Locus 3121

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,215,335 – 8,215,455
Length 120
Max. P 0.669159
window5061

overview

Window 1

Location 8,215,335 – 8,215,455
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.22
Mean single sequence MFE -53.05
Consensus MFE -36.01
Energy contribution -35.98
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.29
SVM RNA-class probability 0.669159
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8215335 120 + 27905053
CUAUCCGGCGCACAUUAAGUGUGCCUACAAGUUCAUUGGUCGGCCGGACACGCACGUGGAGAUCCUCUUCGAAGAACUGCAGCUGCCGCCUGUGGUCAGUGGAGGCUGCCAGUUGGAUGC
.((((((((((((.....))))))).........(((((.(((((...(((...((.((((...)))).))..((.(..((((....).)))..))).)))..)))))))))).))))). ( -46.40)
>DroVir_CAF1 88932 120 + 1
UUAUCCGGCGCACAUCAAGUGCGCCUACAAGUUCAUUGGGCGUCCCGACAGUCGCGUGGAGCUGCUGUUCGAGGAGCUGCAGCUGCCGCCGGUGGUCAGUGGCGGCUGCCAACUGGACGC
......(((((((.....))))))).....(((((((((((.((((((((((.((.....)).)))).))).))))))(((((((((((.(.....).)))))))))))))).))))).. ( -60.00)
>DroGri_CAF1 8416 120 + 1
CUAUCCGGCACACAUUAAGUGCGCCUACAAGUUCAUCGGGCGUCCCGAUAGCCGUGUGGAGCUGCUAUUCGAGGAGCUCCGGCUGCCGCCAGUGGCCACCGGCGGCUGCCAGCUAGAUGC
.((((.(((.(((.....))).)))..........(((((...)))))((((.....((((((.((.....)).))))))(((.((((((.((....)).)))))).))).)))))))). ( -53.90)
>DroWil_CAF1 92612 120 + 1
UUAUCCGGCGCAUAUAAAGUGUGCCUACAAGUUCAUUGGACGACCAGAUACACGUGUGGAGUUGCUCUUCGAAGAACUCCAGCUGCCGCCAGUGACCAGCGGUGGUUGCCAAUUGGAUGC
.((((((((((((.....))))))).........(((((.(((((........((.(((((((.((......))))))))))).(((((.........))))))))))))))).))))). ( -43.70)
>DroMoj_CAF1 7715 120 + 1
CUAUCCGGCGCACAUCAAGUGCGCGUACAAGUUCAUUGGCCGCCCGGACAGCCGUGUAGAGCUGCUAUUCGAGGAGCUGCAGCUGCCGCCAGUGGUCAGCGGCGGCUGUCAACUGGACGC
((.(((((.((((.....))))(((..(((.....)))..)))))))).)).(((.(((((((.((.....)).))))(((((((((((.........)))))))))))...))).))). ( -52.70)
>DroAna_CAF1 65962 120 + 1
UUAUCCGGCGCACAUCAAGUGCGCCUACAAGUUCAUCGGGCGGCCGGACACUCAUGUGGAGCUCCUGUUUGAGGAGCUCCAACUGCCGCCGGUCGUCAGUGGCGGUUGCCAGCUGGAUGC
.((((((((((((.....)))))))....(((......(((((((((.....((..((((((((((.....))))))))))..))...)))))))))..((((....)))))))))))). ( -61.60)
>consensus
CUAUCCGGCGCACAUCAAGUGCGCCUACAAGUUCAUUGGGCGGCCGGACACCCGUGUGGAGCUGCUAUUCGAGGAGCUCCAGCUGCCGCCAGUGGUCAGCGGCGGCUGCCAACUGGAUGC
.((((((((((((.....)))))))....(((((.((((....)))).....((.((((.....)))).))..))))).((((((((((.........))))))))))......))))). (-36.01 = -35.98 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:53:35 2006