Locus 3155

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	8,360,740 – 8,360,839
Length	99
Max. P	0.994807

overview

Window 0

Location	8,360,740 – 8,360,839
Length	99
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.42
Mean single sequence MFE	-23.58
Consensus MFE	-18.48
Energy contribution	-18.87
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-2.72
Structure conservation index	0.78
SVM decision value	0.23
SVM RNA-class probability	0.642544
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8360740 99 + 27905053
GCUCAACUAAUUGCACUCAACGUCCG-------GAAUAAGCUACAGACCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA
((((...((((((..(((((.(((.(-------..........).))).(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))..)))). ( -21.80)
>DroSec_CAF1 22904 99 + 1
GCUCAGCUAAUUGCACUCAACGUCCU-------GAAUAAGCUACAGACCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCC
((((.(.((((((..(((((.(..((-------(.........)))..)(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))).)))). ( -21.60)
>DroSim_CAF1 19929 99 + 1
GCUCAGCUAAUUGCACUCAACGUCCG-------GAAUAAGCUACAGACCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA
((((.(.((((((..(((((.(((.(-------..........).))).(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))).)))). ( -22.80)
>DroEre_CAF1 24185 99 + 1
GCUCAGCUAAUUGCACUCAACGUCCG-------GAAUAAGCUACAGACCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA
((((.(.((((((..(((((.(((.(-------..........).))).(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))).)))). ( -22.80)
>DroYak_CAF1 23622 99 + 1
GCUCAGCUAAUUGCACUCAACGUCCG-------GAAUAAGCUACAGACCGAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA
((((.(.((((((..(((((.(((.(-------..........).))).(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))).)))). ( -23.20)
>DroAna_CAF1 23739 106 + 1
GCUCAGCUAAUUGCACUCGACGUCCGGACACCGGACUAAACAACGGUCCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGAAAAUGUACGAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA
((((.(.((((((..(((...((((((...))))))....((((((.......))))))............((((((.....)))))))))..))))))).)))). ( -29.30)
>consensus
GCUCAGCUAAUUGCACUCAACGUCCG_______GAAUAAGCUACAGACCAAAUUUGUUGCACUUAAUGAGCAAAUUUACAAAACAUUUGAGCACAAUUACCGAGCA
((((.(.((((((..(((((.(((.....................))).(((((((((.((.....))))))))))).........)))))..))))))).)))). (-18.48 = -18.87 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	8,360,740 – 8,360,839
Length	99
Sequences	6
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.42
Mean single sequence MFE	-33.08
Consensus MFE	-27.72
Energy contribution	-28.11
Covariance contribution	0.39
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-3.50
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	2.51
SVM RNA-class probability	0.994807
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8360740 99 - 27905053
UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGUCUGUAGCUUAUUC-------CGGACGUUGAGUGCAAUUAGUUGAGC
.((((((((((((..(((((.(((((.((((..((((..(((((((.......)))))))..)))).))))..-------.))))))))))..)))))).)))))) ( -29.80)
>DroSec_CAF1 22904 99 - 1
GGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGUCUGUAGCUUAUUC-------AGGACGUUGAGUGCAAUUAGCUGAGC
.((((((((((((..(((((.(((((((..((.((((..(((((((.......)))))))..)))).))...)-------)))))))))))..))))).))))))) ( -35.30)
>DroSim_CAF1 19929 99 - 1
UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGUCUGUAGCUUAUUC-------CGGACGUUGAGUGCAAUUAGCUGAGC
.((((((((((((..(((((.(((((.((((..((((..(((((((.......)))))))..)))).))))..-------.))))))))))..))))).))))))) ( -32.20)
>DroEre_CAF1 24185 99 - 1
UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGUCUGUAGCUUAUUC-------CGGACGUUGAGUGCAAUUAGCUGAGC
.((((((((((((..(((((.(((((.((((..((((..(((((((.......)))))))..)))).))))..-------.))))))))))..))))).))))))) ( -32.20)
>DroYak_CAF1 23622 99 - 1
UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUCGGUCUGUAGCUUAUUC-------CGGACGUUGAGUGCAAUUAGCUGAGC
.((((((((((((..(((((.((((........((((.(.....).))))......(((..((.....))..)-------)))))))))))..))))).))))))) ( -32.00)
>DroAna_CAF1 23739 106 - 1
UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUCGUACAUUUUCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGACCGUUGUUUAGUCCGGUGUCCGGACGUCGAGUGCAAUUAGCUGAGC
.((((((((((((..(((((((((.....))))))...........(((((...........)))))...((((((...))))))...)))..))))).))))))) ( -37.00)
>consensus
UGCUCGGUAAUUGUGCUCAAAUGUUUUGUAAAUUUGCUCAUUAAGUGCAACAAAUUUGGUCUGUAGCUUAUUC_______CGGACGUUGAGUGCAAUUAGCUGAGC
.((((((((((((..(((((.............((((.(.....).))))........(((((.................))))).)))))..)))))).)))))) (-27.72 = -28.11 +   0.39)

alignment

secondary structure

dotplot

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