Locus 3517

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	9,509,590 – 9,509,722
Length	132
Max. P	0.999337

overview

Window 8

Location	9,509,590 – 9,509,708
Length	118
Sequences	5
Columns	118
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	94.92
Mean single sequence MFE	-40.14
Consensus MFE	-36.54
Energy contribution	-36.94
Covariance contribution	0.40
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-2.29
Structure conservation index	0.91
SVM decision value	3.52
SVM RNA-class probability	0.999337
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9509590 118 - 27905053
AUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUACAGCGAUAGUUGCAUAUGACGAGAAUGUGAGCUGUUAUCG
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>DroSec_CAF1 139276 118 - 1
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>DroSim_CAF1 129414 118 - 1
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........(((((((((((....))))))))))).......((((((((...((.(((((.(((((.......)))))...))))).(..(((((.....)))))..))))))))))) ( -42.20)
>DroEre_CAF1 147130 118 - 1
AUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGAGUAUCGAUACUUGGCAUUACAGUACAGCGAUAGUUGCAUAUGACGAAAAUAUGAGUUGUUAUCG
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>DroYak_CAF1 140865 118 - 1
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>consensus
AUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUACAGCGAUAGUUGCAUAUGACGAGAAUGUGAGCUGUUAUCG
........(((((((((((....))))))))))).......((((((((.((...(((((.(((((.......)))))...)))))....(((((.......))))))).)))))))) (-36.54 = -36.94 +   0.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 9

Location	9,509,630 – 9,509,722
Length	92
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.00
Mean single sequence MFE	-25.10
Consensus MFE	-23.02
Energy contribution	-23.26
Covariance contribution	0.24
Combinations/Pair	1.04
Mean z-score	-1.47
Structure conservation index	0.92
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.941946
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9509630 92 + 27905053
UACUCUCUGGCCGAGUAUCGAUACGCAGAUAUUAUCGUCGUGGUCAGACCAACGCUCUAGCGUCGGUCCGCGGAAAAUAGCGAAAAUUACAA
.......((((((.....(((((.........)))))...))))))((((.((((....)))).))))(((........))).......... ( -25.70)
>DroSec_CAF1 139316 92 + 1
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........(((..((((((........))))))...)))(((((..((((.((((....)))).))))(((........)))...))))).. ( -27.40)
>DroSim_CAF1 129454 92 + 1
UACUCUCUGGCCGAGUAUCGAUACGCAGAUAUUAUCGUCGUGGUCAGACCAACGCUCUAGCGUCGGUCCGCGGAAAAUAGCGAAAAUCACAA
........(((..((((((........))))))...)))(((((..((((.((((....)))).))))(((........)))...))))).. ( -27.40)
>DroEre_CAF1 147170 92 + 1
UACUGUAAUGCCAAGUAUCGAUACUCAGAUAUUAUCGUCGUGGUCAGACCAACGCUCUAGCGUCGGUCCGCGGAAAAUAGCAAAAAUCACAA
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>DroYak_CAF1 140905 92 + 1
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>consensus
UACUCUCUGGCCGAGUAUCGAUACGCAGAUAUUAUCGUCGUGGUCAGACCAACGCUCUAGCGUCGGUCCGCGGAAAAUAGCGAAAAUCACAA
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alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	9,509,630 – 9,509,722
Length	92
Sequences	5
Columns	92
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	95.00
Mean single sequence MFE	-29.00
Consensus MFE	-25.74
Energy contribution	-26.34
Covariance contribution	0.60
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.88
Structure conservation index	0.89
SVM decision value	2.16
SVM RNA-class probability	0.989279
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9509630 92 - 27905053
UUGUAAUUUUCGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUA
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>DroSec_CAF1 139316 92 - 1
UUGUGAUUUUCGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUA
(((((.....(((........)))(((((((((....)))))))))....)))))(((((.........))))).(((((.......))))) ( -29.50)
>DroSim_CAF1 129454 92 - 1
UUGUGAUUUUCGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUA
(((((.....(((........)))(((((((((....)))))))))....)))))(((((.........))))).(((((.......))))) ( -29.50)
>DroEre_CAF1 147170 92 - 1
UUGUGAUUUUUGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGAGUAUCGAUACUUGGCAUUACAGUA
((((((....(((((.......(((((((((((....))))))))))).......(((((.........))))).....))))))))))).. ( -29.20)
>DroYak_CAF1 140905 92 - 1
UUGUGAUUUUUGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGAGUAUCGAUACUUGGCAUUACAGUA
((((((....(((((.......(((((((((((....))))))))))).......(((((.........))))).....))))))))))).. ( -29.20)
>consensus
UUGUGAUUUUCGCUAUUUUCCGCGGACCGACGCUAGAGCGUUGGUCUGACCACGACGAUAAUAUCUGCGUAUCGAUACUCGGCCAGAGAGUA
(((((......((........))((((((((((....))))))))))...)))))(((((.........))))).(((((.......))))) (-25.74 = -26.34 +   0.60)

alignment

secondary structure

dotplot

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