Locus 2922

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	7,839,231 – 7,839,391
Length	160
Max. P	0.769229

overview

Window 3

Location	7,839,231 – 7,839,351
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.39
Mean single sequence MFE	-39.33
Consensus MFE	-23.79
Energy contribution	-24.22
Covariance contribution	0.42
Combinations/Pair	1.32
Mean z-score	-1.65
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	0.24
SVM RNA-class probability	0.648255
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7839231 120 - 27905053
AUGCUGCUGCAUCAGGUCGUGUUGGAAUUGCAACUGGCGUUGGUUUUCUAGCGACAGCAGGUCGUUUUGCUGACGCAGUUCGUCAACUAGAGAGACGAGCUCUUUGCUACGCUUUUGCAG
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>DroPse_CAF1 2491 120 - 1
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>DroWil_CAF1 2398 120 - 1
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>DroYak_CAF1 2482 120 - 1
AUGCUGCUGCAUCAGGUCGUGUUGGAAUUGCAACUGGCGUUGGUUUUCUAGCGUCAGCAGGUCAUUUUGCUGACGCAGUUCGUCAACUAAUGAAAGAAGCUCUUUGCUACGCUUUUGCAG
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>DroAna_CAF1 2463 120 - 1
AUGCUUCUGCAUCAGAUCCUGCUGGAAUUGCAUUUGGCGUUGAUUCUCUAGCGUGAGUAGGUCAUUCUGUUGACGCAGUUCGUCAACCAACGCCGAGAGUUCCUUGCUUCGCUUCUGCAG
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>DroPer_CAF1 2491 120 - 1
AUGCUGCUGCAUAAGGUCGUGCUGGAAUUGCACCUGGCGUUGGUUUUCCAGCGUUACGGUGUCGUUCUGCUGACGCAGAUCGUCCACCAGUAUUAGGAGUUCUCUGCUACGUUUCUGCAG
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>consensus
AUGCUGCUGCAUCAGGUCGUGCUGGAAUUGCAACUGGCGUUGGUUUUCUAGCGUCAGCAGGUCGUUCUGCUGACGCAGUUCGUCAACCAGUGUCAGGAGUUCUUUGCUACGCUUCUGCAG
......(((((..((.........(((((((..((((((((((....))))))))))...((((......)))))))))))................(((.....)))...))..))))) (-23.79 = -24.22 +   0.42)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	7,839,271 – 7,839,391
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.39
Mean single sequence MFE	-45.55
Consensus MFE	-27.80
Energy contribution	-27.72
Covariance contribution	-0.08
Combinations/Pair	1.42
Mean z-score	-2.25
Structure conservation index	0.61
SVM decision value	0.52
SVM RNA-class probability	0.769229
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7839271 120 - 27905053
GCAACUGGUGCCCGGCGUCCAGCUCAUCAACUUGCUGGCGAUGCUGCUGCAUCAGGUCGUGUUGGAAUUGCAACUGGCGUUGGUUUUCUAGCGACAGCAGGUCGUUUUGCUGACGCAGUU
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>DroPse_CAF1 2531 120 - 1
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>DroEre_CAF1 2518 120 - 1
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>DroYak_CAF1 2522 120 - 1
GCAACUGGUGCGCGGCGUCUAGUUCAUCUACUUGUUGGCGAUGCUGCUGCAUCAGGUCGUGUUGGAAUUGCAACUGGCGUUGGUUUUCUAGCGUCAGCAGGUCAUUUUGCUGACGCAGUU
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>DroAna_CAF1 2503 120 - 1
UCGUUUGGUGCGUGGCUUCUAAUUGGUCCACCUGCUGGCGAUGCUUCUGCAUCAGAUCCUGCUGGAAUUGCAUUUGGCGUUGAUUCUCUAGCGUGAGUAGGUCAUUCUGUUGACGCAGUU
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>DroPer_CAF1 2531 120 - 1
GUGCUUGGUAGCCGACAUCCAUUUGGUCCAUUUGUUGGCGAUGCUGCUGCAUAAGGUCGUGCUGGAAUUGCACCUGGCGUUGGUUUUCCAGCGUUACGGUGUCGUUCUGCUGACGCAGAU
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>consensus
GCAACUGGUGCCCGGCGUCCAGUUCAUCCACUUGUUGGCGAUGCUGCUGCAUCAGGUCGUGCUGGAAUUGCAACUGGCGUUGGUUUUCUAGCGUCAGCAGGUCGUUCUGCUGACGCAGUU
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alignment

secondary structure

dotplot

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