Locus 2617

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	7,073,835 – 7,073,944
Length	109
Max. P	0.979477

overview

Window 9

Location	7,073,835 – 7,073,944
Length	109
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	81.50
Mean single sequence MFE	-27.27
Consensus MFE	-16.35
Energy contribution	-16.58
Covariance contribution	0.22
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-3.77
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.52
SVM RNA-class probability	0.961137
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7073835 109 + 27905053
ACAUAAAAAAUGCGGCAAUCGUUUCGUCUAAAAUAUUCCGCAA--UUCAA--------UUGCGAAAUUUCCAAGAGUUGAAAUUUUAGACAAAAGGAUUGGCAUUAUCUACAUUAGUUU
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>DroVir_CAF1 21267 109 + 1
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>DroGri_CAF1 11167 109 + 1
AUAUAAAAAAUGCGACAAUCCUUUCGUCUAAAACAUUUUGCACAAGAUC---------GUGC-AAAAUUAGAAGAAUUGUCAUUUUAGACAAAAGGAUUGGCAUUAUCUACAUUUUAGU
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>DroWil_CAF1 4212 119 + 1
AUAUAAAAAAUGCGGCAAUCGUUUCGUCUAAAAUAUUUUGCAAAAGUCAAAGUUAUUUUUGCAAAAAUUAGAAGAAUUGAUAUUUUAGGCAAAAGGAUUGGCAUUAUCUACAUUUCAUU
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>DroMoj_CAF1 9847 109 + 1
AUAUAAAAAAUGCGACAAUCGUUUCGUCUAAAACAUUUUCCACAAGACU---------GUGC-AAAAUUAGAAGAGUUAACAUUUUAGACAAAACGAUUGGCAUUAUCUACAUUUUAUA
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>DroAna_CAF1 8744 109 + 1
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>consensus
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........(((((..(((((.(((.((((((((......((((...............))))...((((.....))))....)))))))).))).)))))))))).............. (-16.35 = -16.58 +   0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	7,073,835 – 7,073,944
Length	109
Sequences	6
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.50
Mean single sequence MFE	-33.11
Consensus MFE	-22.09
Energy contribution	-22.45
Covariance contribution	0.36
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-5.60
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	1.84
SVM RNA-class probability	0.979477
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7073835 109 - 27905053
AAACUAAUGUAGAUAAUGCCAAUCCUUUUGUCUAAAAUUUCAACUCUUGGAAAUUUCGCAA--------UUGAA--UUGCGGAAUAUUUUAGACGAAACGAUUGCCGCAUUUUUUAUGU
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>DroVir_CAF1 21267 109 - 1
CCAAAAAUGUAGAUAAUGCCAAUCCUUUUGUCUAAAAUGACAAUUCUUCUAAUUUU-CCAC---------AGUAUUGUGCAAAAUGUUUUAGACGAAACGAUUGUUGCAUUUUUUAUAU
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>DroGri_CAF1 11167 109 - 1
ACUAAAAUGUAGAUAAUGCCAAUCCUUUUGUCUAAAAUGACAAUUCUUCUAAUUUU-GCAC---------GAUCUUGUGCAAAAUGUUUUAGACGAAAGGAUUGUCGCAUUUUUUAUAU
......(((((((.((((((((((((((((((((((((((....)).....(((((-((((---------(....)))))))))))))))))))))))))))))..))))).))))))) ( -42.40)
>DroWil_CAF1 4212 119 - 1
AAUGAAAUGUAGAUAAUGCCAAUCCUUUUGCCUAAAAUAUCAAUUCUUCUAAUUUUUGCAAAAAUAACUUUGACUUUUGCAAAAUAUUUUAGACGAAACGAUUGCCGCAUUUUUUAUAU
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>DroMoj_CAF1 9847 109 - 1
UAUAAAAUGUAGAUAAUGCCAAUCGUUUUGUCUAAAAUGUUAACUCUUCUAAUUUU-GCAC---------AGUCUUGUGGAAAAUGUUUUAGACGAAACGAUUGUCGCAUUUUUUAUAU
......(((((((.((((((((((((((((((((((((.............(((((-.(((---------......))).))))))))))))))))))))))))..))))).))))))) ( -36.71)
>DroAna_CAF1 8744 109 - 1
AAACAAAUCUAGAUAAUGCCAAUCCUUUUGCCUAAAAUUUCAAUUCUUGGAAAUUUCGCUU--------UUUAU--UUGCGAAAUGUUUUAGACGAAACGAUUGUCGCAUUUUUUAUGU
.........((((.((((((((((.(((((.(((((((((((.....)))))(((((((..--------.....--..))))))).)))))).))))).)))))..))))).))))... ( -26.20)
>consensus
AAAAAAAUGUAGAUAAUGCCAAUCCUUUUGUCUAAAAUGUCAAUUCUUCUAAUUUU_GCAC_________UGACUUGUGCAAAAUGUUUUAGACGAAACGAUUGUCGCAUUUUUUAUAU
......(((((((.((((((((((.(((((((((((((.............(((((.((((...............)))))))))))))))))))))).)))))..))))).))))))) (-22.09 = -22.45 +   0.36)

alignment

secondary structure

dotplot

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