Locus 2651

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 7,135,108 – 7,135,217
Length 109
Max. P 0.991373
window4309

overview

Window 9

Location 7,135,108 – 7,135,217
Length 109
Sequences 6
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.46
Mean single sequence MFE -39.30
Consensus MFE -26.33
Energy contribution -27.50
Covariance contribution 1.17
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.41
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 2.26
SVM RNA-class probability 0.991373
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7135108 109 + 27905053
-GUGG-UUGCCAGCUAGUAUUUGUGGCAGAUUGUACCCCAAGGUAUACGGCAAGUGCUGACCCCCAU-CUACCACA-UCCCUAUUUCAUGCUGCUCCUGCCGUUGGCAGCCAU
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>DroVir_CAF1 92624 96 + 1
CGUGG-UUGCUUG-UUGUAUUUGUGGCAGAUUGUACCCCAAGGUACAAGCAAAGUGC----UCCUCUCU----------UCUGC-CGCUGCUGCUUAUGCUGCUGGCAGCCAU
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>DroGri_CAF1 82134 99 + 1
-GUGGUCUGCUUG-UUGUAUUUGCGGCAGAUUGUACCCCAAGGUACAAGCAAAGUGCCGUCUCCCAUUCCGUUCCCC------------CUUGCUGCUGUUGCUGGCAGCCAU
-((((.(((((..-..(((...(((((((.(((((((....)))))))((.....))....................------------.)))))))...))).))))))))) ( -32.60)
>DroSec_CAF1 67856 109 + 1
-GUGG-UUGCCAGCUAGUAUUUGUGGCAGAUUGUACCCCAAGGUACACGGCAAGUGCUGACCCCCAU-CCACCACA-AACCUAUUUCAUGCUGCUCCUGCCGUUGGCAGCCAU
-((((-((((((((.(((((((((((..(((((((((....))))))((((....))))......))-)..)))))-).........)))))((....)).)))))))))))) ( -42.00)
>DroEre_CAF1 69432 109 + 1
-GUGG-UUGCCAGCUAGUAUUUGUGGCAGAUUGUACCCCAAGGUACACGGCAAGUGCUGACCCCCAU-CCACCACA-UCCCUAUUUCAUGCUGCUUCUGCCGUUGGCAGCCAU
-((((-(((((((((((....(((((..(((((((((....))))))((((....))))......))-)..)))))-...))).........((....)).)))))))))))) ( -40.70)
>DroYak_CAF1 71367 109 + 1
-GUGG-UUGCCAGCUAGUAUUUGUUGCAGAUUGUACCCCAAGGUGCACGGCAAGUGCUGACCCCCAU-CCACCACA-UCCACAUUUCAUACUGCUUCUGCCGUUGGCAGCCAU
-((((-((((((((((((((((((((.....((((((....))))))))))))))))))........-........-...............((....)).)))))))))))) ( -39.30)
>consensus
_GUGG_UUGCCAGCUAGUAUUUGUGGCAGAUUGUACCCCAAGGUACACGGCAAGUGCUGACCCCCAU_CCACCACA_UCCCUAUUUCAUGCUGCUUCUGCCGUUGGCAGCCAU
.((((.((((((((((((((((((.(.....((((((....))))))).)))))))))).................................((....)).)))))))))))) (-26.33 = -27.50 +   1.17)

alignment

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secondary structure

Postscript

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