Locus 3060

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,097,899 – 8,098,019
Length 120
Max. P 0.906916
window4953 window4954

overview

Window 3

Location 8,097,899 – 8,098,019
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 98.67
Mean single sequence MFE -31.30
Consensus MFE -29.00
Energy contribution -28.84
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.05
SVM RNA-class probability 0.906916
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8097899 120 + 27905053
GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCACAACUGACAGCAAACCUGGGCCAACCCCUCGUUCU
.((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))(((..(((.....)))..))).. ( -32.70)
>DroSec_CAF1 49561 120 + 1
GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCGCAACUGACAGCAAACCUGGGCCAACCCCUCGUUCU
.((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))(((..(((.....)))..))).. ( -33.00)
>DroSim_CAF1 21645 120 + 1
GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCGCAACUGACAGCAAACCUGGGCCAACCCCUCGUUCU
.((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))(((..(((.....)))..))).. ( -33.00)
>DroEre_CAF1 24637 119 + 1
GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCGCAACUGACAGCAAACCUG-GCCAACCCCUCGCUCU
.((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))......-................ ( -28.90)
>DroYak_CAF1 18027 119 + 1
GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCGCAACUGACAGCAAACCUG-GCCAACCCCUCGCUCU
.((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))......-................ ( -28.90)
>consensus
GUGCUGUCAUUGUUUAAUUGUCAAUAGACAUCGGCCUCUAUCAAUAUCAUAAAAGCUAAUAACUCUCGGUUGGCUGGACGAGCCGCAACUGACAGCAAACCUGGGCCAACCCCUCGUUCU
.((((((((((((....(((((.(((((........)))))............(((((((........))))))).)))))...)))).))))))))....................... (-29.00 = -28.84 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 8,097,899 – 8,098,019
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 98.67
Mean single sequence MFE -37.10
Consensus MFE -33.58
Energy contribution -33.74
Covariance contribution 0.16
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.49
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.51
SVM RNA-class probability 0.764146
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8097899 120 - 27905053
AGAACGAGGGGUUGGCCCAGGUUUGCUGUCAGUUGUGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC
.((((...(((....)))..))))(((((((.((((((((.....))))...(((.((.(((..((((((((.......))))))))..))).)).)))........))))))))))).. ( -37.90)
>DroSec_CAF1 49561 120 - 1
AGAACGAGGGGUUGGCCCAGGUUUGCUGUCAGUUGCGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC
.((((...(((....)))..))))(((((((.(((.((((.....))))...(((.((.(((..((((((((.......))))))))..))).)).))).........)))))))))).. ( -36.40)
>DroSim_CAF1 21645 120 - 1
AGAACGAGGGGUUGGCCCAGGUUUGCUGUCAGUUGCGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC
.((((...(((....)))..))))(((((((.(((.((((.....))))...(((.((.(((..((((((((.......))))))))..))).)).))).........)))))))))).. ( -36.40)
>DroEre_CAF1 24637 119 - 1
AGAGCGAGGGGUUGGC-CAGGUUUGCUGUCAGUUGCGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC
...((....(((((((-..((...(((((.....)))))....)).)))))))....((((((.((((((((.......))))))))...((((....)))).......)))))).)).. ( -37.40)
>DroYak_CAF1 18027 119 - 1
AGAGCGAGGGGUUGGC-CAGGUUUGCUGUCAGUUGCGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC
...((....(((((((-..((...(((((.....)))))....)).)))))))....((((((.((((((((.......))))))))...((((....)))).......)))))).)).. ( -37.40)
>consensus
AGAACGAGGGGUUGGCCCAGGUUUGCUGUCAGUUGCGGCUCGUCCAGCCAACCGAGAGUUAUUAGCUUUUAUGAUAUUGAUAGAGGCCGAUGUCUAUUGACAAUUAAACAAUGACAGCAC
.((((...(((....)))..))))(((((((.(((.((((.....))))...(((.((.(((..((((((((.......))))))))..))).)).))).........)))))))))).. (-33.58 = -33.74 +   0.16)

alignment

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