Locus 2759

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,375,430 – 7,375,529
Length 99
Max. P 0.603420
window4482

overview

Window 2

Location 7,375,430 – 7,375,529
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.47
Mean single sequence MFE -28.13
Consensus MFE -19.17
Energy contribution -19.48
Covariance contribution 0.31
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.59
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.603420
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7375430 99 + 27905053
ACUCAUGUGUUUGG----CGAACCAAUACA--UAGAU---------------GGCCAUAUAAAAAUAUGCACAUGGCCAUGGCUGUCACUGCUCAGUCAGUUGUUUUCAUGCCCUUGCCA
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>DroSec_CAF1 51063 99 + 1
ACUCAUGUGUUUGG----CGAACAAAUACA--UAGAU---------------GGCCAUAUAAAAAUAUGCACAUGGCGAUGGCUGUCUCUGCUCAGUCAGUUGUUUUCAUGCCCUUGCCA
.((.(((((((((.----....))))))))--))).(---------------((((((((....)))))..(((((.((..((((.((......)).))))..)).))))).....)))) ( -29.70)
>DroSim_CAF1 54612 99 + 1
ACUCAUGUGUUUGG----CGAACAAAUACA--UAGAU---------------GGCCAUAUAAAAAUAUGCACAUGGCCAUGGCUGUCUCUGCUCAGUCAGUUGUUUUCAUGCCCUUGCCA
.((.(((((((((.----....))))))))--))).(---------------((((((((....)))))..(((((..(..((((.((......)).))))..)..))))).....)))) ( -27.60)
>DroEre_CAF1 54991 99 + 1
ACUCAUGUGUUUGG----CGAACAAAUACA--UAGAU---------------GGCCAUAUAAAAAUAUCCACAUGACUAUGGCUGUCUCUGCUCAGUCAGUUGUAUUCAUGCCCUUGCCA
.((.(((((((((.----....))))))))--))).(---------------(((.((((....))))...(((((.((..((((.((......)).))))..)).))))).....)))) ( -27.70)
>DroYak_CAF1 60704 99 + 1
ACUCAUGUGUUUGG----CGAACAAAUACA--UAGAU---------------GGCCAUAUAAAAAUAUGCACAUGGCUAUGGCUGUCUCUGCUCAGUCAGUUGUUUCCAUGCCCUUGCCA
.((.(((((((((.----....))))))))--))).(---------------((((((((....)))))..(((((..(..((((.((......)).))))..)..))))).....)))) ( -30.80)
>DroAna_CAF1 54670 114 + 1
AUACAUGUGUUCACUUUACAUAUAAAUAUAUAUAGAUAUAUAUGUACAUGGGGGGCAUAUAAAAAUAUGCACAU------GGCUGUUUCUGCUCAGUCAGUUGUUUUUAUACUCUUUCCA
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>consensus
ACUCAUGUGUUUGG____CGAACAAAUACA__UAGAU_______________GGCCAUAUAAAAAUAUGCACAUGGCCAUGGCUGUCUCUGCUCAGUCAGUUGUUUUCAUGCCCUUGCCA
.((..((((((((.........))))))))...)).................((((((((....)))))..(((((..(..((((.((......)).))))..)..))))).....))). (-19.17 = -19.48 +   0.31)

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