147434 93 - 1
UUGCUAAGCACAA--------GUGUAUCUGUGAGAUACAUAGCAGGGUUGUCAGACAUCUGCGAUGUCUG------GCGGCUUGCAUUAAUUAGACGUGCUU--GUGCU
..(((((((((..--------(((((((.....))))))).(((((.((((((((((((...))))))))------)))))))))...........))))))--).)). ( -42.50)
>DroSim_CAF1 45343 93 - 1
UUGCUAAGCACAA--------GUGUAUCUGUGAGAUACAUAGCAGGGUUGUCAGACAUCUGCGAUGUCUG------GCGGCUUGCAUUAAUUAGACGUGCUU--GUGCU
..(((((((((..--------(((((((.....))))))).(((((.((((((((((((...))))))))------)))))))))...........))))))--).)). ( -42.50)
>DroEre_CAF1 45694 90 - 1
UUGCUAAGCGCAU--------CUGUAUCUGCGAGAUACAUACCAGGGUUGUCAGACAUCUGCGAUGUCUG------CCGGCUUGCAUUAAUUAGACGUGUUU-----CU
.....((((((.(--------(((((((.....)))))......((((((.((((((((...))))))))------.)))))).........))).))))))-----.. ( -27.50)
>DroYak_CAF1 45253 98 - 1
UUGCUAAGCGUAUCUGUGUAUCUGUAUCUGCGAGAUACAUACCAGGGUUGUCAGACAUCGGCGCUGUCUG------CCGGCUUGCAUUAAUUAGACGUGUUU-----CU
.....(((((..(((((((((((((....)).))))))))....((((((.((((((.......))))))------.)))))).........)))..)))))-----.. ( -26.50)
>DroAna_CAF1 39175 99 - 1
AUGCGAAUCGCAU--------CUGUAUCUGCAAGAUGCUCAGCCCGGU-CUCAGACAUCUGCGUGUUCUGCUGCUGGCAGC-UGCCUUAAUUAGACGCCUUUCUGGGCA
.........((((--------((((....)).)))))).(((((((((-..(((((((....))).))))..)))))..))-))............((((....)))). ( -30.30)
>consensus
UUGCUAAGCACAA________CUGUAUCUGCGAGAUACAUAGCAGGGUUGUCAGACAUCUGCGAUGUCUG______GCGGCUUGCAUUAAUUAGACGUGCUU__GUGCU
..((.((((((...........((((((.....))))))..(((((.((((((((((((...))))))))......)))))))))...........))))))....)). (-19.25 = -21.12 +   1.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 10,498,680 – 10,498,772
Length 92
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.48
Mean single sequence MFE -31.23
Consensus MFE -17.04
Energy contribution -18.43
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.38
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 1.16
SVM RNA-class probability 0.923719
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10498680 92 + 27905053
-CAGACAUCGCAGAUGUCUGACAACCCUGCUAUGUAUCUCACAGAUACAC--------UUGUGCUCAGCAAUUGCAUU--GCAGGGGGAUACACAGUCGC------GGU
-((((((((...))))))))...((((.(((.((((((((((((......--------)))))(((.(((((...)))--)).)))))))))).))).).------))) ( -30.90)
>DroSec_CAF1 147465 91 + 1
-CAGACAUCGCAGAUGUCUGACAACCCUGCUAUGUAUCUCACAGAUACAC--------UUGUGCUUAGCAAUUGCAU---GCAGGGCGAUACACAGUCGA------GGU
-((((((((...))))))))....((((((..((((((.....)))))).--------..((((.........))))---))))))((((.....)))).------... ( -32.30)
>DroSim_CAF1 45374 91 + 1
-CAGACAUCGCAGAUGUCUGACAACCCUGCUAUGUAUCUCACAGAUACAC--------UUGUGCUUAGCAAUUGCAU---GCAGGGCGAUACACAGUCGC------GGU
-((((((((...)))))))).....(((((..((((((.....)))))).--------..((((.........))))---)))))(((((.....)))))------... ( -33.50)
>DroEre_CAF1 45722 91 + 1
-CAGACAUCGCAGAUGUCUGACAACCCUGGUAUGUAUCUCGCAGAUACAG--------AUGCGCUUAGCAAUUGCAU---GCAGAGCGAAACACAGUCAC------AGU
-((((((((...))))))))......(((...((((((.....))))))(--------((.(((((.(((......)---)).))))).......))).)------)). ( -28.30)
>DroYak_CAF1 45281 99 + 1
-CAGACAGCGCCGAUGUCUGACAACCCUGGUAUGUAUCUCGCAGAUACAGAUACACAGAUACGCUUAGCAAUUGCAU---GCAGGGCGAAACACAGUCGC------GGU
-........((((.((.(((......((((((((((((.....))))))..))).)))...((((..(((......)---))..)))).....))).)))------))) ( -29.70)
>DroAna_CAF1 39212 100 + 1
GCAGAACACGCAGAUGUCUGAG-ACCGGGCUGAGCAUCUUGCAGAUACAG--------AUGCGAUUCGCAUCUUCACUUACCAGUGGAAGACACGCCCGCCUCUGCGGC
(((((...(.(((....))).)-..(((((((.((.....)).......(--------(((((...))))))((((((....))))))...)).)))))..)))))... ( -32.70)
>consensus
_CAGACAUCGCAGAUGUCUGACAACCCUGCUAUGUAUCUCACAGAUACAC________AUGCGCUUAGCAAUUGCAU___GCAGGGCGAUACACAGUCGC______GGU
.((((((((...))))))))....(((((...((((((.....)))))).............((.........))......)))))....................... (-17.04 = -18.43 +   1.39)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 10,498,680 – 10,498,772
Length 92
Sequences 6
Columns 109
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.48
Mean single sequence MFE -32.98
Consensus MFE -17.38
Energy contribution -18.27
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 0.72
SVM RNA-class probability 0.831332
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10498680 92 - 27905053
ACC------GCGACUGUGUAUCCCCCUGC--AAUGCAAUUGCUGAGCACAA--------GUGUAUCUGUGAGAUACAUAGCAGGGUUGUCAGACAUCUGCGAUGUCUG-
...------((((((.(((.......(((--...((....))...)))...--------(((((((.....))))))).))).))))))((((((((...))))))))- ( -30.10)
>DroSec_CAF1 147465 91 - 1
ACC------UCGACUGUGUAUCGCCCUGC---AUGCAAUUGCUAAGCACAA--------GUGUAUCUGUGAGAUACAUAGCAGGGUUGUCAGACAUCUGCGAUGUCUG-
...------.............(((((((---.(((.........)))...--------(((((((.....))))))).)))))))...((((((((...))))))))- ( -30.70)
>DroSim_CAF1 45374 91 - 1
ACC------GCGACUGUGUAUCGCCCUGC---AUGCAAUUGCUAAGCACAA--------GUGUAUCUGUGAGAUACAUAGCAGGGUUGUCAGACAUCUGCGAUGUCUG-
...------((((((.(((...((...((---(......)))...))....--------(((((((.....))))))).))).))))))((((((((...))))))))- ( -31.50)
>DroEre_CAF1 45722 91 - 1
ACU------GUGACUGUGUUUCGCUCUGC---AUGCAAUUGCUAAGCGCAU--------CUGUAUCUGCGAGAUACAUACCAGGGUUGUCAGACAUCUGCGAUGUCUG-
(((------.((..((((((((((...(.---(((((..(((.....))).--------.)))))).))))))))))...)).)))...((((((((...))))))))- ( -32.80)
>DroYak_CAF1 45281 99 - 1
ACC------GCGACUGUGUUUCGCCCUGC---AUGCAAUUGCUAAGCGUAUCUGUGUAUCUGUAUCUGCGAGAUACAUACCAGGGUUGUCAGACAUCGGCGCUGUCUG-
...------(((.((((((((.((((((.---((((.........))))...(((((((((((....)).))))))))).))))))....))))).))))))......- ( -30.90)
>DroAna_CAF1 39212 100 - 1
GCCGCAGAGGCGGGCGUGUCUUCCACUGGUAAGUGAAGAUGCGAAUCGCAU--------CUGUAUCUGCAAGAUGCUCAGCCCGGU-CUCAGACAUCUGCGUGUUCUGC
((((((((..(((((((((((((.(((....))))))))))).....((((--------((((....)).))))))...)))))((-(...))).)))))).))..... ( -41.90)
>consensus
ACC______GCGACUGUGUAUCGCCCUGC___AUGCAAUUGCUAAGCACAA________CUGUAUCUGCGAGAUACAUAGCAGGGUUGUCAGACAUCUGCGAUGUCUG_
......................((((((.....(((.........)))............((((((.....))))))...))))))...((((((((...)))))))). (-17.38 = -18.27 +   0.89)

alignment

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