Locus 3699

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 10,041,706 – 10,041,816
Length 110
Max. P 0.500000
window5932

overview

Window 2

Location 10,041,706 – 10,041,816
Length 110
Sequences 6
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.60
Mean single sequence MFE -27.82
Consensus MFE -18.93
Energy contribution -18.72
Covariance contribution -0.22
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.21
Structure conservation index 0.68
SVM decision value -0.06
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 10041706 110 + 27905053
AAUUAAUCAAUAAAU--GUACUUACUCAACGUGAUUAGACAACUGGAGCAGUGCUAAAUCCGCAUCGGUGUAUACAUUGGGAUUGUACUGUUCGUGGAUUAAUAGUCGCGCU
...............--............((((((((.....((((((((((((..(((((....(((((....))))))))))))))))))).))).....)))))))).. ( -28.80)
>DroSec_CAF1 110205 112 + 1
AAUUAAUCAAUAAAUAAAUACUUACUCAACGUGAUUAGCCAACUGGAGCAGUGCUAAAUCCGCAUCGGUGUAUACAUUGGGAUUGUACUGUUCGUGGAUUAAUAGUCGCGCU
.............................((((((((.(((....(((((((((..(((((....(((((....))))))))))))))))))).))).....)))))))).. ( -30.80)
>DroSim_CAF1 111512 110 + 1
AAUUAAUCCAUAAAU--GUACUUACUCAACGUGAUUAGCCAACUGGAGCAGUGCUAAAUCCGCAUCGGUGUAUACAUUGGGAUUGUACUGUUCGUGGAUCAAUAGUCGCGCU
...............--............((((((((.(((....(((((((((..(((((....(((((....))))))))))))))))))).))).....)))))))).. ( -30.80)
>DroEre_CAF1 115013 110 + 1
AGUGAAUCAUUAAAU--GUACUUACUCAGCGUGAUUGGCCAACUGCAGCAGUGCCAAAUCCGCAUCGGUAUAUAUAUUGGGGUUGUACUGUUCGUGGAUUAACAGUCGCGAC
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>DroYak_CAF1 115988 110 + 1
AAUCAAUGAUUAAAU--GCACUUACUCAACGUGAUUAGACAACUGCAGCAGGGCCAAAUCUGCGUCGGUAUAUAAAUUGGGAUUGUACUGUUCGUGGAUUAAAAGUCGCGAC
......(((.(((..--....))).))).(((((((......(((...))).....((((..((.(((((((...........)))))))..))..))))...))))))).. ( -23.60)
>DroAna_CAF1 124846 107 + 1
AAUGAAUGA---AUU--UUACUUACACCACAUGCUCCGAUAAUUGAAGCAAAGCCAAGUCCGCGUCCGUAUAGACGGCGGGAUUAUACUGAUCAUGAAGAACAAGGAGUGAG
.........---...--...(((((.((...((((.(((...))).))))......(((((.((.((((....)))))))))))....................)).))))) ( -23.50)
>consensus
AAUUAAUCAAUAAAU__GUACUUACUCAACGUGAUUAGACAACUGGAGCAGUGCCAAAUCCGCAUCGGUAUAUACAUUGGGAUUGUACUGUUCGUGGAUUAAUAGUCGCGAU
.............................((((((((.....(((.((((((((..(((((.((...((....))..))))))))))))))))).)......)))))))).. (-18.93 = -18.72 +  -0.22)

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