Locus 2993

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	8,017,660 – 8,017,796
Length	136
Max. P	0.999365

overview

Window 3

Location	8,017,660 – 8,017,762
Length	102
Sequences	5
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	86.87
Mean single sequence MFE	-42.36
Consensus MFE	-28.24
Energy contribution	-28.56
Covariance contribution	0.32
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-3.82
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	1.82
SVM RNA-class probability	0.978655
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8017660 102 + 27905053
GAAGCU------ACAACUGCAGCUACAGCUAAGGCUAAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGUAGUCUGUACUCCGUAGUUGGUGGUACAUG
...(((------((((((((((.((((((((.(((((.((((((((((((.......))))))))))))..)))))..))).)))))))..)))))).)))))..... ( -44.90)
>DroSec_CAF1 83903 108 + 1
GAAGCUACAGCUACAACUGCAGCUACAGCUAAGGCUAAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUUGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUG
...(((((((((((.(((((.(((((......(((...((((((((((((.......))))))))))))....))).)))))..)))))..)))))).)))))..... ( -43.50)
>DroSim_CAF1 84244 108 + 1
GAAGCUACAGCUACAACUGCAGCUACAGCUAAGGCCAAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUUGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUG
...(((((((((((.(((((.(((((......(((((..(((((((((((.......))))))))))))))))....)))))..)))))..)))))).)))))..... ( -44.60)
>DroEre_CAF1 86700 100 + 1
GAAGCCGAAGCUA------AAGCUACAGCUAUAGCUACAGCUA--AGCUAAAGCUGGUAGCUGCCAGUUGGUAGUCGGUAGUCGGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUG
...((((.(((((------.(((....))).))))).((((((--.((((..((((.(..(((((....)))))..).))))...))))...)))))).))))..... ( -35.70)
>DroYak_CAF1 88217 102 + 1
GAAGCUAAAGCUA------AAGCUACAGCUAAGGCUAAAGCUGGUAGCUAAAGCUGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGCAGUCUGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUG
...((((.(((((------..(((((((((..(((((.((((((((((((.......))))))))))))..)))))...)).)))))))...)))))..))))..... ( -43.10)
>consensus
GAAGCUAAAGCUACAACUGCAGCUACAGCUAAGGCUAAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUG
.....................((((((((((.......((((((((((((.......))))))))))))((....(((....)))....)).))))).)))))..... (-28.24 = -28.56 +   0.32)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	8,017,660 – 8,017,762
Length	102
Sequences	5
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.87
Mean single sequence MFE	-32.08
Consensus MFE	-20.76
Energy contribution	-21.78
Covariance contribution	1.02
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.85
Structure conservation index	0.65
SVM decision value	0.76
SVM RNA-class probability	0.843031
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8017660 102 - 27905053
CAUGUACCACCAACUACGGAGUACAGACUACCGACUACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUUAGCCUUAGCUGUAGCUGCAGUUGU------AGCUUC
..(((((..((......)).)))))(.((((.((((...((((((......)))))).(((((((.((((........))))))))))).))))))------)))... ( -32.70)
>DroSec_CAF1 83903 108 - 1
CAUGUACCACCAACUACGGACUACGGACUACCGACAACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUUAGCCUUAGCUGUAGCUGCAGUUGUAGCUGUAGCUUC
.............((((((.((.(((....)))(((((.((((((......)))))).(((((((.((((........)))))))))))..))))))))))))).... ( -36.00)
>DroSim_CAF1 84244 108 - 1
CAUGUACCACCAACUACGGACUACGGACUACCGACAACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUUGGCCUUAGCUGUAGCUGCAGUUGUAGCUGUAGCUUC
.............((((((.((.(((....)))(((((.((((((......)))))).(((((((.((((........)))))))))))..))))))))))))).... ( -36.00)
>DroEre_CAF1 86700 100 - 1
CAUGUACCACCAACUACGGACUACCGACUACCGACUACCAACUGGCAGCUACCAGCUUUAGCU--UAGCUGUAGCUAUAGCUGUAGCUU------UAGCUUCGGCUUC
................(((....)))....((((..........(((((((..(((....)))--)))))))(((((.(((....))).------))))))))).... ( -28.10)
>DroYak_CAF1 88217 102 - 1
CAUGUACCACCAACUACGGACUACAGACUGCCGACUACCAGCUGGCAACUACCAGCUUUAGCUACCAGCUUUAGCCUUAGCUGUAGCUU------UAGCUUUAGCUUC
..((((...((......))..))))...(((((.(.....).)))))......((((..(((((..((((.((((....)))).)))).------)))))..)))).. ( -27.60)
>consensus
CAUGUACCACCAACUACGGACUACAGACUACCGACUACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUUAGCCUUAGCUGUAGCUGCAGUUGUAGCUGUAGCUUC
................(((...........)))..........((......))((((..(((.....)))..))))..(((((.((((((....)))))).))))).. (-20.76 = -21.78 +   1.02)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	8,017,690 – 8,017,796
Length	106
Sequences	5
Columns	106
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.77
Mean single sequence MFE	-41.66
Consensus MFE	-33.74
Energy contribution	-33.90
Covariance contribution	0.16
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-2.20
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	1.64
SVM RNA-class probability	0.969190
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8017690 106 + 27905053
AAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGUAGUCUGUACUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGUAGCUGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG
..((((((((((((.......))))))))))))......((((....(((((((((....))).))))))(((((((((...(.....)..))))).)))))))). ( -42.00)
>DroSec_CAF1 83939 106 + 1
AAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUUGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGUAGCAGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG
...((((((((((...(((((((.(..((((((((....(((....)))....))..))))))..)))).)))).((.((......))..)))))).))))))... ( -39.20)
>DroSim_CAF1 84280 106 + 1
AAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUUGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGUAGCAGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG
...((((((((((...(((((((.(..((((((((....(((....)))....))..))))))..)))).)))).((.((......))..)))))).))))))... ( -39.20)
>DroEre_CAF1 86730 104 + 1
ACAGCUA--AGCUAAAGCUGGUAGCUGCCAGUUGGUAGUCGGUAGUCGGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGCAGCUGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG
..(((..--.)))...((((((((((((((((.(((..(((((.(((((((.((((....))).).))).)))).))))).)))))).).)))))).))))))... ( -40.90)
>DroYak_CAF1 88247 106 + 1
AAAGCUGGUAGCUAAAGCUGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGCAGUCUGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGCAGCCGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG
...((((((((((..(((((((....)))))))(((..(((((.(((((((.((((....))).).)))).))).))))).)))........)))).))))))... ( -47.00)
>consensus
AAAGCUGGUAGCUAAAGCCGGUAGUUGCCAGCUGGUAGUCGGUAGUCCGUAGUCCGUAGUUGGUGGUACAUGGUAGCAGAAGCCACUCGAGCAGCUAACCAGCCGG
...((((((((((...(((((((.(..((((((((....(((....)))....))..))))))..)))).)))).(((((......))).)))))).))))))... (-33.74 = -33.90 +   0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 6

Location	8,017,690 – 8,017,796
Length	106
Sequences	5
Columns	106
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.77
Mean single sequence MFE	-36.82
Consensus MFE	-31.94
Energy contribution	-31.94
Covariance contribution	-0.00
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.69
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	3.54
SVM RNA-class probability	0.999365
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 8017690 106 - 27905053
CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCAGCUACCAUGUACCACCAACUACGGAGUACAGACUACCGACUACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUU
..(((((((.(((((.(((.(((((....)))))..(((((..((......)).)))))......))).....((((((......)))))).)))))))))))).. ( -37.90)
>DroSec_CAF1 83939 106 - 1
CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCUGCUACCAUGUACCACCAACUACGGACUACGGACUACCGACAACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUU
..(((((((.(((((...(.(((((....)))))).(((....((......))....(((....))))))...((((((......)))))).)))))))))))).. ( -35.60)
>DroSim_CAF1 84280 106 - 1
CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCUGCUACCAUGUACCACCAACUACGGACUACGGACUACCGACAACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUU
..(((((((.(((((...(.(((((....)))))).(((....((......))....(((....))))))...((((((......)))))).)))))))))))).. ( -35.60)
>DroEre_CAF1 86730 104 - 1
CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCAGCUGCCAUGUACCACCAACUACGGACUACCGACUACCGACUACCAACUGGCAGCUACCAGCUUUAGCU--UAGCUGU
..(((((((.(((((((.(.(((((.......))))).............(((....)))...............).)))))))))))))).((((.--..)))). ( -34.40)
>DroYak_CAF1 88247 106 - 1
CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCGGCUGCCAUGUACCACCAACUACGGACUACAGACUGCCGACUACCAGCUGGCAACUACCAGCUUUAGCUACCAGCUUU
..(((((((.(((((...(.((((..(((((.....((((...((......))..))))....))))))))))((((((......)))))).)))))))))))).. ( -40.60)
>consensus
CCGGCUGGUUAGCUGCUCGAGUGGCUUCAGCUACCAUGUACCACCAACUACGGACUACAGACUACCGACUACCAGCUGGCAACUACCGGCUUUAGCUACCAGCUUU
..(((((((.(((((.(((.(((((....)))))..((((...((......))..))))......))).....((((((......)))))).)))))))))))).. (-31.94 = -31.94 +  -0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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