Locus 3499

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 9,451,177 – 9,451,286
Length 109
Max. P 0.900430
window5622

overview

Window 2

Location 9,451,177 – 9,451,286
Length 109
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 85.90
Mean single sequence MFE -34.87
Consensus MFE -28.53
Energy contribution -29.28
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.68
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.01
SVM RNA-class probability 0.900430
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9451177 109 - 27905053
---UGUGGC----ACUAGGCACAG---GCUACGGCAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGU-UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACACUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGGCGACGU
---.((.((----.((((((((((---((((((((((((((((((.((.....)).)-))))..........(((....)))....))).)))))))..)).))))))))))))).)).. ( -41.40)
>DroPse_CAF1 81865 116 - 1
UUCUCUGGC---AACUAGGCACAGUGGUGUACGGCAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGU-UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCGACGA
.....((.(---.(((((((((((...((.(((((((((((((((.((.....)).)-))))...(((((.((....)).))))).))).)))))))))....))))))))))).).)). ( -34.90)
>DroGri_CAF1 120722 108 - 1
---CUG-GA----ACUAGGCGCAG---UCGACGACAGGCAGCCAAAGACAAUUUUGU-UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCAUCGU
---...-((----.((((((((((---..(((....((((((.((((.(((..((((-..(((.........)))....))))..)))))))))))))..)))))))))))))))..... ( -34.70)
>DroWil_CAF1 88975 120 - 1
UACCCUUGCUUAGUCUAGGCCCACAAGUCUAGGGCAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGUUUGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCAACGG
............(.((((((..(((((.((..((((.(((((((((.(......).))))))...........(((((......)))))..))))))).)).))))))))))).)..... ( -32.20)
>DroMoj_CAF1 135417 105 - 1
-------AU----GCUAGGCACAG---UCAACGACAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGU-UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCGACGU
-------..----(((((((((((---.....(((..(((((.((((.(((..((((-..(((.........)))....))))..))))))))))))...))))))))))))))...... ( -31.10)
>DroPer_CAF1 83532 116 - 1
UUCUCUGGC---AACUAGGCACAGUGGUGUACGGCAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGU-UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCGACGA
.....((.(---.(((((((((((...((.(((((((((((((((.((.....)).)-))))...(((((.((....)).))))).))).)))))))))....))))))))))).).)). ( -34.90)
>consensus
___UCUGGC____ACUAGGCACAG___UCUACGGCAAGCAGCCAAAGACAAUUUUGU_UGGCACUAAUUGAAUGUAAAUACAAUUUUGCUUUGCUGUCAAGUCUUGUGUCUAGUCGACGU
..............((((((((((......((((((((((((((...(((....))).))))...(((((.((....)).))))).))).)))))))......))))))))))....... (-28.53 = -29.28 +   0.75)

alignment

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secondary structure

Postscript

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