Locus 2762

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,379,996 – 7,380,116
Length 120
Max. P 0.500000
window4485

overview

Window 5

Location 7,379,996 – 7,380,116
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.67
Mean single sequence MFE -39.10
Consensus MFE -32.56
Energy contribution -31.28
Covariance contribution -1.28
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.32
Structure conservation index 0.83
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7379996 120 - 27905053
UGCGACACCUCGUGCAGUAGACGAUAGUCAUCGAUCAGGGAGCUCCUAUCCAGAUUCACGGACGCCAGCUCCUCGUCGGUCAACUUGUCGAUAUUGUAGAGACUCGACAGCUCGUUAUUA
(((((...(((.(((((((..(((((((.((((((..(((((((....(((........)))....))))))).))))))..)).))))).))))))))))..))).))........... ( -36.40)
>DroSec_CAF1 55556 120 - 1
UGCGACACCUCGUGCAGCAGACGAUAGUCAUCGAUAAGGGAGUUCCUAUCCAGAUUCACGGACGCCAGCUCCUCGUCGGUCAACUGAUCGAUGUUGUAGAGACUCGACAGCUCGUCAUUA
(((..(((...)))..)))(((((..((..((((...(((((((....(((........)))....)))))))((((((((....))))))))..........))))..))))))).... ( -36.60)
>DroSim_CAF1 59132 120 - 1
UGCGACACCUCGUGCAGCAGACGAUAGUCAUCGAUAAGGGAGUUCCUAUCCAGAUUCACGGACGCCAACUCCUCGUCGGUCAACUGAUCGAUAUUGUAGAGACUCGACAGCUCGUCAUUA
(((..(((...)))..)))(((((..((..((((...(((((((....(((........)))....))))))).(((((((....)))))))...........))))..))))))).... ( -35.00)
>DroEre_CAF1 59968 120 - 1
AUCGAAAGCUCGUGCAGAAGACGAUAGUCAUCGAUCAGGGAGCUUCUCUCCAGGCCCACGGAGGCCAGCUCCUCGUCGGUCAACUGAUCGAUCCUGUAGAGACUCGACAGCUCCUCAUUA
.((((...(((.(((((..(((....)))(((((((((((((.....)))).((((.(((.(((......)))))).))))..))))))))).))))))))..))))............. ( -45.30)
>DroYak_CAF1 65231 120 - 1
AGCGAAAGCUCAUGCAGUAGACGAUAGUCAUCGAUCAGGGAACUCCUCUCCAGGCCCACGGAGGCCAGUUCCUCGUCGGUCAGCUGAUCGAUCCUGUAGAGACUCGACAGCUCCUCGUUG
..(((...(((.(((((..(((....)))((((((((((((.......))).((((.(((.(((......)))))).))))..))))))))).))))))))..))).((((.....)))) ( -42.20)
>consensus
UGCGACACCUCGUGCAGCAGACGAUAGUCAUCGAUCAGGGAGCUCCUAUCCAGAUUCACGGACGCCAGCUCCUCGUCGGUCAACUGAUCGAUAUUGUAGAGACUCGACAGCUCGUCAUUA
..(((...(((.(((((....(((((((.((((((..(((((((....(((........)))....))))))).))))))..))).))))...))))))))..))).............. (-32.56 = -31.28 +  -1.28)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:44:14 2006