| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 8,829,901 – 8,830,017 |
| Length | 116 |
| Max. P | 0.842547 |
| Location | 8,829,901 – 8,830,017 |
|---|---|
| Length | 116 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.76 |
| Mean single sequence MFE | -46.15 |
| Consensus MFE | -29.38 |
| Energy contribution | -29.02 |
| Covariance contribution | -0.36 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -1.69 |
| Structure conservation index | 0.64 |
| SVM decision value | 0.76 |
| SVM RNA-class probability | 0.842547 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 8829901 116 + 27905053 GCCUCAUCCGGGCGCCGAGCAGCAGGUGACUGUAGUGGCCAAAGGCAGUGCUCCGCACGAGGACAAACUGCUCUACACUUUUGUCAACGGGCAUAUGGUGGCUUCAGGUCCGAUAC ((((.....))))((.(((((((((....))))....(((...)))..))))).))....((((...(((.....((((..((((....))))...))))....)))))))..... ( -40.60) >DroVir_CAF1 4785 113 + 1 GCCGCACGCCGGCGGCGAGCAGCAGGUGACCGUUGUGGCGAAGGGCAGCUCGCCGGAUGAGGACAAGCUGCUCUAUACCUUUGUCAAUGGUCACAUGGUGGCCUCUGCU---GUCC (((((......)))))..(((((((((((((((..(((((((((((((((.(((......)).).))))))......)))))))))))))))))..((...)).)))))---)).. ( -55.30) >DroGri_CAF1 4507 110 + 1 GCCACACGCUGGCGGCGAGCAGCAGGUGACGGUUGUGGCCAAGGGCAGCUCGCCGGAUGAGGACAAGUUGCUCUACACAUUUGUCAACGGUCACAUGGUGGCCUCGGC------CC (((....(.(((((((..(((((.(....).))))).))).(((((((((.(((......)).).)))))))))........)))).)((((((...))))))..)))------.. ( -46.10) >DroWil_CAF1 4096 110 + 1 GCCGCAUUCAGGCGGGGAUCAACAGGUGACUGUGGUGGCCAAAGGAAGUUCUCCAAAUGAGGAUAAAUUGCUAUAUACAUUUGUCAAUGGCCAUAUGGUGGCUUCGGCUC------ .((((......))))..((((((((....)))).(((((((..(((.....))).......(((((((..........)))))))..))))))).))))(((....))).------ ( -37.10) >DroMoj_CAF1 4652 110 + 1 GCCGCACGCCAGCGGCGAACAGCAGGUGACCGUGGUGGCCAAGGGCAGCUCGCCGGACGAGGACAAGCUGCUCUACACGUUUGUCAAUGGUCAUAUGGUGGCCUCAGC------GC (((((......))))).....((((((.((((((.(((((((((((((((.(((......)).).)))))))))(((....)))...)))))))))))).))))..))------.. ( -51.60) >DroAna_CAF1 4301 114 + 1 UCCCCAUCCUGGUGCUGAGCAGCAGGUGACUGUGGUGGCCAAAGGCAGUGCUCCGCACGAGGACAAACUGCUAUACACUUUUGUGAACGGCCACAUGGUCGCCUCG--UUAGAGAC ........(((.(((...))).)))(((((((((.(((((...((((((..(((......)))...))))))...(((....)))...))))))))))))))(((.--...))).. ( -46.20) >consensus GCCGCACGCCGGCGGCGAGCAGCAGGUGACUGUGGUGGCCAAAGGCAGCUCGCCGGACGAGGACAAACUGCUCUACACAUUUGUCAACGGUCACAUGGUGGCCUCGGCU_____AC ((((.....))))..........((((.(((((.((((((...(((((((..((......))...)))))))..(((....)))....))))))))))).))))............ (-29.38 = -29.02 + -0.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:57:55 2006