Locus 3164

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,383,915 – 8,384,006
Length 91
Max. P 0.945297
window5127

overview

Window 7

Location 8,383,915 – 8,384,006
Length 91
Sequences 6
Columns 101
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.95
Mean single sequence MFE -26.32
Consensus MFE -10.66
Energy contribution -11.84
Covariance contribution 1.18
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.59
Structure conservation index 0.41
SVM decision value 1.35
SVM RNA-class probability 0.945297
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8383915 91 - 27905053
GAUGGCGAGUGGUAUGAGCAGAUA--UAUCUGGAUACUAAGGCUCUA----UAUGUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACA---GCGUAGGGAUGGGAG-GGA
((((((((((.....(((((.(((--(((.((((.........))))----.)))))).)))))..))))))))))...---...............-... ( -25.70)
>DroSec_CAF1 45871 94 - 1
GAUGGCGAGU-GUAUGAGCAGAUA--UAUCUGGAUACUACGGCUAUA----UAUGUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACAGCAGCGUAGGGAUGGGGGUGGA
((((((((((-....(((((.(((--(((....((((....).))).----.)))))).)))))..)))))))))).((.(..(((....)))..).)).. ( -27.60)
>DroSim_CAF1 45023 94 - 1
GAUGGCGAGU-GUAUGAGCAGAUA--UAUCUGGAUACUACGGCUAUA----UAUGUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACAGCAGCGUAGGGAUGGGGGUGGA
((((((((((-....(((((.(((--(((....((((....).))).----.)))))).)))))..)))))))))).((.(..(((....)))..).)).. ( -27.60)
>DroEre_CAF1 47386 93 - 1
-AUGCCGAGU-GUAUAAGCAGAUAUAUAUCUGGAAAGUACGGGUAUACGAGUAUAUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACA---GCGCGGGG-UG-GUG-GAA
-...(((..(-(((((......))))))..)))((((((((.(((((....))))).))))))))..((..((((..(.---....)..)-))-)..-)). ( -29.20)
>DroYak_CAF1 47113 87 - 1
GAUGGCGAGU-GUAUGAGCAGAUA--UAUCUGGAUACUUCGGCUAU------AUAUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACA---GCGCAGAG-UG-GGGGGAA
((((((((((-....(((((.(((--(((.(((...(....)))).------)))))).)))))..))))))))))...---........-..-....... ( -26.10)
>DroPer_CAF1 45935 71 - 1
UA---CGAGU-GAGCAAGUAUAUA--UAUCUAGAU-----------------AUAUGU-AGCGUUCAUUUGCCAUUACA---UUG---AGAUUGGGGUGGA
..---(((((-((((...((((((--(((....))-----------------))))))-)..)))))))))((((..((---...---....))..)))). ( -21.70)
>consensus
GAUGGCGAGU_GUAUGAGCAGAUA__UAUCUGGAUACUACGGCUAUA____UAUAUGUGUGCUUUAAUUUGCCAUUACA___GCGUAGGGAUGGGGGUGGA
((((((((((.....(((((.(((............(....).............))).)))))..))))))))))......................... (-10.66 = -11.84 +   1.18)

alignment

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secondary structure

Postscript

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