Locus 3433

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	9,314,168 – 9,314,300
Length	132
Max. P	0.760993

overview

Window 9

Location	9,314,168 – 9,314,279
Length	111
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.00
Mean single sequence MFE	-29.77
Consensus MFE	-21.73
Energy contribution	-21.82
Covariance contribution	0.09
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-1.38
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	0.23
SVM RNA-class probability	0.645032
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9314168 111 - 27905053
GACUGGCAUUCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACACGGAUGGUGGAUGGAUAGUGGUGCCCUGUCAAAACGUCACUCGCUGUCUUACCGGCGG---------
(((.(((((.(((.(((....(..(((((...((((((.....).))))).....)))))..)...))).))))))))..)))...........(((((......))))).--------- ( -29.60)
>DroPse_CAF1 81790 102 - 1
GACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA--------GGAUAGAUAGUAGUGC-CUGUCAAAAUGUCACUUGCCGUCUUACCGGCGG---------
((((((((.((((....)))).))))).......((((....((((...))))--------.))))(((((......-))))).....)))...(((((......))))).--------- ( -28.20)
>DroEre_CAF1 86400 111 - 1
GACUGGCAUUCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACAGGCAUGGUGGAUGGAUAGUGGUGCCCUGUCAAAACGUCACUCGCUGUCUUACCGGCGG---------
(((.(((..((((....))))..((((((((.....(((((((((.........)))))))))....)))))))))))..)))...........(((((......))))).--------- ( -32.30)
>DroWil_CAF1 84139 93 - 1
GACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACAUGGAUAG---AU-GACAGUAGUGUCUUGUCGAAAUGUCGUUCGC-----------------------
((((((((.((((....)))).))))).(((.((((((((((((((...))))).....)---))-)))))).)))....)))(((......)))..----------------------- ( -24.60)
>DroAna_CAF1 83265 112 - 1
GACUGGCAUCCAUAAUUGUGGAUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACACGG-------AUGGAUAGUAGUGG-CUGUCAAAACGUCACUCGGUAUCGUACCGGCGGGCCGCAAUG
...((((((((((....)))))))))).....(((((......((((.((((...(-------(((((((((....)-)))))....)))).....)))).)))).((....))))))). ( -35.70)
>DroPer_CAF1 85167 102 - 1
GACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA--------GGAUAGAUAGUAGUGC-CUGUCAAAAUGUCACUUGCCGUCUUACCGGCGG---------
((((((((.((((....)))).))))).......((((....((((...))))--------.))))(((((......-))))).....)))...(((((......))))).--------- ( -28.20)
>consensus
GACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA_GG_____GGAUGGAUAGUAGUGC_CUGUCAAAACGUCACUCGCUGUCUUACCGGCGG_________
((((((((.((((....)))).))))).....((((((.....).)))))................(((((.......))))).....)))...(((((......))))).......... (-21.73 = -21.82 +   0.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	9,314,199 – 9,314,300
Length	101
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.08
Mean single sequence MFE	-29.17
Consensus MFE	-17.27
Energy contribution	-17.05
Covariance contribution	-0.22
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.85
Structure conservation index	0.59
SVM decision value	0.50
SVM RNA-class probability	0.760993
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9314199 101 - 27905053
-------------------GUUGAGCUGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUUCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACACGGAUGGUGGAUGGAUAGUGGUGCCCU
-------------------........((((..((((.(((..(((((..(((....)))..)))))......(..(((((.((((...))))..)))))..).))).))))..)))).. ( -25.40)
>DroPse_CAF1 81821 111 - 1
GCGCUGGCAGCGCGGCUGGCUCCAGUCGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA--------GGAUAGAUAGUAGUGC-CU
((((.....))))(((((....)))))((((((((((.((...(((((.((((....)))).))))).......((((....((((...))))--------.)))))))))))))))-). ( -39.70)
>DroWil_CAF1 84156 99 - 1
-----------------UGGUUGACUUGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACAUGGAUAG---AU-GACAGUAGUGUCUU
-----------------.....(((...((((((((.(((((((((((.((((....)))).)))))........)))..((((((...))))))))).)---))-))).))...))).. ( -26.80)
>DroYak_CAF1 86386 104 - 1
----------AAC------GCCGGGCUGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUUCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACAGGGAUGGUGGAUGGAUAGUGGUGCCCU
----------...------...((((.(.(((((((.(((.(((((((..(((....)))..)))))..........((((.((((...))))..)))))).))).))))))).))))). ( -28.90)
>DroAna_CAF1 83305 93 - 1
-------------------GUCAAGUUGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUCCAUAAUUGUGGAUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACACGG-------AUGGAUAGUAGUGG-CU
-------------------(((.....)))((((((.......((((((((((....)))))))))).....((((((.(..((((...))))..)-------...)))))))))))-). ( -26.20)
>DroPer_CAF1 85198 101 - 1
----------CACGGCUUGCUCCAGUCGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA--------GGAUAGAUAGUAGUGC-CU
----------...((((......))))((((((((((.((...(((((.((((....)))).))))).......((((....((((...))))--------.)))))))))))))))-). ( -28.00)
>consensus
___________________GUCGAGUUGGCGUUAUUAAUCGACUGGCAUCCAUAAUUGUGGUUGCCAUUAUAAUUGUCAUUAUGUACAAUACA_GG_____GGAUGGAUAGUAGUGC_CU
............................(((((((((.((...(((((.((((....)))).))))).....((((((.....).)))))................)))))))))))... (-17.27 = -17.05 +  -0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

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