| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,898,067 – 7,898,178 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.598223 |
| Location | 7,898,067 – 7,898,178 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 111 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.46 |
| Mean single sequence MFE | -44.35 |
| Consensus MFE | -24.63 |
| Energy contribution | -24.17 |
| Covariance contribution | -0.47 |
| Combinations/Pair | 1.44 |
| Mean z-score | -1.67 |
| Structure conservation index | 0.56 |
| SVM decision value | 0.13 |
| SVM RNA-class probability | 0.598223 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7898067 111 + 27905053 AUAGCGGGCGGCGGAGGCGGCGUGGGCGGGAGGUUCGUCUCCUGCAUGAAAGCCGAUGUUUGUGUCAUGGUCACGCUUAGCGGAUCCAUGUUGCUGUCGCUGUUUAAGCGA ...((.(((((((..((((((((((((((((((....)))))))).......(((.((..((((.......))))..)).)))..))))))))))..)))))))...)).. ( -49.60) >DroPse_CAF1 29315 105 + 1 AUGGCGGGCGGUGGCGGCGGCGUGGGCGGAUUGCUCGAUUCGUGCAUAAAGACCGAGGUCUGUGUCAUGGUCACGCUCAGCGGAUCCAUGUUGCUGUCGCUAUU------G ........((((((((((((((((.(((((((....))))))).)))..((((....))))....(((((((.(((...))))).)))))..))))))))))))------) ( -44.90) >DroYak_CAF1 30060 111 + 1 AUGGCAGGCGGUGGAGGCGGCGUGGGUGGGAGGUUCGUCUCCUGCAUGAAGGCGGAUGUUUGUGUCAUGGUCACGCUCAGCGGAUCCAUGUUGCUGUCGCUGUUUAGGCGG .((.(((((((((..(((((((((((..(((((....)))))..).....((((.(....).))))...(((.(((...))))))))))))))))..)))))))).).)). ( -44.60) >DroMoj_CAF1 175841 108 + 1 AUGGCUGGCGGCG---GUGGCAUGGUCGAGCCGUUGGCAUCCUGCAUAAAUGCUGAUGUCUGCGUCAUGGCAACGCUCAUCGGAUCCAUGCUGCUGUCGCUAUUGAAGUGA .....((((((((---(..(((((((((((((((.((((((..(((....))).)))))).)))....(....)))))....)).))))))..)))))))))......... ( -48.80) >DroAna_CAF1 26211 111 + 1 AUGGCAGGCGGUGGUGGCGGCGUGGGCGGGAGAUUUGUUUCUUGCAUGAAAGCUGAGGUCUGAGUGAUGGCCGCACUCAUCGGAUCAAUAGUGCUCUCACUAUUUAAUCUU ........((((((((.((((....((((((((....))))))))......)))).((((........)))).))).)))))(((.(((((((....)))))))..))).. ( -34.10) >DroPer_CAF1 29022 105 + 1 AUGGCGGGCGGUGGCGGCGGCGUGGGCGGACUGCUCGAUUCGUGCAUAAAGACCGAGGUCUGUGUCAUGGUCACGCUCAGCGGAUCCAUGUUGCUGUCGCUAUU------G .........((((((((((((((((((.(.(((..((..((((((((..((((....))))))).)))))...))..)))).).)))))))))))))))))...------. ( -44.10) >consensus AUGGCGGGCGGUGGAGGCGGCGUGGGCGGGAGGUUCGUUUCCUGCAUAAAGGCCGAGGUCUGUGUCAUGGUCACGCUCAGCGGAUCCAUGUUGCUGUCGCUAUUUAAGCGG .........(((((.((((((((((..((((......))))................((((((....((....))....)))))))))))))))).))))).......... (-24.63 = -24.17 + -0.47)
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