Locus 2849

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,655,515 – 7,655,629
Length 114
Max. P 0.868453
window4604 window4605

overview

Window 4

Location 7,655,515 – 7,655,611
Length 96
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.72
Mean single sequence MFE -36.43
Consensus MFE -22.99
Energy contribution -23.43
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.15
Mean z-score -1.90
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.86
SVM RNA-class probability 0.868453
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7655515 96 + 27905053
-GAUGGAG---AAGGAGAA--------------------CGCCAUAGCGGCUUGGUCAGAGCGUUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGACAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAA
-..(((..---..((((..--------------------.(((.....))).(((((.(((((........))))).)))))((((((((((.....)))))))))))))).....))). ( -32.80)
>DroSec_CAF1 10524 116 + 1
-GAUGGAG---AAGGAGAACGAGGGAAAGGAUCUCCUCACGCCACCGCGGCUUGGUCAGAGCCUUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGACAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAA
-..(((.(---(((.((..(((((((((((.(((..(((.(((.....))).)))..))).))))....))).))))..)).((((((((((.....)))))))))))))).....))). ( -38.10)
>DroSim_CAF1 10203 116 + 1
-GAUGGAG---AAGGAGAACGAGGGAAAGGAUCUCCUCACGCCAUCGCGGCUUGGUCAGAGCCUUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGACAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAA
-(((((..---.((((((.(........)..))))))....)))))..(((((((((.((((..........)))).)))))((((((((((.....)))))))))).......)))).. ( -41.00)
>DroEre_CAF1 10309 110 + 1
-GAUGGAG---AAGGAG------UCGAAGGAUCUGCUCACGCCAUCGUGGCUCGGUCAGAGCCUUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGACAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAA
-..(((((---..(((.------.((((((.((((..(..(((.....)))..)..)))).))))))..)))..........((((((((((.....)))))))))))))))........ ( -40.30)
>DroYak_CAF1 10083 114 + 1
UGAUGGAGAUGAAGGAG------ACGAGGGAUCUCCUCACGCCAUCGUAGCUUGGUCAGAGCCCUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGGCAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAA
.(((((.(.(((.((((------((....).))))))))).)))))......((((((.((.((..((....))..)).)).((((((((((.....))))))))))......)))))). ( -40.40)
>DroAna_CAF1 14965 87 + 1
---UGGCG---CACUCG----------------UCCUCACGUCCUCGCGUCUUGGUCAGAGCC-----------UUGGACUAUGUAAUUAGUAGUCAGCUAAUUGCGCUUCAAUGGCCGA
---.((((---(...((----------------(....))).....)))))(((((((((((.-----------...((((((.......)))))).((.....))))))...))))))) ( -26.00)
>consensus
_GAUGGAG___AAGGAG_________AAGGAUCUCCUCACGCCAUCGCGGCUUGGUCAGAGCCUUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGACAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAA
........................................(((((.(.((..(((((.((((..........)))).)))))((((((((((.....)))))))))))).).)))))... (-22.99 = -23.43 +   0.45)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 5

Location 7,655,531 – 7,655,629
Length 98
Sequences 6
Columns 98
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.64
Mean single sequence MFE -34.60
Consensus MFE -28.11
Energy contribution -28.03
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -2.60
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.78
SVM RNA-class probability 0.848764
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7655531 98 + 27905053
GCCAUAGCGGCUUGGUCAGAGCGUUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGACAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAAGUAAGUGGAGCUCCAUUC
((....)).((((((((((((((........))))).((...((((((((((.....))))))))))..))..))))))))).(((((....))))). ( -34.60)
>DroSec_CAF1 10560 98 + 1
GCCACCGCGGCUUGGUCAGAGCCUUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGACAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAAGUAAGUGGGGCUCCAUCC
(((.((((.(((((((((.((((...((....))..)).)).((((((((((.....))))))))))......)))))))))..)))))))....... ( -39.90)
>DroSim_CAF1 10239 98 + 1
GCCAUCGCGGCUUGGUCAGAGCCUUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGACAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAAGUAAGUGGGGCUCCAUCC
(((.((((.(((((((((.((((...((....))..)).)).((((((((((.....))))))))))......)))))))))..)))))))....... ( -36.90)
>DroEre_CAF1 10339 98 + 1
GCCAUCGUGGCUCGGUCAGAGCCUUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGACAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAAGUAAGUGGAGCUCCAUGC
(((.....))).......((((.(((((....((((((.(((((((((((((.....))))))))))......)))))))))..)))))))))..... ( -33.70)
>DroYak_CAF1 10117 98 + 1
GCCAUCGUAGCUUGGUCAGAGCCCUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGGCAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAAGUAAGUGGAGUUCCAUCC
.((((....(((((((((.((.((..((....))..)).)).((((((((((.....))))))))))......)))))))))..)))).......... ( -32.60)
>DroAna_CAF1 14983 85 + 1
GUCCUCGCGUCUUGGUCAGAGCC-----------UUGGACUAUGUAAUUAGUAGUCAGCUAAUUGCGCUUCAAUGGCCGAGUAAGUGGAGAU--AUCC
(((..(((..((((((((((((.-----------...((((((.......)))))).((.....))))))...))))))))...)))..)))--.... ( -29.90)
>consensus
GCCAUCGCGGCUUGGUCAGAGCCUUCGCAUCCGCUUGGACUAUGUAAUUAGCAGACAGCUAAUUGCACUUCAAUGGCCAAGUAAGUGGAGCUCCAUCC
.((((....(((((((((........((....))(((((...((((((((((.....)))))))))).))))))))))))))..)))).......... (-28.11 = -28.03 +  -0.08)

alignment

Postscript

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Postscript

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