Locus 2693

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,248,591 – 7,248,708
Length 117
Max. P 0.929450
window4374

overview

Window 4

Location 7,248,591 – 7,248,708
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 70.06
Mean single sequence MFE -40.02
Consensus MFE -21.11
Energy contribution -22.12
Covariance contribution 1.01
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.53
SVM decision value 1.20
SVM RNA-class probability 0.929450
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7248591 117 - 27905053
UGGCUACAAAGUGCUCCCUUUCGUUGAGAGCCAGCCACAGGACCAAAAGUUUAGUGGGCGCCGCCUCACUACACUGCGCCCGCAUGGUCAG---UUGCUGCUCAUGCAACAGAUCAUCCA
(((((.....(.((((.(.......).))))))))))..(((...........((((((((.(..........).)))))))).(((((.(---((((.......))))).)))))))). ( -40.10)
>DroVir_CAF1 3779 117 - 1
GGGGCAUAAAGUGCACCCGUUGCUUUAGGGUCAGGUGCAGAACCAGCUGAUUUGUGGGCGCUGUGUUGCCGCACAACAGCUCCAGUUGCUG---CUGUUGCUUAUGCAGAACCGUGUUUA
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>DroSec_CAF1 3381 117 - 1
UGGCUACAAAGUGCUCCCUUUCAUUGAGAGCCAGCCACAGAACCAAAAGUUUAGUGGGCGCCGCCUCACUAUACUGCGCCCGCAUGGUCAG---CUGCUGCUCAUGCAGCAGAUCAUCCA
(((((.....(.((((.(.......).))))))))))..((((.....)))).((((((((.(..........).)))))))).(((....---(((((((....))))))).....))) ( -41.40)
>DroSim_CAF1 3367 117 - 1
UGGCUACAAAGUGCUCUCUUUCAUUGAGAGCCAGCCACAGAACCAAAAGUUUAGUGGGCGCCGCCUCACUACACUGCGCCCGCAUGGUCAG---CUGCUGCUCAUGCAGCAGAUCAUCCA
(((((.....(.((((((.......))))))))))))..((((.....)))).((((((((.(..........).)))))))).(((....---(((((((....))))))).....))) ( -46.20)
>DroWil_CAF1 3041 111 - 1
UGGGCACAAAAUGCUCCCGUCGUUGGUGAGCAAGACACAGGACUAUUUCCUUGGUGGGUGGCACU---------GGCAUCCACAAUUCCGACUGCUCCUGUCUGCGUAACACCUCGUCCA
.((((......((((((((....))).))))).(..(((((((..........(((((((.(...---------).)))))))..........).))))))...)..........)))). ( -34.75)
>DroYak_CAF1 3502 117 - 1
UGGCUACAAAGUGCUCCCUUUGGCUGUGAGCCAGCCACAGGACCAAAAGUUUAGUUGGCGCCGCCUCAGUACAUUGCGUCCGCAUGGUCAG---UUGCUGCUCUUGCAGCAGAUCAUCCA
.((...(((.(((((.(((.((((((.....)))))).)))...............(((...)))..))))).)))...))(.((((((..---.((((((....)))))))))))).). ( -38.90)
>consensus
UGGCUACAAAGUGCUCCCUUUCAUUGAGAGCCAGCCACAGAACCAAAAGUUUAGUGGGCGCCGCCUCACUACACUGCGCCCGCAUGGUCAG___CUGCUGCUCAUGCAGCAGAUCAUCCA
((((((......((((.(.......).))))......................((((((((..............)))))))).))))))....(((((((....)))))))........ (-21.11 = -22.12 +   1.01)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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