Locus 3790

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	10,283,732 – 10,283,864
Length	132
Max. P	0.994522

overview

Window 1

Location	10,283,732 – 10,283,852
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.53
Mean single sequence MFE	-34.64
Consensus MFE	-25.94
Energy contribution	-25.78
Covariance contribution	-0.16
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-1.81
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.45
SVM RNA-class probability	0.740198
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10283732 120 + 27905053
AAUUAUUUCUGAGACACAAGUAUGCCUCAUUUAAGAGACGCAACAUGUGUGGGUCCUAAACUAGUGACCCCAGCUGUAUGUUUAGAUGCAGCAUCUGUGGAAGUGGAUGCAAUGAUCCUU
....((((((((((((((.((.((((((......)))..))))).)))))((((((((...))).)))))..(((((((......)))))))..)).)))))))((((......)))).. ( -35.40)
>DroSec_CAF1 141036 120 + 1
AAUUAUUCCUGAGACAUAUGUAUGCCUCAUCGAAGAAACGCAGCAUGUGUGGGUCCUAAACUAGUGACCCUAGCUGUAUGUUUAGAUGCAGCAUCUGUGGAAGUGGAUGCAAUGAUCCUU
.....((((..((((((((((.(((.((......))...)))))))))))((((((((...))).)))))..(((((((......)))))))..))..))))..((((......)))).. ( -36.20)
>DroSim_CAF1 140646 120 + 1
AAUUAUUUCUAAGACACAUGUAUGCCUCAUCUAAGAAACGCAACAUGUGUGGAUCCUAAACUAGUGACCCCAGCUGUAUGUUUAGAUGCAGCAUCUGUGGAAGUGGAUGCAAUGAUCCUU
.............((((((((.(((.((......))...)))))))))))(((((((((((((((.......))))...)))))).....(((((..(....)..)))))...))))).. ( -33.70)
>DroEre_CAF1 141293 111 + 1
AAUUCUCUCUGAGACACAUGAGA-----AGG----CAGCGCAACAUGUGUGGGUCCUAUGCUAGUGACCCCAGCUGUACGCCUAGAUGCAGCAUCUGUGGCAGUGGAUGCAAUGAUCCUU
..(((((............))))-----).(----(((((((.....)))((((((((...))).)))))..)))))..(((((((((...)))))).)))...((((......)))).. ( -33.50)
>DroYak_CAF1 149650 116 + 1
AAUUAUUUCAGAGACAUAUGUGUUUCUCAAC----UGAUACAACAUGUGUGGGAUCUAUGCUAGUGACCCCAGCUGUAUGCUUAGAUGCAGCAUCUGUGGAAGUGGAUGCAAUGAUCCUU
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>consensus
AAUUAUUUCUGAGACACAUGUAUGCCUCAUC_AAGAAACGCAACAUGUGUGGGUCCUAAACUAGUGACCCCAGCUGUAUGUUUAGAUGCAGCAUCUGUGGAAGUGGAUGCAAUGAUCCUU
.............((((((((.....................))))))))(((((((((((((((.......))))...)))))).....(((((..(....)..)))))...))))).. (-25.94 = -25.78 +  -0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	10,283,732 – 10,283,852
Length	120
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.53
Mean single sequence MFE	-31.04
Consensus MFE	-20.49
Energy contribution	-22.74
Covariance contribution	2.25
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-1.71
Structure conservation index	0.66
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.511722
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10283732 120 - 27905053
AAGGAUCAUUGCAUCCACUUCCACAGAUGCUGCAUCUAAACAUACAGCUGGGGUCACUAGUUUAGGACCCACACAUGUUGCGUCUCUUAAAUGAGGCAUACUUGUGUCUCAGAAAUAAUU
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>DroSec_CAF1 141036 120 - 1
AAGGAUCAUUGCAUCCACUUCCACAGAUGCUGCAUCUAAACAUACAGCUAGGGUCACUAGUUUAGGACCCACACAUGCUGCGUUUCUUCGAUGAGGCAUACAUAUGUCUCAGGAAUAAUU
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>DroSim_CAF1 140646 120 - 1
AAGGAUCAUUGCAUCCACUUCCACAGAUGCUGCAUCUAAACAUACAGCUGGGGUCACUAGUUUAGGAUCCACACAUGUUGCGUUUCUUAGAUGAGGCAUACAUGUGUCUUAGAAAUAAUU
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>DroEre_CAF1 141293 111 - 1
AAGGAUCAUUGCAUCCACUGCCACAGAUGCUGCAUCUAGGCGUACAGCUGGGGUCACUAGCAUAGGACCCACACAUGUUGCGCUG----CCU-----UCUCAUGUGUCUCAGAGAGAAUU
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>DroYak_CAF1 149650 116 - 1
AAGGAUCAUUGCAUCCACUUCCACAGAUGCUGCAUCUAAGCAUACAGCUGGGGUCACUAGCAUAGAUCCCACACAUGUUGUAUCA----GUUGAGAAACACAUAUGUCUCUGAAAUAAUU
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>consensus
AAGGAUCAUUGCAUCCACUUCCACAGAUGCUGCAUCUAAACAUACAGCUGGGGUCACUAGUUUAGGACCCACACAUGUUGCGUUUCUU_GAUGAGGCAUACAUGUGUCUCAGAAAUAAUU
..((((......))))............((((.((......)).))))..(((((.(((...))))))))((((((((...(((((......)))))..))))))))............. (-20.49 = -22.74 +   2.25)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	10,283,772 – 10,283,864
Length	92
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	94.57
Mean single sequence MFE	-28.94
Consensus MFE	-28.02
Energy contribution	-28.30
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.66
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	2.49
SVM RNA-class probability	0.994522
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10283772 92 + 27905053
CAACAUGUGUGGGUCCUAAACUAGUGACCCCAGCUGUAUGUUUAGAUGCAGCAUCUGUGGAAGUGGAUGCAAUGAUCCUUCACCCCCACAGC
.......((.((((((((...))).)))))))(((((((......)))))))..((((((..(((((...........)))))..)))))). ( -31.50)
>DroSec_CAF1 141076 92 + 1
CAGCAUGUGUGGGUCCUAAACUAGUGACCCUAGCUGUAUGUUUAGAUGCAGCAUCUGUGGAAGUGGAUGCAAUGAUCCUUCACCCCCACAGC
..........((((((((...))).)))))..(((((((......)))))))..((((((..(((((...........)))))..)))))). ( -30.60)
>DroSim_CAF1 140686 92 + 1
CAACAUGUGUGGAUCCUAAACUAGUGACCCCAGCUGUAUGUUUAGAUGCAGCAUCUGUGGAAGUGGAUGCAAUGAUCCUUCACCCCCACAGC
.......((.((.(((((...))).)).))))(((((((......)))))))..((((((..(((((...........)))))..)))))). ( -24.90)
>DroEre_CAF1 141324 92 + 1
CAACAUGUGUGGGUCCUAUGCUAGUGACCCCAGCUGUACGCCUAGAUGCAGCAUCUGUGGCAGUGGAUGCAAUGAUCCUUCACCCCCACAGC
.......((.((((((((...))).)))))))(((((((.....).))))))..((((((..(((((...........)))))..)))))). ( -30.10)
>DroYak_CAF1 149686 92 + 1
CAACAUGUGUGGGAUCUAUGCUAGUGACCCCAGCUGUAUGCUUAGAUGCAGCAUCUGUGGAAGUGGAUGCAAUGAUCCUUCACCCCCACAGC
.........((((.((.........)).))))(((((((......)))))))..((((((..(((((...........)))))..)))))). ( -27.60)
>consensus
CAACAUGUGUGGGUCCUAAACUAGUGACCCCAGCUGUAUGUUUAGAUGCAGCAUCUGUGGAAGUGGAUGCAAUGAUCCUUCACCCCCACAGC
.......((.((((((((...))).)))))))(((((((......)))))))..((((((..(((((...........)))))..)))))). (-28.02 = -28.30 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	10,283,772 – 10,283,864
Length	92
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.57
Mean single sequence MFE	-30.46
Consensus MFE	-27.62
Energy contribution	-27.90
Covariance contribution	0.28
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.73
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	2.05
SVM RNA-class probability	0.986614
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10283772 92 - 27905053
GCUGUGGGGGUGAAGGAUCAUUGCAUCCACUUCCACAGAUGCUGCAUCUAAACAUACAGCUGGGGUCACUAGUUUAGGACCCACACAUGUUG
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>DroSec_CAF1 141076 92 - 1
GCUGUGGGGGUGAAGGAUCAUUGCAUCCACUUCCACAGAUGCUGCAUCUAAACAUACAGCUAGGGUCACUAGUUUAGGACCCACACAUGCUG
.((((((((((...((((......))))))))))))))..((((.((......)).))))..(((((.(((...)))))))).......... ( -30.50)
>DroSim_CAF1 140686 92 - 1
GCUGUGGGGGUGAAGGAUCAUUGCAUCCACUUCCACAGAUGCUGCAUCUAAACAUACAGCUGGGGUCACUAGUUUAGGAUCCACACAUGUUG
.((((((((((...((((......))))))))))))))..((((.((......)).))))..(((((.(((...)))))))).......... ( -27.70)
>DroEre_CAF1 141324 92 - 1
GCUGUGGGGGUGAAGGAUCAUUGCAUCCACUGCCACAGAUGCUGCAUCUAGGCGUACAGCUGGGGUCACUAGCAUAGGACCCACACAUGUUG
.((((((.(((...((((......))))))).))))))(((((.......))))).(((((((((((.(((...)))))))).))...)))) ( -31.50)
>DroYak_CAF1 149686 92 - 1
GCUGUGGGGGUGAAGGAUCAUUGCAUCCACUUCCACAGAUGCUGCAUCUAAGCAUACAGCUGGGGUCACUAGCAUAGAUCCCACACAUGUUG
.((((((((((...((((......))))))))))))))(((((.......))))).(((((((((((.........))))))).....)))) ( -32.30)
>consensus
GCUGUGGGGGUGAAGGAUCAUUGCAUCCACUUCCACAGAUGCUGCAUCUAAACAUACAGCUGGGGUCACUAGUUUAGGACCCACACAUGUUG
.((((((((((...((((......))))))))))))))..((((.((......)).))))..(((((.(((...)))))))).......... (-27.62 = -27.90 +   0.28)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:10:16 2006