Locus 3120

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,214,793 – 8,214,907
Length 114
Max. P 0.805986
window5060

overview

Window 0

Location 8,214,793 – 8,214,907
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.02
Mean single sequence MFE -46.05
Consensus MFE -27.89
Energy contribution -28.40
Covariance contribution 0.51
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.03
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.63
SVM RNA-class probability 0.805986
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8214793 114 + 27905053
GCAACCCUGGCGGCGGACACCUUCUGCCAGCACAGCCGGG---AGCGCAGUGC---CACGCCUAUUUAUAGCGCGGGUCGAUUGCUCGGACUGCGCCUCCGGUUCCAGCAGCCGCCCACC
........((((((((.((.....)))).((..((((((.---.(((((((((---(.((((((....))).))))))(((....))).)))))))..))))))...)).)))))).... ( -52.40)
>DroVir_CAF1 88568 117 + 1
UCGACGCUGUCGGCGUAUACCUGGUGCCAGCACAGCACGAUGUCACGCAAUGC---CACGCCUAUUUAUAGCGCCGGCAGGCUGCUGGGACUGCGACUAAGCUUUCGGCAGCCGCCCACA
.....((((((((((((((...((((...(((..((..........))..)))---..))))....))).)))))))))((((((((..(..((......)))..))))))))))..... ( -45.90)
>DroPse_CAF1 38546 117 + 1
UCAACACUGCCGGCGGACACUUUCUGCCAGCACAGCAAGA---AUCGCAGUUCCACCACGCCUAUUUAUAGCGCGGGCCGACUGCUGGGUCUGCGUCUGCGGUUCCAGCAUCCGCCGACA
.......(((.((((((.....)))))).)))..(((.((---..(((((((...((.((((((....))).)))))..)))))).)..)))))(((.((((.........)))).))). ( -43.90)
>DroGri_CAF1 8065 111 + 1
UCAACGCUGCCGGCGUACACUUGGUGCCAGCACAGCG------CUCGAAAUGC---CACGCCUAUUUAUAGCGCUGGGAGGCUGCUGGGAUUGCGGCUAAGGUUUCAGCAGCCACCCACA
.....((((.((.((......)).)).))))..((((------((..(((((.---......)))))..))))))(((.((((((((..(((........)))..)))))))).)))... ( -45.40)
>DroAna_CAF1 65611 114 + 1
UCAACUUUGGCGGCGGACACCUUCUGCCAGCACAGCCGGA---ACCGCAGUGC---CACGCCUAUUUAUAGCGCCGGUCGAUUGUUUGGACUGCGACUCCGGUUCCAACAGCCGCCCACC
........((((((((.((.....)))).....(((((((---..((((((((---(..(((((....))).)).)))(((....))).))))))..)))))))......)))))).... ( -40.40)
>DroPer_CAF1 43511 117 + 1
UCAACACUGCCGGCGGACACUUUCUGCCAGCACAGCAAGA---AUCGCAGUUCCACCACGCCUAUUUAUAGCGCGGGCCGACUGCUGGGACUGCGUCUGCGGUUCCAGCAUCCGCCGACA
.....(((((.((((((.....)))))).((...))....---...))))).......((((((....))).)))(((.((.((((((((((((....)))))))))))))).))).... ( -48.30)
>consensus
UCAACACUGCCGGCGGACACCUUCUGCCAGCACAGCAAGA___AUCGCAGUGC___CACGCCUAUUUAUAGCGCGGGCCGACUGCUGGGACUGCGACUACGGUUCCAGCAGCCGCCCACA
.......(((.((((((.....)))))).))).................(((.......(((((....))).)).(((.(.((((((((((((......))))))))))))).)))))). (-27.89 = -28.40 +   0.51)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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