Locus 2869

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,691,132 – 7,691,238
Length 106
Max. P 0.909458
window4633

overview

Window 3

Location 7,691,132 – 7,691,238
Length 106
Sequences 6
Columns 111
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.84
Mean single sequence MFE -32.03
Consensus MFE -25.36
Energy contribution -25.95
Covariance contribution 0.59
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -3.24
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 1.07
SVM RNA-class probability 0.909458
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7691132 106 - 27905053
AUCUGGGGCUUGG-----CAAACAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCCUUUGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCAUGCCGCAUA
...((.(((.(((-----(......((((((((....((((((((((((......))))....))))))))..((((((.....)))))))))))))))))).))).)).. ( -34.30)
>DroSec_CAF1 41121 106 - 1
AUCUGGGGCUUGG-----CCAACAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCUUUUGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCAUGCCGCAUA
...((.(((.(((-----(......((((((((....(((((((((((...........).))))))))))..((((((.....)))))))))))))))))).))).)).. ( -32.10)
>DroSim_CAF1 41075 106 - 1
AUCUGGGGCUUGG-----CCAACAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCCUUUGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCAUGCCGCAUA
...((.(((.(((-----(......((((((((....((((((((((((......))))....))))))))..((((((.....)))))))))))))))))).))).)).. ( -34.30)
>DroEre_CAF1 41544 106 - 1
AUCUGGGGCUUGG-----UCAGCAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCCAUUGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCACGCCGCAUA
...((.(((.(((-----(......((((((((....((((((((((((......))))....))))))))..((((((.....)))))))))))))))))).))).)).. ( -33.00)
>DroYak_CAF1 41574 111 - 1
AUCUGGGGCUUGGCCCAGCCAGCAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCCAUCGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCACGCCGCAUA
...((.(((.((((...(....)..((((((((....((((((((((((......))))....))))))))..((((((.....)))))))))))))))))).))).)).. ( -34.90)
>DroAna_CAF1 43238 106 - 1
AUACGGGGAUCAG-----CAAACAUUUGCAUAAAAGUACAAUUAAAGCGAUUGCCGGCCGCCUUUAAUUGUUUCGUAUCUCACGGAUACAUUGUGUAAGCGACGCUACAUA
...........((-----(...(.(((((((((..(.((((((((((((.........)).))))))))))..)(((((.....))))).))))))))).)..)))..... ( -23.60)
>consensus
AUCUGGGGCUUGG_____CCAACAUUUGCAUAAAAUCACAAUUAAAGCCAUUGCCGGCUGCCUUUAAUUGUUUUGUAUCUCUCAGAUACAUUGUGUAAGCCACGCCGCAUA
....(.(((.(((...........(((((((((....((((((((((((......))))....))))))))...(((((.....))))).)))))))))))).))).)... (-25.36 = -25.95 +   0.59)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:46:40 2006