Locus 3702

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 10,046,571 – 10,046,691
Length 120
Max. P 0.545977
window5935

overview

Window 5

Location 10,046,571 – 10,046,691
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.00
Mean single sequence MFE -38.95
Consensus MFE -24.05
Energy contribution -25.06
Covariance contribution 1.01
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -1.29
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.545977
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10046571 120 - 27905053
AUCCAACGGAGCACUUGAUCGAUGUCACUGAAGGCUGUUCCAGCGUUAAGCCAAAAAAGUGCCGGCGGAACGUCAGAAGAGCUAUCGAUGGCAUCCAGAAUGCUCCACAGAAUUUGCUGA
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>DroSec_CAF1 115014 120 - 1
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>DroSim_CAF1 116401 120 - 1
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>DroEre_CAF1 119965 120 - 1
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>DroYak_CAF1 121207 120 - 1
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>DroPer_CAF1 118203 117 - 1
ACUCAACCGAUGUCUUGAUCCAAGCUACGGUAAAUUGUCAAGUUGUUGGG---GACGAGUGCCGCAAUGCCGUAAGAAAAGCUCUCAAGGGUCUCAUAGAGGUGCCUGUGCAGCUUGACA
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>consensus
AUCCAACGGGGCAGUUGAUCGAUGCCACUGAAGGCUGUUCCAGCGUCAAGCCAAAAACGUGCCGCCGGGACGUCAGAAGAGCUAUCGAUGGCAUCCAGAAUGCUCCACAGAAUCUGCUGA
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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