Locus 3518

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 9,510,393 – 9,510,509
Length 116
Max. P 0.998515
window5651

overview

Window 1

Location 9,510,393 – 9,510,509
Length 116
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.38
Mean single sequence MFE -42.47
Consensus MFE -36.53
Energy contribution -36.53
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.48
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 3.13
SVM RNA-class probability 0.998515
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9510393 116 + 27905053
UUGCAACAACAACAAAAACAUUGCAGAGUGUGGGUG-GCGCGUGUAGCGAUCAAAAUUGCGUGCAUGUGU---AAUGUGUGUGGUGGAGAGACGGCAUUUUUCUUUACCACACGCCUCUU
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>DroSec_CAF1 140087 118 + 1
UUGCAUCAACAACAAAAACAUUGCAGAGUGUGAGUG-GCGCGUGUAGCGAGCUAAAUUGCGUGCAUGUGUGUGACUGUGUGUGGUGGGGAGACGGCAUUUUUCUUUACCACACGCCUCU-
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>DroSim_CAF1 130223 118 + 1
UUGCAACAACAACAAAAACAUUGCAGAGUGUGAGUG-GCGCGUGUAGCGAGCUAAAUUGCGUGCAUGUGUGUGACUGUGUGUGGUGGGGAGACGGCAUUUUUCUUUACCACACGCCUCU-
.(((((..............)))))(((....(((.-(((((..(.(((.((......)).))))..))))).)))((((((((((((((((.......))))))))))))))))))).- ( -43.14)
>DroEre_CAF1 147940 118 + 1
UUGCAUCAACAACAUAAACAUUGCA--GUGUGGGUGUGCGCGUGUAGCGAGCUAAAUUGCGUGAGUGUGUGUGCCUGUGUGUGGUGGGGAGACGGCAUUUUUCUUUACCACACGCCUCUU
..((((.....(((((..(((.(((--((...(((...(((.....))).)))..))))))))..)))))))))..((((((((((((((((.......))))))))))))))))..... ( -42.90)
>DroYak_CAF1 141687 119 + 1
UUGCAUCAACAACAAAAACAUUGCAGAGUGUGGGUGUGCGCGUGCAGCGAGCUAAAUUGCGUGAGUGUGUGUGUCUAUGUGUGGUGGGGAGACGGCAUUUUUCUUUACCACACGCCUCU-
.((((................))))(((.(((((..((((((..((((((......)))).))..))))))..)))))((((((((((((((.......))))))))))))))..))).- ( -40.99)
>consensus
UUGCAUCAACAACAAAAACAUUGCAGAGUGUGGGUG_GCGCGUGUAGCGAGCUAAAUUGCGUGCAUGUGUGUGACUGUGUGUGGUGGGGAGACGGCAUUUUUCUUUACCACACGCCUCU_
(((((................))))).....(((...(((((((((((((......)))).)))))))))......((((((((((((((((.......))))))))))))))))))).. (-36.53 = -36.53 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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