Locus 368

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 1,419,726 – 1,419,837
Length 111
Max. P 0.910763
window612 window613

overview

Window 2

Location 1,419,726 – 1,419,837
Length 111
Sequences 6
Columns 111
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.58
Mean single sequence MFE -38.75
Consensus MFE -30.29
Energy contribution -29.47
Covariance contribution -0.82
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -2.40
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.91
SVM RNA-class probability 0.880435
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1419726 111 + 27905053
CGCAUGCGACCACACAGCAUUGUUGCUCAGCGAAGCACCGAAAUGGACCUAAACCCCCGAUUUCGCUUCUUCGAGGGCAACGGACGCUUGUGCAACUGCCACUGGCUCAAC
.((..(((..((((.(((.(((((((((..(((((...((((((((..........)).))))))...))))).)))))))))..)))))))....))).....))..... ( -31.50)
>DroGri_CAF1 1495 109 + 1
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((((((((((((((....))).((((((-((..(.((.((((((((((....-)))..))))))).)).)..)))))))).)))))))))))....(((.....))).... ( -42.30)
>DroSec_CAF1 1441 111 + 1
CGCAUGCGACCACACAGCAUUGUUGCCCAGCGAAGCACCGAAAUGGACAUAAACCCCCGAUUUCGCUGCUUCGAGGGCAACGGACGCUUGUGCAACUGUCACUGGCUCAAC
.((..(.(((((((.(((.(((((((((..(((((((.((((((((..........)).)))))).))))))).)))))))))..))))))).....))).)..))..... ( -42.10)
>DroSim_CAF1 1438 111 + 1
CGCAUGCGACCACACAGCAUUGUUGCCCAGCGAAGCACCGAAAUGGACCUAAACCCCCGAUUUCGCUGCUUCGAGGGCAACGGACGCGUGUGCAACUGUCACUGGCUCAAC
.((..(.((((((((.((.(((((((((..(((((((.((((((((..........)).)))))).))))))).)))))))))..))))))).....))).)..))..... ( -43.70)
>DroEre_CAF1 1423 111 + 1
CGCAUGCUACCACUCAGCAUUGUUGCCCAGCGAAACACCGAAAUGGUCAUCAACCACCGAUUUCGCUGCUUCGAUGGCAACGGACGCGUGUGCAGCUGCCACUGGCUCAAC
.(((.(((..(((...((.((((((((...((((.((.(((((((((........))).)))))).)).))))..))))))))..))..))).))))))............ ( -35.80)
>DroYak_CAF1 1424 111 + 1
CGCAUGUUACCACACAGCAUUGUUGCCCAGCGAAACACCGAAAUGGACCUAAACCACCGAUUUCGCUGCUUCGUGGGCAACGGACGCAUGUGCAGCUGCCACCGGCUCAAC
............((((((.((((((((((.((((.((.((((((((..........)).)))))).)).))))))))))))))..)).)))).(((((....))))).... ( -37.10)
>consensus
CGCAUGCGACCACACAGCAUUGUUGCCCAGCGAAGCACCGAAAUGGACCUAAACCACCGAUUUCGCUGCUUCGAGGGCAACGGACGCGUGUGCAACUGCCACUGGCUCAAC
((((((((.((..........(((((((..((((.((.((((((((..........)).)))))).)).)))).))))))))).)))))))).....((.....))..... (-30.29 = -29.47 +  -0.82)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 3

Location 1,419,726 – 1,419,837
Length 111
Sequences 6
Columns 111
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.58
Mean single sequence MFE -48.75
Consensus MFE -35.01
Energy contribution -35.73
Covariance contribution 0.73
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -3.15
Structure conservation index 0.72
SVM decision value 1.07
SVM RNA-class probability 0.910763
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1419726 111 - 27905053
GUUGAGCCAGUGGCAGUUGCACAAGCGUCCGUUGCCCUCGAAGAAGCGAAAUCGGGGGUUUAGGUCCAUUUCGGUGCUUCGCUGAGCAACAAUGCUGUGUGGUCGCAUGCG
.....((..(((((....(((((.((((..((((((..(((((.(.((((((.(((........))))))))).).)))))..).))))).))))))))).)))))..)). ( -39.40)
>DroGri_CAF1 1495 109 - 1
AAUGUGCCAGUUGCAAGUGCACAGACGCACUUUGCCAGCGAGUCAGCGAAAUGAUUGC-AUUCACACAUUUCGGUGGCAAGC-UGGCAAUAAUGCUGAUUGUGCGCCCGUG
...(((((((((((((((((......)))))((((((((..((((.(((((((..((.-...))..))))))).))))..))-))))))...))).))))).))))..... ( -46.70)
>DroSec_CAF1 1441 111 - 1
GUUGAGCCAGUGACAGUUGCACAAGCGUCCGUUGCCCUCGAAGCAGCGAAAUCGGGGGUUUAUGUCCAUUUCGGUGCUUCGCUGGGCAACAAUGCUGUGUGGUCGCAUGCG
.....((..(((((....(((((.((((..(((((((.(((((((.((((((.(((.(....).))))))))).)))))))..))))))).))))))))).)))))..)). ( -53.80)
>DroSim_CAF1 1438 111 - 1
GUUGAGCCAGUGACAGUUGCACACGCGUCCGUUGCCCUCGAAGCAGCGAAAUCGGGGGUUUAGGUCCAUUUCGGUGCUUCGCUGGGCAACAAUGCUGUGUGGUCGCAUGCG
.....((..(((((....(((((.((((..(((((((.(((((((.((((((.(((........))))))))).)))))))..))))))).))))))))).)))))..)). ( -53.40)
>DroEre_CAF1 1423 111 - 1
GUUGAGCCAGUGGCAGCUGCACACGCGUCCGUUGCCAUCGAAGCAGCGAAAUCGGUGGUUGAUGACCAUUUCGGUGUUUCGCUGGGCAACAAUGCUGAGUGGUAGCAUGCG
............((((((((.(((((((..((((((..(((((((.((((((.(((........))))))))).)))))))...)))))).))))...)))))))).))). ( -48.00)
>DroYak_CAF1 1424 111 - 1
GUUGAGCCGGUGGCAGCUGCACAUGCGUCCGUUGCCCACGAAGCAGCGAAAUCGGUGGUUUAGGUCCAUUUCGGUGUUUCGCUGGGCAACAAUGCUGUGUGGUAACAUGCG
(((..(((...))).((..((((.((((..(((((((((((((((.((((((.((..........)))))))).))))))).)))))))).))))))))..)))))..... ( -51.20)
>consensus
GUUGAGCCAGUGGCAGUUGCACAAGCGUCCGUUGCCCUCGAAGCAGCGAAAUCGGGGGUUUAGGUCCAUUUCGGUGCUUCGCUGGGCAACAAUGCUGUGUGGUCGCAUGCG
.....((..(((.(..(..((((.((((..(((((((.(((((((.((((((.(((........))))))))).)))))))..))))))).))))))))..)..)))))). (-35.01 = -35.73 +   0.73)

alignment

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