Locus 3810

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 10,343,332 – 10,343,452
Length 120
Max. P 0.500000
window6108

overview

Window 8

Location 10,343,332 – 10,343,452
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.83
Mean single sequence MFE -43.15
Consensus MFE -32.20
Energy contribution -32.15
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -1.35
Structure conservation index 0.75
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10343332 120 + 27905053
GGUGCUCCAUCGUGCUAGUGGUGUACAAAAUGGCCAGCGGGGACUCCGUUUUGGUCUGGAAUGCAUUGUUGGUGCCACGAUGAUCCAAGUCAUGGCACAAACAGGCCACCAACAGACCCA
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>DroVir_CAF1 6070 120 + 1
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>DroGri_CAF1 8286 120 + 1
GAUGCUCCAUGGUGCUGGUUGUGUAUAAAAUAGCUAGAGGUGAUUCAGUUUUGGUCUGGAAGGCAUUGUUGGUGCCGCGAUGAUCCAGAUCGUGGCAUAAACAGGCCACCAACAGACCCA
((..(.((......((((((((.......)))))))).)).)..))......((((((...(((.(((((.((((((((((.......)))))))))).)))))))).....)))))).. ( -43.40)
>DroWil_CAF1 5937 120 + 1
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((..((((((.....(((((((((...)))))))))))))))..))(((((....((((...((((.(((.(((.((((((.......)))))).))).)))))))..)))).))))).. ( -39.70)
>DroAna_CAF1 2241 120 + 1
GGUGCUCCAUGGUACUGGUGGUGUACAGAAUGGCCAGCGGAGACUCGGUUUUGGUUUGGAACGCGUUGUUGGUGCCGCGGUGGUCCAGGUCGUGGCACAAGCAGGCCACCAGCAGGCCCA
((....)).(((..(((.(((((..((((..((((.(.(....).)))))....))))....((.(((((.(((((((((.........))))))))).)))))))))))).)))..))) ( -46.30)
>DroPer_CAF1 6827 120 + 1
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>consensus
GAUGCUCCAUGGUGCUGGUGGUGUACAAAAUGGCCAGCGGGGACUCGGUUUUGGUCUGGAAUGCAUUGUUGGUGCCGCGAUGAUCCAGAUCGUGGCACAAACAGGCCACCAACAGACCCA
((..((((.....((((((.((.......)).))))))))))..))......((((((....((.(((((.((((((((((.......)))))))))).)))))))......)))))).. (-32.20 = -32.15 +  -0.05)

alignment

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