Locus 2861

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,683,151 – 7,683,258
Length 107
Max. P 0.889285
window4622

overview

Window 2

Location 7,683,151 – 7,683,258
Length 107
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.31
Mean single sequence MFE -28.79
Consensus MFE -16.13
Energy contribution -17.99
Covariance contribution 1.86
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.17
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.96
SVM RNA-class probability 0.889285
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7683151 107 - 27905053
--UAAGAUGAGUGUGGUUAUACCCUCGCCUCAUCAUCGCUUUCAUUGCCAUUUUGUGGUUGAUGACUUAUGAUUCAUAUCUUUAUUAGAAU--------GUAACCACGAAAGGGUU---U
--...((((((.((((........))))))))))............(((.(((((((((((((((........)))).(((.....)))..--------.))))))))))).))).---. ( -29.30)
>DroSec_CAF1 33043 107 - 1
--UAUGAUGAGUGUGGUUGUAACCUCGCCUCAUCAUCGCUUUCAUUGCCAUUUUGUGGUUGAUGACUUAUGAUUCAUAUCUUUAUUAGAAU--------GUAACCACGAAAGGGUU---U
--.((((((((((.(((....))).)).))))))))..........(((.(((((((((((((((........)))).(((.....)))..--------.))))))))))).))).---. ( -31.40)
>DroSim_CAF1 33032 107 - 1
--UAUGAUGAGUGUGGUUGUAUCCUCGCCUCAUCAUCGCUUUCAUUGCCAUUUUGUGGUUGAUGACUUAUGAUUCAUAUCUUUAUUAGAAU--------GUAACCACGAAAGAGUU---U
--.((((((((((.((......)).)).))))))))..........((..(((((((((((((((........)))).(((.....)))..--------.)))))))))))..)).---. ( -27.70)
>DroEre_CAF1 33607 102 - 1
--UAAGAUGAGUGCGGUUAGAAC-----CUCUUCAUCGCUGCCAUUGCCAUUUUGUGGUUAAUGUCUUAUGAUUCAAAUCUUUAUUAGAAU--------UUAACCACGAAAGGGUU---U
--...((((((.(.(((....))-----).))))))).........(((.((((((((((((..(((.((((.........)))).)))..--------)))))))))))).))).---. ( -29.50)
>DroYak_CAF1 33333 107 - 1
--AAAGACAAGUGUGGUUAGAACCCUGCCUCAUCAUUGCUCCCAUUGCCAUUUCGUGGUUAAUGACUCAUGAUUCAUAUCUUUAUUAGAAU--------GUAGCCACGAAAGGGUU---U
--...((((((((.(((.((....))))).)))..))).)).....(((.(((((((((((((((........)))).(((.....)))..--------.))))))))))).))).---. ( -25.80)
>DroAna_CAF1 35398 109 - 1
CCUAAGACAUGUGCGGUUAGAGCUCAG-----------UCCUCAUAAACAUUUCGUGGUUGACGACUCGGGAUUCAUAUCUGUAUUAGAAGGCGGGAGCGAAACCACGAAAGGGUUCGUU
(((.......((((((.((((((((((-----------((.(((...((.....))...))).)))).))).))).)).))))))........)))((((((.((.(....))))))))) ( -29.06)
>consensus
__UAAGAUGAGUGUGGUUAGAACCUCGCCUCAUCAUCGCUUUCAUUGCCAUUUUGUGGUUGAUGACUUAUGAUUCAUAUCUUUAUUAGAAU________GUAACCACGAAAGGGUU___U
.....((((((((.((......)).)))....))))).........(((.(((((((((((..........((((............)))).........))))))))))).)))..... (-16.13 = -17.99 +   1.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:46:29 2006