Locus 336

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 1,285,167 – 1,285,287
Length 120
Max. P 0.528519
window561

overview

Window 1

Location 1,285,167 – 1,285,287
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 72.06
Mean single sequence MFE -51.10
Consensus MFE -21.43
Energy contribution -22.85
Covariance contribution 1.42
Combinations/Pair 1.63
Mean z-score -1.76
Structure conservation index 0.42
SVM decision value -0.01
SVM RNA-class probability 0.528519
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 1285167 120 + 27905053
GGCCCGCUCCGCCAGCUCCGCCUGCUCGCUUUGUCCUUCCGAGAGGAGAUGAGGUAGCUGCAGAAUGUUGCGCAGCUGGCUUUUCAACUGCUUGGUCUGCGGGCGUUGCUCUGGCUGGGC
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>DroVir_CAF1 26713 120 + 1
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>DroPse_CAF1 56880 120 + 1
GGCUGCCUCAGCCAGAGCCGCCUGCUCGCUGCGUCCGUCUGCCAGGUGGACGGGCAAUUUCAGAAUAUCAUGCAGCUGAUUCUUCAGCUGCUUCGUCUGUGGCCGCUGUUCGGGAUCGGC
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>DroEre_CAF1 55399 120 + 1
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>DroAna_CAF1 52705 120 + 1
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>DroPer_CAF1 58587 120 + 1
GGCUGCCUCAGCCAGAGCCGCCUGCUCGCUGCGUCCGUCUGCCAGGUGGACGGGCAAUUUCAGAAUAUCAUGCAGCUGAUUCUUCAGCUGCUUCGUCUGUGGCCGCUGUUCGGGAUCGGC
(((((...)))))...((((((((..(((.(((((((((..(...)..))))))).....((((.......((((((((....))))))))....))))..)).)).)..))))..)))) ( -54.40)
>consensus
GGCCCCCUCCGCCAGAGCCGCCUGCUCGCUGCGUCCGUCCGCCAGGUGAUCAGGCAGCUGCAGAAUAUCAUGCAGCUGACUCUUCAGCUGCUUGGUCUGCGGCCGCUGCUCUGGAUCGGC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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