Locus 3129

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,242,636 – 8,242,735
Length 99
Max. P 0.699195
window5070

overview

Window 0

Location 8,242,636 – 8,242,735
Length 99
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.53
Mean single sequence MFE -36.63
Consensus MFE -22.86
Energy contribution -20.57
Covariance contribution -2.30
Combinations/Pair 1.61
Mean z-score -2.02
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.699195
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8242636 99 - 27905053
UCUAGGAUUGGGUCGUUUCGGCCCACU---UCCCGGCUGGCUGUCAUUGCUCAGGCUGCUGGUAUUGAGCGGCUGAUUGAUGCUCGCAUCCAACGAAGAUUC
(((.(((.(((((((...)))))))..---)))((..(((.(((((((..((((.(((((.......)))))))))..))))...))).))).)).)))... ( -34.00)
>DroSec_CAF1 265 99 - 1
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(((.(((.((((((.....))))))..---)))..(((((.(((((((..((((.(((((.......)))))))))..))))...))).)))))..)))... ( -38.30)
>DroSim_CAF1 187 99 - 1
UCUAGGAUUGGGUCGUUUUAGCCCACU---UCCCGGCUGGCUAUCAUUGCUCAGGCUGCUGGUAUUGAGCAUCUGAUUGAUGCUCGCAUCCAGCGAAGAUUC
(((.(((.(((((.......)))))..---))).(.(((((.......)).))).)((((((...((((((((.....))))))))...)))))).)))... ( -38.30)
>DroEre_CAF1 259 99 - 1
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....((((..((....))..)))).((---(((((((.(((.((((((((((((..........)))))))).))))....)))...)))).).)))).... ( -31.00)
>DroYak_CAF1 265 99 - 1
UCUAGGGUUGGGUCGUUUCGGCCCACU---UCCGGACUGGCUGUCAUUGCUCAGACUGCUAGCAUUGAGCAGCUGAUUAAUGCUUGCGUCCAGCGAAGAUUC
(((.(((.(((((((...)))))))..---)))((((..((...(((((.((((.(((((.......))))))))).)))))...)))))).....)))... ( -37.00)
>DroAna_CAF1 253 102 - 1
CCUAGGAUUCGGUCUUUUCGGCCCACCACCACCUGGCUGGCUGUCCAGACUGAGGCUGCUGGUGUUUGCCAGCUGCUCAGAACUGGUAUCCAGGAUCGAUUC
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>consensus
UCUAGGAUUGGGUCGUUUCGGCCCACU___UCCCGGCUGGCUGUCAUUGCUCAGGCUGCUGGUAUUGAGCAGCUGAUUAAUGCUCGCAUCCAGCGAAGAUUC
....(((((((((.((..(((((..(........)...)))))..)).))))))..(((.((((((((........)))))))).))))))........... (-22.86 = -20.57 +  -2.30)

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