Locus 3356

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 9,052,819 – 9,052,923
Length 104
Max. P 0.922760
window5403

overview

Window 3

Location 9,052,819 – 9,052,923
Length 104
Sequences 6
Columns 106
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.82
Mean single sequence MFE -47.82
Consensus MFE -39.27
Energy contribution -40.55
Covariance contribution 1.28
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.83
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.15
SVM RNA-class probability 0.922760
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 9052819 104 - 27905053
AAAGCGAGUGCUGCCUGUGCCCCGACCACGCCCACUUGGCCGGCCUCCAAGGUCAGGUGGGAUCACGAGGUCAGAGG--UCAUCAGAGGCAGUAUUUACUGUGCGU
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>DroSec_CAF1 166521 104 - 1
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>DroSim_CAF1 169912 104 - 1
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>DroEre_CAF1 173262 104 - 1
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>DroYak_CAF1 179666 104 - 1
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>DroAna_CAF1 178272 98 - 1
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>consensus
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alignment

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