Locus 3776

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	10,239,870 – 10,240,056
Length	186
Max. P	0.998991

overview

Window 8

Location	10,239,870 – 10,239,964
Length	94
Sequences	6
Columns	99
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.46
Mean single sequence MFE	-29.05
Consensus MFE	-15.08
Energy contribution	-15.81
Covariance contribution	0.73
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-2.04
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	0.61
SVM RNA-class probability	0.798264
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10239870 94 + 27905053
GGGCACGCACUUGU--GCCCUCGAUACAAAUGGCCGAUUUUGUUGCCUUUGAUUUAUGCUGCCGUUGGUAGCUCAUAAAUCAUGGCCCUCAGCUCC---
(((((((....)))--)))).....(((((........))))).(((..((((((((((((((...))))))..)))))))).)))..........--- ( -31.50)
>DroPse_CAF1 105753 90 + 1
AGGCACGCACUUGU--GCCCUCGAUA----AGGUUGAU---GUUGUCUUUGAUUUAUGCUGUCUUUGGUAGCUUAUAAAUCAUUGCCCGCAGAGACUGA
.((((((....)))--))).......----.((((..(---((.(.(..(((((((((((..(...)..)))..))))))))..).).)))..)))).. ( -25.10)
>DroEre_CAF1 98614 93 + 1
GAACACGCACUUGU--GCCCUCGAUGCAA-AGGCCGAUUUGGCUGCCUUUGAUUUAUGCUGCCGUUGGUGGCUCAUAAAUCAUGGCCCUCAGUUCC---
((((..(((.(((.--.....))))))..-.((((.....))))(((..(((((((((..((((....)))).))))))))).))).....)))).--- ( -30.40)
>DroWil_CAF1 111265 88 + 1
AGGCACGCACUUGUGUGUCCUCGAUA----AGGUUGAU---GUUGUCUUUGAUUUAUGCCACUGCUAG-AGCUGAUAAAUCAUUAACCCCAAAAUG---
.(((((((....))))))).......----.(((((((---((((((.....((((.((....)))))-)...)))))..))))))))........--- ( -22.60)
>DroYak_CAF1 104022 94 + 1
GGGCACGCACUUGU--GCCCUCGAUACAAAAGGCCGAUUUUGCUGGCUUUGAUUUAUGCUGCCGUUGGUAGCUCAUAAAUCAUGGCCCUCAGUUCC---
(((((((....)))--))))...............((..(((..((((.((((((((((((((...))))))..)))))))).))))..))).)).--- ( -34.00)
>DroAna_CAF1 88896 88 + 1
GGGCACGCACUUGU--GGCCUCGA---AAAAGGCCGAUCUUG---UCUCUGAUUUAUGCUGCCGUUGGUAGCUCAUAAAUCUCGGCCCUCAGACCC---
((((..(((....(--(((((...---...))))))....))---)....(((((((((((((...))))))..)))))))...))))........--- ( -30.70)
>consensus
GGGCACGCACUUGU__GCCCUCGAUA_AA_AGGCCGAUUUUGUUGUCUUUGAUUUAUGCUGCCGUUGGUAGCUCAUAAAUCAUGGCCCUCAGAUCC___
((((..((....))..))))...........(((((.............((((((((((((((...))))))..)))))))))))))............ (-15.08 = -15.81 +   0.73)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	10,239,905 – 10,240,000
Length	95
Sequences	6
Columns	98
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.95
Mean single sequence MFE	-23.38
Consensus MFE	-14.32
Energy contribution	-15.02
Covariance contribution	0.69
Combinations/Pair	1.05
Mean z-score	-1.84
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.654520
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10239905 95 - 27905053
AAUACACUCAUUCGGUCAAUCAGUCAGUGAGACAGU---GGAGCUGAGGGCCAUGAUUUAUGAGCUACCAACGGCAGCAUAAAUCAAAGGCAACAAAA
.............((((..(((((((.((...)).)---)..))))).)))).(((((((((.(((......)))..)))))))))..(....).... ( -23.50)
>DroPse_CAF1 105784 85 - 1
GAUACACUC-UUCAGUCCAUCAGUCAG---------UCAGUCUCUGCGGGCAAUGAUUUAUAAGCUACCAAAGACAGCAUAAAUCAAAGACAAC---A
(((..(((.-...)))..))).....(---------((.((((....))))..((((((((..(((.........)))))))))))..)))...---. ( -14.00)
>DroSim_CAF1 96244 95 - 1
AAUACACUCAUUCGGUCAAUCAGUCAGUGAGACAGU---GGAGCUGAGGGCCAUGAUUUAUGAGCUACCAACGGCAGCAUAAAUCAAAGGCAACAAAA
.............((((..(((((((.((...)).)---)..))))).)))).(((((((((.(((......)))..)))))))))..(....).... ( -23.50)
>DroEre_CAF1 98648 85 - 1
----------UUCGGUCAAUCAGUCAGUGAGACAGU---GGAACUGAGGGCCAUGAUUUAUGAGCCACCAACGGCAGCAUAAAUCAAAGGCAGCCAAA
----------...(((...(((((((.((...)).)---)..)))))..(((.(((((((((.(((......)))..)))))))))..))).)))... ( -25.90)
>DroYak_CAF1 104057 95 - 1
AAUACACUCAUUCGGUCAAUCAGUCAGUGCGACAGU---GGAACUGAGGGCCAUGAUUUAUGAGCUACCAACGGCAGCAUAAAUCAAAGCCAGCAAAA
..........(((((((...(.(((.....))).).---.).))))))(((..(((((((((.(((......)))..)))))))))..)))....... ( -23.50)
>DroAna_CAF1 88928 91 - 1
-ACACUCUCUUUCGGUCAAUCAGUCAGCGAGACAGU---GGGUCUGAGGGCCGAGAUUUAUGAGCUACCAACGGCAGCAUAAAUCAGAGA---CAAGA
-....(((((.((((((..((((.(.((......))---..).)))).))))))((((((((.(((......)))..)))))))))))))---..... ( -29.90)
>consensus
AAUACACUCAUUCGGUCAAUCAGUCAGUGAGACAGU___GGAACUGAGGGCCAUGAUUUAUGAGCUACCAACGGCAGCAUAAAUCAAAGGCAACAAAA
.............((((..((((....................)))).)))).(((((((((.(((......)))..)))))))))............ (-14.32 = -15.02 +   0.69)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	10,239,964 – 10,240,056
Length	92
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.33
Mean single sequence MFE	-31.38
Consensus MFE	-27.04
Energy contribution	-29.04
Covariance contribution	2.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.64
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	3.32
SVM RNA-class probability	0.998991
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10239964 92 + 27905053
ACUGUCUCACUGACUGAUUGACCGAAUGAGUGUAUUGCUCAGCUGGCAACUGGCAAGUCGGCCACAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAGUGGG
.....(((((((((((((((((((((.((((((.(((((.....)))))..(((......)))))))))))))).))))))))).))))))) ( -37.50)
>DroSec_CAF1 97839 92 + 1
ACUGUCUCACUGACUGAUUGACCGAAUGAGUGUAUUGCUCAGCUGGCAACUGGCAAGUCGGCCACAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAUUGGG
.....((((.((((((((((((((((.((((((.(((((.....)))))..(((......)))))))))))))).))))))))).)).)))) ( -31.50)
>DroSim_CAF1 96303 92 + 1
ACUGUCUCACUGACUGAUUGACCGAAUGAGUGUAUUGUUCAGCUGGCAACUGGCAAGUCGGCCACAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAUUGGG
.....((((.((((((((((((((((.((((((.(((((.....)))))..(((......)))))))))))))).))))))))).)).)))) ( -29.00)
>DroEre_CAF1 98707 76 + 1
ACUGUCUCACUGACUGAUUGACCGAA----------------CUGGCAACUGGCAAGUCGGCCGCAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAGUGGG
.....(((((((((((((((((((((----------------...((..((((....))))..))....))))).))))))))).))))))) ( -27.50)
>DroYak_CAF1 104116 91 + 1
ACUGUCGCACUGACUGAUUGACCGAAUGAGUGUAUUGCUCAGCUGGCAACUGG-AAGUCGACCACAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAGUGGG
.....(.(((((((((((((((((((.((((((.(((((.....)))))..((-.......))))))))))))).))))))))).))))).) ( -31.40)
>consensus
ACUGUCUCACUGACUGAUUGACCGAAUGAGUGUAUUGCUCAGCUGGCAACUGGCAAGUCGGCCACAUUCUUUGGCUUAAUUAGUGCAGUGGG
.....(((((((((((((((((((((.((((((...........(....).(((......)))))))))))))).))))))))).))))))) (-27.04 = -29.04 +   2.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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