Locus 3654

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	9,870,229 – 9,870,328
Length	99
Max. P	0.892362

overview

Window 1

Location	9,870,229 – 9,870,328
Length	99
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.95
Mean single sequence MFE	-28.82
Consensus MFE	-27.60
Energy contribution	-27.60
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.25
Structure conservation index	0.96
SVM decision value	0.20
SVM RNA-class probability	0.631284
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9870229 99 + 27905053
A-----------------AC--AAAAAA--AUUCCACUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC
.-----------------..--......--.........(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))) ( -27.60)
>DroVir_CAF1 84847 113 + 1
GCAAAAAAUAU------AAU-AAAACAAAAAACACGCUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC
...........------...-..................(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))) ( -27.60)
>DroPse_CAF1 88262 110 + 1
G-----AUCAUAAUACAUAUUAAAAACG--AUU---UUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC
.-----......................--...---...(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))) ( -27.60)
>DroGri_CAF1 77251 110 + 1
AAAGAAAACCA------AAU-GAAAUAG--GAUUC-GUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC
...........------...-.....((--(....-(((((.((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).)).....)))))))))..))).... ( -29.60)
>DroWil_CAF1 98185 107 + 1
AAAAA----------AAAAU-GAAAAGG--ACUCUCGUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC
.....----------.....-((..(((--......(((((.((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).)).....)))))))))..)))..)) ( -29.80)
>DroPer_CAF1 90168 114 + 1
GCGUACAUCAUAAUACGUAU-AAAAACG--AUU---AUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC
(((((........)))))..-.......--...---...(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))) ( -30.70)
>consensus
A_A_A_A_CAU______AAU_AAAAAAG__AUU_C_CUCGACGAGGAUGGGAUUCGAACCCACGCGUGCAGAGCACAUUGGAUUAGCAGUCCAACGCCUUAACCUCUCGGCCACCUCGUC
.......................................(((((((.((((.......)))).((((((...)))).((((((.....)))))).))................))))))) (-27.60 = -27.60 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	9,870,229 – 9,870,328
Length	99
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.95
Mean single sequence MFE	-37.32
Consensus MFE	-35.20
Energy contribution	-35.20
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.71
Structure conservation index	0.94
SVM decision value	0.97
SVM RNA-class probability	0.892362
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9870229 99 - 27905053
GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAGUGGAAU--UUUUUU--GU-----------------U
((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))).........--......--..-----------------. ( -35.20)
>DroVir_CAF1 84847 113 - 1
GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAGCGUGUUUUUUGUUUU-AUU------AUAUUUUUUGC
((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))(((((.......))))).-...------........... ( -36.10)
>DroPse_CAF1 88262 110 - 1
GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAA---AAU--CGUUUUUAAUAUGUAUUAUGAU-----C
((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))...---.((--(((..(........)..)))))-----. ( -35.80)
>DroGri_CAF1 77251 110 - 1
GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAC-GAAUC--CUAUUUC-AUU------UGGUUUUCUUU
((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))...-(((..--(((....-...------)))..)))... ( -38.50)
>DroWil_CAF1 98185 107 - 1
GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGACGAGAGU--CCUUUUC-AUUUU----------UUUUU
((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))(((....))--)......-.....----------..... ( -39.50)
>DroPer_CAF1 90168 114 - 1
GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAU---AAU--CGUUUUU-AUACGUAUUAUGAUGUACGC
((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......)))))))))))).((---(((--(((....-..))).)))))......... ( -38.80)
>consensus
GACGAGGUGGCCGAGAGGUUAAGGCGUUGGACUGCUAAUCCAAUGUGCUCUGCACGCGUGGGUUCGAAUCCCAUCCUCGUCGAC_G_AAU__CUUUUUU_AUU______AUG_U_U_U_C
((((((((((((....)))))..((((((((.......))))))((((...))))))(((((.......))))))))))))....................................... (-35.20 = -35.20 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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