Locus 3180

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,448,531 – 8,448,636
Length 105
Max. P 0.617689
window5151

overview

Window 1

Location 8,448,531 – 8,448,636
Length 105
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.84
Mean single sequence MFE -36.27
Consensus MFE -18.50
Energy contribution -18.19
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.17
SVM RNA-class probability 0.617689
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8448531 105 - 27905053
GCCACCCUCUGCGCAAAGGAAUCUUAUCUGUAUCUAU---CUAGACUGCAGCACAGUGGGCUUAUGACAAGGCUAC-UAC-----------UGAUGGCCAAUGUCAAAAGCUCCGGCUCA
(((..((.(((.((.(((....)))...(((((((..---..))).)))))).))).))((((.(((((.((((((-...-----------.).)))))..))))).))))...)))... ( -33.70)
>DroPse_CAF1 112135 120 - 1
GCCGCCCACUGCGCAAAAGAUUUUCAUCUUUAUCUCGUCGGCAGACUGCAUCACAGUGGGCUUAUGACAAGGCUACCUACUGAUGGGCGGCUGAUGGGCAAUGUCAAAAGCAUGGGCUCA
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>DroEre_CAF1 112290 102 - 1
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.........((((((..((((....))))...(((..---..))).))).)))(((.((((((.(((((.((((..-.--------------...))))..))))).))))))))).... ( -29.10)
>DroYak_CAF1 112757 102 - 1
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>DroAna_CAF1 115037 99 - 1
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(((((((.(((.((..((((..(......)..))------)).(....).)).))).))))...(((((.((((..-.--------------....)))).)))))..)))......... ( -37.20)
>DroPer_CAF1 114006 120 - 1
GCCGCCCACUGCGCAAAAGAUUUUCAUCUUUAUCUCGUCGGCAGACUGCAUCACAGUGGGCUUAUGACAAGGCUACCUACUGAUGGGCGGCUGAUGGGCAAUGUCAAAAGCAUGGGCUCA
((((((((....(((((((((....)))))).....(((....))))))....((((((((((......))))...)))))).))))))))...(((((.((((.....))))..))))) ( -43.60)
>consensus
GCCACCCACUGCGCAAAGGAUUCUUAUCUGUAUCUAU___CUAGACUGCAGCACAGUGGGCUUAUGACAAGGCUAC_U______________GAUGGCCAAUGUCAAAAGCACCGGCUCA
.((((...((((.....((((....))))...(((.......)))..))))....))))((((.(((((..((((...................))).)..))))).))))......... (-18.50 = -18.19 +  -0.30)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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