Locus 3548

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 9,598,042 – 9,598,143
Length 101
Max. P 0.772234
window5703

overview

Window 3

Location 9,598,042 – 9,598,143
Length 101
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.55
Mean single sequence MFE -29.21
Consensus MFE -22.34
Energy contribution -23.57
Covariance contribution 1.22
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -1.71
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.772234
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9598042 101 + 27905053
CUCGAGGAUAAUUUGUUGUGUUGAUUAUUAUGGGGCGGCUAACCAUUUGGUUCCUACUGGGACUAACGUUAAUCGCCGUUUCCAAUAAUGGUAAGUA-CA-----C-------------U
.................((((..(((((((((..(((((((((...((((((((....)))))))).))))...)))))..)..))))))))....)-))-----)-------------. ( -30.20)
>DroVir_CAF1 4580 102 + 1
CUCAAGGAUAAUUUGUUGAUUUUAUGAUUAUGGGGCGGCUAACAAUUUGGUUCCUGCUGGGACUUACGUUAAUCGCCGUUUCCAACAAUGGUGAGUUUCC-----A-------------G
.....(((.((((..((((((....)))).(((((((..((((.....((((((....))))))...))))..))))....))).....))..)))))))-----.-------------. ( -25.90)
>DroGri_CAF1 5190 101 + 1
CUCAAGGAUAAUUUGUGGAUUUGAUUAUUAUGGGGCGACUAACAAUUUGGUUCCUGCUGGGACUGACGUUAAUCGCCGUAUCCAAUAAUGGUGAGUG-UG-----U-------------C
((((..(((((((.........)))))))(((.(((((.((((...(..(((((....)))))..).)))).))))).)))(((....)))))))..-..-----.-------------. ( -27.40)
>DroWil_CAF1 5405 106 + 1
CUCAAGGAUAAUUUGUUGAUUUGAUCAUAAUGGGGCGGCUAACUAUAUGGUUCCUAUUGGGACUAACGUUAAUCGCCGUCUCCAACAAUGGUGAGUU-UAAAAUCC-------------A
.....((((......((((.((.(((((..(((((((((((((....(((((((....)))))))..))))...)))))).)))...))))).)).)-))).))))-------------. ( -31.40)
>DroMoj_CAF1 4517 101 + 1
CUCAAGGAUAAUUUGUUGAUUUGAUUAUUAUGGGGCGUUUAACACUUUGGUUCCUGCUGGGACUGACGUUAAUCGCCGUUUCCUAUAAUGGUGAGUG-CG-----A-------------G
.((((.((....)).)))).((.((((((((((((((.(((((...(..(((((....)))))..).))))).))).....))))))))))).))..-..-----.-------------. ( -28.70)
>DroAna_CAF1 5385 114 + 1
CUCGAGGAUAAUUUGUUGUUUUGAUUAUUAUGGGGCGGCUAACAAUUUGGUUCCUUCUGGGACUAACGUUAUUCGCCGUCUCCAAUCAUGGUGAGUA-CU-----UCCUAACUUGAUCCU
....(((((.....((((......(((((((((((((((((((...((((((((....)))))))).))))...))))))).....))))))))...-..-----...))))...))))) ( -31.64)
>consensus
CUCAAGGAUAAUUUGUUGAUUUGAUUAUUAUGGGGCGGCUAACAAUUUGGUUCCUGCUGGGACUAACGUUAAUCGCCGUUUCCAAUAAUGGUGAGUA_CA_____A_____________G
.((((.((....)).)))).((.((((((((((((((..((((...((((((((....)))))))).))))..))))....)).)))))))).))......................... (-22.34 = -23.57 +   1.22)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:03:57 2006