Locus 3191

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	8,466,820 – 8,466,980
Length	160
Max. P	0.812146

overview

Window 3

Location	8,466,820 – 8,466,940
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.44
Mean single sequence MFE	-47.72
Consensus MFE	-32.57
Energy contribution	-33.08
Covariance contribution	0.50
Combinations/Pair	1.25
Mean z-score	-2.97
Structure conservation index	0.68
SVM decision value	0.65
SVM RNA-class probability	0.812146
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8466820 120 - 27905053
GGCUGGGAAACAACAGAGGCAACAUCUACUGCCGGAAGAACAUGUGGCGGAACACCACAGAACGGGAGUUCUGGGACUUCAGCUGGCACGAGAUGGGCGUCUACGAUUUGCCAGCCCAGG
((((((.(((....(((.((..(((((..((((((..(((..(((......)))((.((((((....))))))))..)))..))))))..))))).)).)))....))).)))))).... ( -50.10)
>DroVir_CAF1 4003 120 - 1
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(((.(((((...((((((((..(((((..(((((((((.....))))).........((((((....))))))...........))))..)))))...).))))))).)))))))).... ( -52.40)
>DroGri_CAF1 4299 120 - 1
GGCUGGGCAACAAUCGCGGCAAUAUCUAUUGCCGCCACAAUCUCUGGCUAAAUACAACGGAGCGCGAGUUCUGGAACUUUAGCUGGCAUGAGAUGAGCGUUUACGAUAUGCCCGCCCAAA
(((.(((((...(((((((((((....))))))))....(((((.(((((((.....((((((....))))))....))))))).....)))))..........))).)))))))).... ( -48.40)
>DroWil_CAF1 5888 120 - 1
GGCUGGGAAACAACAGGGGCAAUAUUUACUGCCGUCACAAUCUCUGGAUGAACACCACGGAGCGUGAGUUCUGGAAUUUCAGUUGGCACGAAAUGAGUGUCUACGACAUGCCUGCCCAGA
..(((((......((((((((........))))(((............((((.....((((((....))))))....))))((.(((((.......))))).)))))...))))))))). ( -41.20)
>DroMoj_CAF1 3977 120 - 1
GGCUGGGCAAUAAUCGCGGCAACAUCUAUUGCCGCCACAAUCUGUGGCUCAACACGACAGAUCGCGAGUUCUGGAACUUUAGCUGGCACGAGAUGAGCGUCUACGAUAUGCCCGCCCAGA
(((.(((((...((((.(((..(((((..(((((((((.....))))).........((((.(....).))))...........))))..)))))...)))..)))).)))))))).... ( -45.60)
>DroAna_CAF1 9175 120 - 1
GGCUGGGAAACAAUCGGGGCAACAUCUAUUGCCGCAAGAACCUGUGGCACAAUGCCACCGAACGCGAGUUCUGGGACUUUAGCUGGCACGAGAUGGGCGUCUACGAUCUGCCCGCCCAAG
(((.(((.....((((((((..(((((..(((((((((..((.(((((.....))))).((((....)))).))..)))..)).))))..)))))...)))).))))...)))))).... ( -48.60)
>consensus
GGCUGGGAAACAAUCGCGGCAACAUCUAUUGCCGCCACAAUCUCUGGCUAAACACCACGGAGCGCGAGUUCUGGAACUUCAGCUGGCACGAGAUGAGCGUCUACGAUAUGCCCGCCCAGA
..(((((.......((.((((.(((((..((((((((.......)))).........((((((....))))))...........))))..)))))..((....))...))))))))))). (-32.57 = -33.08 +   0.50)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	8,466,860 – 8,466,980
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.50
Mean single sequence MFE	-42.59
Consensus MFE	-30.08
Energy contribution	-32.14
Covariance contribution	2.06
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-1.32
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	0.18
SVM RNA-class probability	0.619478
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8466860 120 - 27905053
UCCUUAGCCUACCUCCUUUGGCGAGCAGGAUACGAUGUGUGGCUGGGAAACAACAGAGGCAACAUCUACUGCCGGAAGAACAUGUGGCGGAACACCACAGAACGGGAGUUCUGGGACUUC
((((..(((..........)))....))))...(((((((..((((....)..)))..)).)))))..((((((.(......).))))))....((.((((((....))))))))..... ( -39.40)
>DroVir_CAF1 4043 120 - 1
UCGCUGGCGUAUUUGCUGUGGCGCGCCGGCUACGAUGUGUGGCUGGGCAAUAAUCGUGGCAACAUCUAUUGCCGCCGGAAUCUCUGGCUAAAUACGACGGAGCGUGAGUUCUGGAACUUC
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>DroGri_CAF1 4339 120 - 1
UCGUUGGCGUAUCUGCUGUGGCGCGCCGGCUAUGAUGUGUGGCUGGGCAACAAUCGCGGCAAUAUCUAUUGCCGCCACAAUCUCUGGCUAAAUACAACGGAGCGCGAGUUCUGGAACUUU
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>DroWil_CAF1 5928 120 - 1
UCGCUAGCUUAUCUAUUAUGGCGCGCCGGCUAUGACGUUUGGCUGGGAAACAACAGGGGCAAUAUUUACUGCCGUCACAAUCUCUGGAUGAACACCACGGAGCGUGAGUUCUGGAAUUUC
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>DroMoj_CAF1 4017 120 - 1
UCACUGGCCUAUUUACUGUGGCGCGCUGGCUACGAUGUGUGGCUGGGCAAUAAUCGCGGCAACAUCUAUUGCCGCCACAAUCUGUGGCUCAACACGACAGAUCGCGAGUUCUGGAACUUU
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>DroAna_CAF1 9215 120 - 1
UCCUUGGCCUACCUCCUUUGGCGCGCCGGCUAUGAUGUCUGGCUGGGAAACAAUCGGGGCAACAUCUAUUGCCGCAAGAACCUGUGGCACAAUGCCACCGAACGCGAGUUCUGGGACUUU
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>consensus
UCGCUGGCCUAUCUACUGUGGCGCGCCGGCUACGAUGUGUGGCUGGGAAACAAUCGCGGCAACAUCUAUUGCCGCCACAAUCUCUGGCUAAACACCACGGAGCGCGAGUUCUGGAACUUC
....(((((.......((((((...((((((((.....))))))))...........(((((......)))))))))))......))))).......((((((....))))))....... (-30.08 = -32.14 +   2.06)

alignment

secondary structure

dotplot

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