Locus 2794

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,462,967 – 7,463,078
Length 111
Max. P 0.821728
window4524

overview

Window 4

Location 7,462,967 – 7,463,078
Length 111
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.10
Mean single sequence MFE -50.60
Consensus MFE -23.11
Energy contribution -24.75
Covariance contribution 1.64
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -2.26
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 0.68
SVM RNA-class probability 0.821728
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7462967 111 - 27905053
AGCCCUCGGUGACGGUGGCCGCUG------CAGC---GGCAACGGGCAGCACGGCUGGUGAUCCAUGGUUCCUGCAGACCACCGGUCACCAGAUGCCACCCACUGCACCGUUGCGGCACA
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>DroPse_CAF1 2524 114 - 1
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>DroWil_CAF1 2519 117 - 1
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>DroMoj_CAF1 8067 114 - 1
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>DroAna_CAF1 2453 111 - 1
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>DroPer_CAF1 2532 114 - 1
AGCCAUCGGUAACGGUGGCCGCCG------CAGCAACGGCGACGGGCAGCACAUCGGGGGAUCCAUGGUUCCUGCAGACCACCGGGCACCAGAUGCCGCCCACAGCACCGCUGCGUCACA
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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