Locus 3772

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	10,234,776 – 10,234,873
Length	97
Max. P	0.801462

overview

Window 1

Location	10,234,776 – 10,234,873
Length	97
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	72.67
Mean single sequence MFE	-46.52
Consensus MFE	-22.56
Energy contribution	-23.37
Covariance contribution	0.81
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-1.83
Structure conservation index	0.48
SVM decision value	0.62
SVM RNA-class probability	0.801462
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10234776 97 + 27905053
AGUGUACUUGCGUCGCAGAAUCACUGGGGUGGCG---GUGACGCCUCCACCACCACUGGCACUACUGGCAUCGCCAUCCGUGCAGUCGCAAUCCCAUAU------------C--
.(((...(((((.(.(((......(((((.((((---....)))).)).)))...)))((((...((((...))))...)))).).)))))...)))..------------.-- ( -36.40)
>DroVir_CAF1 109979 111 + 1
GCUGUAUUUGCGACGCAGCACAACUGGCGUAGCA---AUGGAGGCAGUGCCACCACUGGCACUGCUCGCAUCGCCGUCUGUGCAGUCGCAGUCGCAGUAAUGCUGCGCCAGCUC
((((...(((((((...(((((..(((((.....---(((..((((((((((....))))))))))..))))))))..))))).))))))).(((((.....))))).)))).. ( -56.80)
>DroPse_CAF1 101149 114 + 1
GAUGUACUUGCGGCGCAGCACCACGGGAGUGGCCAUGGAGGCAGUGCCUCCGCCGCUGGCGCUGCUGGCAUCGCCGUCCGUGCAGUCGCAGUCGCAGAUGUGCUGCCCCAGCUC
.........((((.(((((((((((((((((((...((((((...))))))))))))((((.((....)).)))).))))))..(((((....)).)))))))))).)).)).. ( -55.30)
>DroEre_CAF1 93763 97 + 1
AGUGUACUUGCGCCGCAGCACCACUGGGGUGGCG---GCGACACCUCCGCCACCACUGGCACUGCUGGCAUCGCCAUCCGUGCAGUCGCAGUCCCACAU------------C--
.(((.(((.((((.((((..(((....(((((((---(.(....).))))))))..)))..))))((((...))))...))))))))))..........------------.-- ( -40.90)
>DroAna_CAF1 84360 99 + 1
CACGUAUUUGCGGCGAAGCACCACCGGUGUGGCA---GUAACGCCGCCUCCUCCACUGGCACUGCUGGCGUCGCCAUCCGUGCAGUCGCACUCGCAGCU------------CCC
.......(((((((((....(((.((((..(((.---.....)))(((.........))))))).)))..)))))....((((....))))..))))..------------... ( -34.40)
>DroPer_CAF1 103775 114 + 1
GAUGUACUUGCGGCGCAGCACCACGGGAGUGGCCAUGGAGGCAGUGCCUCCGCCGCUGGCGCUGCUGGCAUCGCCGUCCGUGCAGUCGCAGUCGCAGAUGUGCUGCCCCAGCUC
.........((((.(((((((((((((((((((...((((((...))))))))))))((((.((....)).)))).))))))..(((((....)).)))))))))).)).)).. ( -55.30)
>consensus
GAUGUACUUGCGGCGCAGCACCACUGGAGUGGCA___GUGACACCGCCUCCACCACUGGCACUGCUGGCAUCGCCAUCCGUGCAGUCGCAGUCGCAGAU____________CUC
..(((..(((((((.(((..((((....)))).....(((.......))).....)))((((.(.((((...)))).).)))).)))))))..))).................. (-22.56 = -23.37 +   0.81)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	10,234,776 – 10,234,873
Length	97
Sequences	6
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	72.67
Mean single sequence MFE	-48.65
Consensus MFE	-24.83
Energy contribution	-26.00
Covariance contribution	1.17
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-1.71
Structure conservation index	0.51
SVM decision value	0.47
SVM RNA-class probability	0.750850
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10234776 97 - 27905053
--G------------AUAUGGGAUUGCGACUGCACGGAUGGCGAUGCCAGUAGUGCCAGUGGUGGUGGAGGCGUCAC---CGCCACCCCAGUGAUUCUGCGACGCAAGUACACU
--.------------....(((((..(.(((((((...((((...))))...))).))))((((((((........)---)))))))...)..)))))...((....))..... ( -37.90)
>DroVir_CAF1 109979 111 - 1
GAGCUGGCGCAGCAUUACUGCGACUGCGACUGCACAGACGGCGAUGCGAGCAGUGCCAGUGGUGGCACUGCCUCCAU---UGCUACGCCAGUUGUGCUGCGUCGCAAAUACAGC
..((.((((((((((.((((((.(((.(....).)))..(((((((.(((((((((((....)))))))).))))))---)))).)).)))).))))))))))))......... ( -57.80)
>DroPse_CAF1 101149 114 - 1
GAGCUGGGGCAGCACAUCUGCGACUGCGACUGCACGGACGGCGAUGCCAGCAGCGCCAGCGGCGGAGGCACUGCCUCCAUGGCCACUCCCGUGGUGCUGCGCCGCAAGUACAUC
..((.((.(((((((...(((....)))....(((((..((((.((....)).))))((.(((((((((...))))))...))).)).)))))))))))).))))......... ( -53.90)
>DroEre_CAF1 93763 97 - 1
--G------------AUGUGGGACUGCGACUGCACGGAUGGCGAUGCCAGCAGUGCCAGUGGUGGCGGAGGUGUCGC---CGCCACCCCAGUGGUGCUGCGGCGCAAGUACACU
--.------------..(((..((((((.((.......((((...))))((((..(((.(((((((((........)---)))))))..).)))..))))))))).))).))). ( -46.60)
>DroAna_CAF1 84360 99 - 1
GGG------------AGCUGCGAGUGCGACUGCACGGAUGGCGACGCCAGCAGUGCCAGUGGAGGAGGCGGCGUUAC---UGCCACACCGGUGGUGCUUCGCCGCAAAUACGUG
.((------------.(((((..((((....))))((.((....)))).))))).)).(((......((((((.(((---..((.....))..)))...))))))...)))... ( -41.80)
>DroPer_CAF1 103775 114 - 1
GAGCUGGGGCAGCACAUCUGCGACUGCGACUGCACGGACGGCGAUGCCAGCAGCGCCAGCGGCGGAGGCACUGCCUCCAUGGCCACUCCCGUGGUGCUGCGCCGCAAGUACAUC
..((.((.(((((((...(((....)))....(((((..((((.((....)).))))((.(((((((((...))))))...))).)).)))))))))))).))))......... ( -53.90)
>consensus
GAG____________AUCUGCGACUGCGACUGCACGGACGGCGAUGCCAGCAGUGCCAGUGGUGGAGGCGCCGCCAC___CGCCACCCCAGUGGUGCUGCGCCGCAAGUACAUC
........................((((...........(((...))).(((((((((.(((.((.(((............))).))))).)))))))))..))))........ (-24.83 = -26.00 +   1.17)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:09:39 2006