| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 10,330,160 – 10,330,256 |
| Length | 96 |
| Max. P | 0.965536 |
| Location | 10,330,160 – 10,330,256 |
|---|---|
| Length | 96 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.07 |
| Mean single sequence MFE | -29.22 |
| Consensus MFE | -17.28 |
| Energy contribution | -17.07 |
| Covariance contribution | -0.22 |
| Combinations/Pair | 1.19 |
| Mean z-score | -2.48 |
| Structure conservation index | 0.59 |
| SVM decision value | 1.58 |
| SVM RNA-class probability | 0.965536 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 10330160 96 + 27905053 UUUCGCGUGUAUUUGGAUGUUGUUUAUGAAAACAGCAUUCAAUUUGCAUUAGCA--AUUGG--CAAUUGAUUGAUGG---CAG---------CAACAAAAGUGGUUCGUUG-------G- ..((((.(((..(((((((((((((....))))))))))))).(((((((((((--((...--..)))).))))).)---)))---------..)))...)))).......-------.- ( -24.20) >DroPse_CAF1 203138 108 + 1 UUUCGCAUGUAUUUGGAUGUUGUUUAUGAAAACAGCAUUCAAUUUGCAUUAACA--AUUGG--CAAUUGAUUGAUGGAUACAGCCAGGCAUCCAACGAAAGUGGUUCGCUG-------G- ....((.((((((((((((((((((....)))))))))))).....((((((((--((...--..)))).))))))))))))))..(((..(((.(....))))...))).-------.- ( -31.80) >DroGri_CAF1 204728 110 + 1 UUUUGCAUGAGUUUCGAUGUUGUUUAUGAAAACAGCGUUCAAUUCGCAUUUGCA--GUUCGAUCAAGUGAUUAAUGC---AUG-----AGUCGCACUAAAGUAGCUUGUAGUCUAUAUAU ..(((((.(((((..((((((((((....)))))))))).)))))((((((..(--((.((((((.((.......))---.))-----).))).))).)))).)).)))))......... ( -24.00) >DroWil_CAF1 209015 102 + 1 UUUCGCAUGCAUUUGGAUGUUGUUUAUGAAAACAGCAUUCAAUUUGCAUUAACUGUGUUGG--CAAUUGAUUGAUGA---AUC-----CAUCGAACGAAAGUGGUUCGCUU-------G- ...((((((((.(((((((((((((....)))))))))))))..)))).....))))..((--(......((((((.---...-----))))))((....)).....))).-------.- ( -29.50) >DroAna_CAF1 164390 96 + 1 UUUCGCAUUUAUUUGGAUGUUGUUUAUGAAAACAGCAUUCAAUUUGCAUUAACA--AUUGG--CAAUUGAUUGAUGG---CGG---------GCCCGAAAGUGGUUCGAUC-------G- ....(((.....(((((((((((((....)))))))))))))..))).....((--((..(--...)..))))..((---(((---------((((....).)))))).))-------.- ( -30.50) >DroPer_CAF1 206810 108 + 1 UUUCGCAUGUAUUUGGAUGUUGUUUAUGAAAACAGCAUUCAAUUUGCAUUAACA--AUUGG--CAAUUGAUUGAUGGAUACAGCCAGCCAUCCAACGAAAGUGGUUCGCUG-------G- ....((.((((((((((((((((((....)))))))))))).....((((((((--((...--..)))).))))))))))))))((((...(((.(....))))...))))-------.- ( -35.30) >consensus UUUCGCAUGUAUUUGGAUGUUGUUUAUGAAAACAGCAUUCAAUUUGCAUUAACA__AUUGG__CAAUUGAUUGAUGG___CAG_____CAUCCAACGAAAGUGGUUCGCUG_______G_ ..((((......(((((((((((((....)))))))))))))....((((((....((((...))))...))))))........................))))................ (-17.28 = -17.07 + -0.22)
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