| Sequence ID | 3R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 7,254,123 – 7,254,240 |
| Length | 117 |
| Max. P | 0.958100 |
| Location | 7,254,123 – 7,254,240 |
|---|---|
| Length | 117 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 76.21 |
| Mean single sequence MFE | -44.65 |
| Consensus MFE | -24.09 |
| Energy contribution | -24.32 |
| Covariance contribution | 0.23 |
| Combinations/Pair | 1.47 |
| Mean z-score | -2.28 |
| Structure conservation index | 0.54 |
| SVM decision value | 1.49 |
| SVM RNA-class probability | 0.958100 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3R_DroMel_CAF1 7254123 117 - 27905053 GGGAUCCUUUAGCAGCAGCUGCAGUUGGUACAGCGAACUGAGUUGCUGCUGCUGCUCCAGAUGUCGACAGGUCUGCAGUAGUGGCAGACGCCAGGCAGUGAAUUGAGCGUCG---UCCAG .((((((...((((((((((.(((((.(.....).)))))))))))))))((((((.(((((.(....).))))).))))))))..((((((((........))).))))))---))).. ( -51.00) >DroPse_CAF1 7846 117 - 1 GGGAUCCUUGAGCAGCAGCUGGAGCUGGUACAGUGAAUUCAAUUGCUGCUGCUGCUCCAGAUGGCGACAGGUCUGGAGCAAAGGUAGCCGCCAGGCCCCCAACUGUGGAUCA---UCCAA (((((((...(((((((((((((((((...))))...))))...)))))))))((((((((((....))..))))))))...((..(((....)))..))......))))).---.)).. ( -51.50) >DroGri_CAF1 8024 120 - 1 CGGAUCCUUGAGUAACAGCUGCAGUUGAUACAGUGAAUUAAGCUGCUGCUGCUGCUCCAGAAAUCUGCAGGUCUGCAACAGCGGCACACGCCACGAAUUUAACUGUGCAUCGGUAUCCAA .((((((.((.....))((.((((((((....(((......(((((((.(((.(((.(((....)))..)))..))).)))))))......)))....))))))))))...)).)))).. ( -40.20) >DroWil_CAF1 955 117 - 1 GGGAUCCUUGAGAAGUAGCUGCAACUGAUACAGUGAGUUCAAUUGUUGCUGCUGUUCCAGAUGGCGGCACGUUUGAAGUAAAGGCAAUCGCCAGGCGUUCAUUUGGCUAUCG---UCCAG (((((........((((((.((((.(((.((.....))))).)))).))))))))))).((((..(((.((..((((((...(((....)))..)).))))..)))))..))---))... ( -36.50) >DroMoj_CAF1 7711 120 - 1 AGCAUCCUUUAGCAGUAGCUGCAACUGGUACAGCGAAUUGAGCUGUUGCUGCUGCUCCAAGUAUCGGCACGUCUGUAACAGCGGCACGCGCCAAGCACUUAAAUGAGUAUCGGAAUCAAG ....(((....((((((((.(((((.(((.(((....))).)))))))).)))))).........(((.(((((((....)))).))).)))..))((((....))))...)))...... ( -37.50) >DroPer_CAF1 7770 117 - 1 GGGAUCCUUGAGCAGCAGCUGGAGCUGGUACAGUGAAUUCAAUUGCUGCUGCUGCUCCAGAUGGCGACAGGUCUGGAGCAAAGGUAGCCGCCAGGCACCCAACUGUGGAUCA---UCCAA (((..((((.(((((((((((((((((...))))...))))...)))))))))((((((((((....))..)))))))).))))..(((....))).))).....(((....---.))). ( -51.20) >consensus GGGAUCCUUGAGCAGCAGCUGCAGCUGGUACAGUGAAUUCAAUUGCUGCUGCUGCUCCAGAUGGCGACAGGUCUGCAGCAAAGGCAGACGCCAGGCACUCAACUGUGCAUCG___UCCAA .(((..((.((((((((((.((((..(((.......)))...)))).)))))))))).)).......(((....((.((...(((....)))..)).))...)))..........))).. (-24.09 = -24.32 + 0.23)
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