| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,464,008 – 10,464,128 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.500000 |
| Location | 10,464,008 – 10,464,128 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.00 |
| Mean single sequence MFE | -40.12 |
| Consensus MFE | -19.10 |
| Energy contribution | -19.05 |
| Covariance contribution | -0.05 |
| Combinations/Pair | 1.42 |
| Mean z-score | -2.05 |
| Structure conservation index | 0.48 |
| SVM decision value | -0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.500000 |
| Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10464008 120 - 27905053 GCUGGCCACCACAAUUUCCCCUGUUUGCGGAUCCAGAUGCAUUAGUGAUCGGUACGUGGGAUUUCCUUCCAGGGCAUAGGUUAUGGUGCGAUUCUUGUCCACAUCUGAGGCCAGCACAUU (((((((.((.(((..........))).))...(((((((((((.(((((.((.(.(((((.....))))).)))...)))))))))))(((....)))...))))).)))))))..... ( -40.80) >DroVir_CAF1 7961 120 - 1 GUUGGCCACCACGAUUUCGCCUGUUUGUGCAUCCAAGUGCACCAGAUUGCGGUAGAUGGGAUUGCCCUCCAGUGCAUAGGUAAUGGUGCGGUUCUUGUCCACAUCGUAGGCCAGCACAUU (((((((.........((((..((((((((((....))))).))))).))))..((((((((.((((.(((.(((....))).))).).)))....)))).))))...)))))))..... ( -46.50) >DroGri_CAF1 15305 120 - 1 GUUGGCCACGACAAUUUCACCGGUUUGUGCAUCCAAAUGAACUAGAUUCCGAUAGGUAGGAUUACCCUCCAUUGCAUAGCUAAUUGUGCGAUUCUUGUCCACAUCAUAGGCCAGCACAUU (((((((..............((((..(........)..)))).(((...((((((..(((......)))(((((((((....))))))))).))))))...)))...)))))))..... ( -33.70) >DroWil_CAF1 10639 120 - 1 AUUGGCCACGACAAUUUCCCCUGUUUGGGCAUCCAAAUGAAUGAGAUUACGAUAUAUCGGAUUAACCUCUAGGGUAUAGGUUAUAGUGCGAUUUUUAUCCAAAUCGUAGGCCAAUACAUU (((((((((((.((((((...(((((((....)))))))...))))))..((((.((((.((((((((.........))))))..)).))))...))))....)))).)))))))..... ( -34.40) >DroMoj_CAF1 17525 120 - 1 AUUGGCCACCACGAUCUCGCCAGUCUGUGCAUCCAAGUGGACCAGACUGCGAUAGAUGGGAUUACCCUCCAGGGCGUAGCUAACGGUGCGAUUCUUGUCCACAUCAUAGGCCAGCACGUU .((((((.........((((.((((((.(..(((....))))))))))))))..((((((((..(((....)))((((.(....).))))......)))).))))...))))))...... ( -44.90) >DroAna_CAF1 9490 120 - 1 ACUGGCGACCACGAUCUCCCCCGUUUGGGGAUCUAAAUGCAUCAGGGAUCGGAAGAUGGGAUUCCCCUCGAGCGCAUAGGUGAUCGUGCGAUUCUUGUCCACAUCGGAGGCCAAAACAUU ..((((..((((((((..((((....))))(((((..(((.(((((((((....))).......)))).)))))..)))))))))))).).......(((.....))).))))....... ( -40.41) >consensus AUUGGCCACCACAAUUUCCCCUGUUUGUGCAUCCAAAUGCACCAGAUUGCGAUAGAUGGGAUUACCCUCCAGGGCAUAGGUAAUGGUGCGAUUCUUGUCCACAUCGUAGGCCAGCACAUU (((((((..........(((......))).........................((((((((.....((....((((........)))))).....)))).))))...)))))))..... (-19.10 = -19.05 + -0.05)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:11:12 2006