Locus 337

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 1,287,042 – 1,287,159
Length 117
Max. P 0.851372
window562

overview

Window 2

Location 1,287,042 – 1,287,159
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.36
Mean single sequence MFE -38.98
Consensus MFE -23.36
Energy contribution -21.92
Covariance contribution -1.44
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.79
SVM RNA-class probability 0.851372
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1287042 117 - 27905053
GG---AACGGAAGCUACUGGAAACCAUAGCGUCAACGACGAUUUGGGCUUUAGUUUGGAUGACAUUGAUGCGCCUGUAAAGGUUGUGAUAUUGUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAAAUC
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>DroPse_CAF1 58767 117 - 1
GG---AGUCGAUGCCACCGGAAAUCACAGCAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUAGACGAUAUCGAUGCUCCGGUGAAGGUUGUCAUCCUGUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUU
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>DroGri_CAF1 48633 115 - 1
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>DroMoj_CAF1 40972 120 - 1
AAAUCAAAUGCAGCUGGCGGAAAUCAGAGUAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUGGACGAUAUUGAUGCACCUGUCAAGGUUAUCAUUCUCUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUU
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>DroAna_CAF1 54577 117 - 1
GA---AAGUGAACCGAAGGGAAACACCAGCAUUAAUGAUGAUCUUGGCUUUAGUCUGGACGACAUUGAUGCUCCUGUGAAGGUUGUGAUCCUCUCGUUGUGGUUCUGGUGGAAGGAAAUA
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>DroPer_CAF1 60474 117 - 1
GG---AGUCGAUGCCACCGGAAAUCACAGCAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUAGACGAUAUCGAUGCUCCGGUGAAGGUUGUCAUCCUUUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUU
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>consensus
GG___AACUGAAGCUACCGGAAAUCACAGCAUCAAUGAUGAUCUGGGCUUCAGCUUGGACGAUAUCGAUGCUCCUGUGAAGGUUGUCAUCCUCUCGCUGUGGUUCUGGUGGAAGGAGAUU
.............(((.(((.(((((((((.....(((((.(((((((....)))))))...))))).....((......)).............)))))))))))).)))......... (-23.36 = -21.92 +  -1.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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