Locus 3009

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 8,054,509 – 8,054,607
Length 98
Max. P 0.555938
window4843

overview

Window 3

Location 8,054,509 – 8,054,607
Length 98
Sequences 6
Columns 109
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.27
Mean single sequence MFE -32.15
Consensus MFE -18.31
Energy contribution -18.53
Covariance contribution 0.22
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.555938
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8054509 98 + 27905053
CGAUCUGGCGUUGGUUUUGCGCUC----------GAGCAUUG-GCAAAUUAAACAGAUUCUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCAGGGAACAGCGACCAGAUA
..(((((((((((....(((....----------..)))(((-(((.........((((((((((((.....))))))))).))).))))))....))))).)))))). ( -31.80)
>DroPse_CAF1 140427 109 + 1
CGAUCUGGCAUUGGCUUCGCUCCGACUCAGACUUGGGCAUUGGGCAAAUUAAACAGAUUUUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCACGGAGCACAGUGCAGAUA
..(((((.((((((((((((.((((.......))))))....((((.........((((((((((((.....))))).))))))).))))..))))).)))))))))). ( -33.60)
>DroEre_CAF1 125939 98 + 1
CGAUCUGGCAUUGGCUCUGCGCCG----------CAGCAUUG-GCAAAUUAAACAGAUUCUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCACGGAACAGCGGCCAGAUA
..(((((((..((((.....((((----------......))-))..........((((((((((((.....))))))))).)))..))))((......))))))))). ( -32.00)
>DroYak_CAF1 125806 95 + 1
CGAUCUGGCAUUGGCUCUGCGUCG----------GGGCAUUG-GCAAAUUAAACAGAUUCUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCACGGAACAGCGGCCAG---
...........((((((((..(((----------.(((((((-..........))((((((((((((.....))))))))).)))))))).)))..))).))))).--- ( -29.10)
>DroAna_CAF1 128949 96 + 1
CGAUCUGGCAAAGGCUCUG-GCCC----------GAGCAUUGGGCAAAUUAAACAGAUUUUUAUUUGCAAAUCAGAUAA--GAUCAUGCCACAGAGCAGAGCGCAGAUA
..(((((((....((((((-((((----------((...))))))..........((((((.(((((.....)))))))--))))......))))))...)).))))). ( -32.80)
>DroPer_CAF1 138977 109 + 1
CGAUCUGGCAUUGGCUUCGCUCCGACUCAGACUUGGGCAUUGGGCAAAUUAAACAGAUUUUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCACGGAGCACAGUGCAGAUA
..(((((.((((((((((((.((((.......))))))....((((.........((((((((((((.....))))).))))))).))))..))))).)))))))))). ( -33.60)
>consensus
CGAUCUGGCAUUGGCUCUGCGCCG__________GAGCAUUG_GCAAAUUAAACAGAUUCUUAUUUGCAAAUCAGAUAAGAGAUCAUGCCACGGAACAGAGGCCAGAUA
..(((((......((((((.................((.....))..........((((((((((((.....)))))))))).))......))))))......))))). (-18.31 = -18.53 +   0.22)

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secondary structure

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