Locus 3829

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	10,441,732 – 10,441,934
Length	202
Max. P	0.909835

overview

Window 3

Location	10,441,732 – 10,441,822
Length	90
Sequences	6
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.35
Mean single sequence MFE	-35.20
Consensus MFE	-18.71
Energy contribution	-18.88
Covariance contribution	0.17
Combinations/Pair	1.38
Mean z-score	-1.70
Structure conservation index	0.53
SVM decision value	0.15
SVM RNA-class probability	0.608113
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10441732 90 - 27905053
AUGCGGAAGUGGGCAGACCGGAAGCGGAAGCUGCGGC---UGCGGCAGCAGCUCCGUUCAUUAUGUUUAUGUUGUUAGCUGUGGCCAUCA-----GGG-----
..((....))..((((.(((..(((....))).))))---)))(((.((((((.....(((.......))).....)))))).)))....-----...----- ( -36.00)
>DroVir_CAF1 80 90 - 1
AGGCGGAUGUGGGCAGCGUGGCGGCUGCUGCGGCAGCUGCAACAGCCGCGGCGCCAUUCAUAAUAUUUAUAUUAUUUGCCGUGUUCAU--------GG-----
.((((((((((((..((((.(((((((.(((((...))))).))))))).))))..)))))((((....)))))))))))........--------..----- ( -39.50)
>DroPse_CAF1 175 100 - 1
AAGCGGAAGUUGGCAGAGUGGACGCCGAUGCAGCUGC---AGCAGCGGCGGCUCCGUUCAUUAUGUUUAUGUUAUUUGCUGUGGCCAACGUUGUGGGGCAGCC
.(((....)))((((.((((((((..((.((.(((((---....))))).)))))))))))).))))..........(((((..(((......))).))))). ( -33.20)
>DroSim_CAF1 6872 90 - 1
AAGCGGAAGUGGGCAGACCGGAAGCGGAAGCUGCGGC---UGCAGCGGCAGCUCCGUUCAUUAUGUUUAUGUUGUUAGCUGUGGCCAUUA-----GGG-----
..((....))..((((.(((....)))...))))(((---..((((((((((..(((.....))).....)))))).))))..)))....-----...----- ( -34.80)
>DroEre_CAF1 155 90 - 1
AAGCGGAAGUGGGCAGACCGGAAGCGGAAGCUGCGGC---UGCGGCGGCAGCCCCGUUCAUUAUGUUUAUGUUGUUAGCUGUGGCCAUCA-----GGG-----
..((....))..((((.(((..(((....))).))))---)))(((.(((((......(((.......)))......))))).)))....-----...----- ( -36.60)
>DroAna_CAF1 131 87 - 1
AAGCGGAAGUGGGUAGACCGGAAACGGAAGCAGCGGC---CGCAGCAGCAGCUUCGUUCAUUAUGCUUAUGUUGUUUGUGGCGGCCAU--------GG-----
..((....)).......(((....)))...((..(((---(((.((((((((...((.......))....)))).)))).)))))).)--------).----- ( -31.10)
>consensus
AAGCGGAAGUGGGCAGACCGGAAGCGGAAGCUGCGGC___UGCAGCGGCAGCUCCGUUCAUUAUGUUUAUGUUGUUAGCUGUGGCCAUCA_____GGG_____
.(((..(.(((((((((.((((.((....(((((.((....)).))))).)))))).))....)))))))....)..)))....................... (-18.71 = -18.88 +   0.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	10,441,822 – 10,441,934
Length	112
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.98
Mean single sequence MFE	-35.70
Consensus MFE	-27.70
Energy contribution	-27.82
Covariance contribution	0.11
Combinations/Pair	1.27
Mean z-score	-1.43
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	1.07
SVM RNA-class probability	0.909835
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10441822 112 - 27905053
AGGACUUGGUGAACCUA-A--AAUG--UUUUUACCUCGGCUAGAAACUCAGUGGGCGCGGAUACGCUCUCGUCGGCAUCUGUGUACUCGGACAGGCUUUGGCUGAGGUCCUCGCUGG
(((((..((....))..-.--....--.......((((((((((..((..(.(..(((((((..(((......))))))))))..).)....))..)))))))))))))))...... ( -36.00)
>DroPse_CAF1 275 99 - 1
-------------UCUGUA--UAUG--C-AUUACCUCAGCGAGAAACUCAGUGGGGGCGGAUAUACUCUCGUCCGCAUCUGUGUACUCGGACAGGCUCUGGCUGAGGUCCUCGCUGG
-------------......--....--.-.......(((((((...((((((.(((((((((........))))....((((........))))))))).))))))...))))))). ( -39.50)
>DroGri_CAF1 173 112 - 1
UAUAUUUGUA---UAUAUAUUUAUG--GAUUUACCUCGGCGAGAAAUUCAGUGGGUGCUGAUAUGCUCUCAUCGGCAUCUGUAUACUCGGACAGGCUCUGGCUGAGAUCUUCGCUGG
...(((..((---........))..--)))......((((((((......(..(((((((((........)))))))))..)...(((((.(((...))).))))).)).)))))). ( -32.70)
>DroWil_CAF1 13161 112 - 1
GAGAUUUGAU---UGUAUA--UAUUAAGUCUUACCUCUGCGAGAAAUUCUGUGGGUGCCGAUAUGCUUUCAUCGGCAUCUGUGUACUCGGACAGGCUUUGGCUGAGAUCCUCACUGG
((((((((((---......--.)))))))))).((...(.(((.......(..(((((((((........)))))))))..)...(((((.(((...))).)))))...))).).)) ( -32.90)
>DroMoj_CAF1 188 88 - 1
-----------------------------CUUACCUCGGCGAGAAACUCUGUGGGCGCUGAUAUGCUCUCAUCGGCAUCUGUGUACUCGGAGAGGCUCUGGCUGAGGUCCUCGCUGG
-----------------------------...((((((((.(((..((((.((((..(....(((((......)))))....)..)))).))))..))).))))))))......... ( -37.20)
>DroPer_CAF1 62 99 - 1
-------------UCUGUA--UAUG--C-AUUACCUCAGCGAGAAACUCAGUGGGGGCGGAUAUACUCUCGUCAGCAUCUGUGUACUCGGACAGGCUCUGGCUGAGGUCCUCGCUGG
-------------......--....--.-.......(((((((...((((((.(((((.(((........))).....((((........))))))))).))))))...))))))). ( -35.90)
>consensus
_____________UCUAUA__UAUG__C_AUUACCUCGGCGAGAAACUCAGUGGGCGCGGAUAUGCUCUCAUCGGCAUCUGUGUACUCGGACAGGCUCUGGCUGAGGUCCUCGCUGG
....................................(((((((...((((((.((.((((((........)))))).(((((........)))))..)).))))))...))))))). (-27.70 = -27.82 +   0.11)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:11:04 2006