Locus 3019

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,067,907 – 8,068,027
Length 120
Max. P 0.926866
window4857

overview

Window 7

Location 8,067,907 – 8,068,027
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.22
Mean single sequence MFE -31.20
Consensus MFE -28.79
Energy contribution -28.60
Covariance contribution -0.19
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.38
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 1.18
SVM RNA-class probability 0.926866
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8067907 120 + 27905053
UGGCUGGUGGUGUUGGCGUUUGGUUAAUUUGUUGCUAUAUUUGAUUGUGGCACACUUUGCGCAAUUAUUUGAUUGCGUUUCUAUUAAGUCCCGAUACAGUUCAAGAGGUCAACAAUCAGA
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>DroPse_CAF1 12653 120 + 1
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>DroEre_CAF1 12546 120 + 1
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...(((((..(((((((.(((((((....(((.((((((......)))))))))....((((((((....))))))))........))))..((......)).))).)))))))))))). ( -31.10)
>DroYak_CAF1 12777 120 + 1
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...(((((..(((((((.(((((......(((.((((((......)))))))))....((((((((....))))))))............))((......)).))).)))))))))))). ( -31.90)
>DroAna_CAF1 19366 120 + 1
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>DroPer_CAF1 12778 120 + 1
UGUUUGGUGGUGUUGGCGUUUGGUUAAUUUGUUGCUAUAUUUGAUUGUGGCACACUUUGCGCAAUUAUUUGAUUGCGUUUCUAUCAAGUCCCGAUACAGUUCAAGAGUUCAACAAUCAGU
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>consensus
UGGCUGGUGGUGUUGGCGUUUGGUUAAUUUGUUGCUAUAUUUGAUUGUGGCACACUUUGCGCAAUUAUUUGAUUGCGUUUCUAUUAAGUCCCGAUACAGUUCAAGAGGUCAACAAUCAGA
....(((..(((((((..((((((.....(((.((((((......)))))))))....((((((((....))))))))....))))))..)))))))...)))................. (-28.79 = -28.60 +  -0.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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