Locus 2599

Sequence ID	3R_DroMel_CAF1
Location	7,029,091 – 7,029,232
Length	141
Max. P	0.889165

overview

Window 1

Location	7,029,091 – 7,029,192
Length	101
Sequences	6
Columns	101
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	83.30
Mean single sequence MFE	-39.35
Consensus MFE	-30.48
Energy contribution	-31.27
Covariance contribution	0.78
Combinations/Pair	1.30
Mean z-score	-2.73
Structure conservation index	0.77
SVM decision value	0.95
SVM RNA-class probability	0.889165
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7029091 101 + 27905053
AAACUGGCUGGUGAACGGCACAGGGAGAUACCCUGUUCGAAUUGCCUGAAAACGGCACCUGGCCAUCUGAUCGAUCGCCAGUCGGCCAUCAAUGAGAUGUG
...(((((((((((..(((((((((.....))))))......(((((....).))))....))).((.....))))))))))))).((((.....)))).. ( -38.00)
>DroSec_CAF1 28560 101 + 1
AAACUGGCUGGUGAUCGACACAGGGAGAUACCCUGUUCGAAUUGCCUCCAAACGGCACCCGGCCAUCUGACCGAUCGCCAGUCGGCUAUCAAUGAGAUGUG
...((((((((((((((..((((((.....))))))(((...((((.......))))..))).........)))))))))))))).((((.....)))).. ( -39.30)
>DroSim_CAF1 43263 101 + 1
AAACUGGCUGGUGAUCGACACAGGGAGAUACCCUGUUCGAAUUGCCUGCAAACGGCACCCGGCCAUCUGACCGAUCGCCAGUCGGCCAUCAAUGAGAUGUG
...((((((((((((((..((((((.....))))))(((.((.((((((.....)))...))).)).))).)))))))))))))).((((.....)))).. ( -42.30)
>DroEre_CAF1 26798 101 + 1
GAGCUAGCUGGUGAUCGACACAGGGAUAUACCCUGCUCGAAUUGCCUGCAAACGGCAGCCGGUCAUCUGACCGAUCGCCAGUCGGCCAUCAAUGAGAUGUG
..((..((((((((((((..(((((.....))))).)))).(((((.......))))).(((((....))))).))))))))..))((((.....)))).. ( -43.80)
>DroYak_CAF1 28680 101 + 1
AAACUGGCUGGCGAUCGGCACAGGGAUAUACCCUGCUCGAAUUGCCUGCAAACGGCACCCGAUCAUCUGACCGAUCGCCAGUCGGCCAUCAAUGAGAUGUG
...((((((((((((((((((((((.....))))).(((...((((.......))))..))).....)).))))))))))))))).((((.....)))).. ( -46.40)
>DroAna_CAF1 31881 98 + 1
AAAAAAGAGAGUUCCGG---AAUGGACAAGCCCUGUCUGAAUUGCCUGCAACUGGUGCCGGAUCACCUGGCUGAUAGCUACUCGGCCGUGAAUGAGAUGUG
............(((((---...(((((.....))))).....(((.......))).)))))((((..((((((.......)))))))))).......... ( -26.30)
>consensus
AAACUGGCUGGUGAUCGACACAGGGAGAUACCCUGUUCGAAUUGCCUGCAAACGGCACCCGGCCAUCUGACCGAUCGCCAGUCGGCCAUCAAUGAGAUGUG
...((((((((((((((...(((((.....))))).......((((.......))))..............)))))))))))))).((((.....)))).. (-30.48 = -31.27 +   0.78)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	7,029,091 – 7,029,192
Length	101
Sequences	6
Columns	101
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	83.30
Mean single sequence MFE	-39.03
Consensus MFE	-26.81
Energy contribution	-27.65
Covariance contribution	0.84
Combinations/Pair	1.23
Mean z-score	-2.47
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	0.43
SVM RNA-class probability	0.732204
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7029091 101 - 27905053
CACAUCUCAUUGAUGGCCGACUGGCGAUCGAUCAGAUGGCCAGGUGCCGUUUUCAGGCAAUUCGAACAGGGUAUCUCCCUGUGCCGUUCACCAGCCAGUUU
...((((.((((((.(((....))).)))))).))))(((..((((((.......)))....((.((((((.....))))))..))...))).)))..... ( -37.90)
>DroSec_CAF1 28560 101 - 1
CACAUCUCAUUGAUAGCCGACUGGCGAUCGGUCAGAUGGCCGGGUGCCGUUUGGAGGCAAUUCGAACAGGGUAUCUCCCUGUGUCGAUCACCAGCCAGUUU
...(((.....)))....(((((((...(((((....)))))((((((.......)))...((((((((((.....)))))).))))..))).))))))). ( -40.60)
>DroSim_CAF1 43263 101 - 1
CACAUCUCAUUGAUGGCCGACUGGCGAUCGGUCAGAUGGCCGGGUGCCGUUUGCAGGCAAUUCGAACAGGGUAUCUCCCUGUGUCGAUCACCAGCCAGUUU
..((((.....))))...(((((((...(((((....)))))((((((.......)))...((((((((((.....)))))).))))..))).))))))). ( -44.00)
>DroEre_CAF1 26798 101 - 1
CACAUCUCAUUGAUGGCCGACUGGCGAUCGGUCAGAUGACCGGCUGCCGUUUGCAGGCAAUUCGAGCAGGGUAUAUCCCUGUGUCGAUCACCAGCUAGCUC
..((((.....))))((...((((.((((((((....))))(((((((.......))))......((((((.....))))))))))))).))))...)).. ( -41.50)
>DroYak_CAF1 28680 101 - 1
CACAUCUCAUUGAUGGCCGACUGGCGAUCGGUCAGAUGAUCGGGUGCCGUUUGCAGGCAAUUCGAGCAGGGUAUAUCCCUGUGCCGAUCGCCAGCCAGUUU
..((((.....))))((.(.((((((((((((.......(((((((((.......))).))))))((((((.....)))))))))))))))))).).)).. ( -47.90)
>DroAna_CAF1 31881 98 - 1
CACAUCUCAUUCACGGCCGAGUAGCUAUCAGCCAGGUGAUCCGGCACCAGUUGCAGGCAAUUCAGACAGGGCUUGUCCAUU---CCGGAACUCUCUUUUUU
.........(((.(((((..((((((....(((.((....)))))...)))))).)))..........(((....)))...---.)))))........... ( -22.30)
>consensus
CACAUCUCAUUGAUGGCCGACUGGCGAUCGGUCAGAUGACCGGGUGCCGUUUGCAGGCAAUUCGAACAGGGUAUCUCCCUGUGUCGAUCACCAGCCAGUUU
..(((((.((((((.(((....))).)))))).)))))....((((((.......))).......((((((.....)))))).......)))......... (-26.81 = -27.65 +   0.84)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	7,029,127 – 7,029,232
Length	105
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	89.46
Mean single sequence MFE	-43.59
Consensus MFE	-35.80
Energy contribution	-36.88
Covariance contribution	1.09
Combinations/Pair	1.09
Mean z-score	-1.89
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	0.10
SVM RNA-class probability	0.584625
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 7029127 105 - 27905053
ACCUUGUGGACGUCUGCAUUCGGGACCACACAGGCGCUGGCACAUCUCAUUGAUGGCCGACUGGCGAUCGAUCAGAUGGCCAGGUGCCGUUUUCAGGCAAUUCGA
.((((((((...((((....)))).)))))..(((((((((.(((((.((((((.(((....))).)))))).))))))))).)))))......)))........ ( -44.70)
>DroSec_CAF1 28596 105 - 1
ACCUUGUGGACGUCUGCAUUCGGGACCACACAGGCGCUGGCACAUCUCAUUGAUAGCCGACUGGCGAUCGGUCAGAUGGCCGGGUGCCGUUUGGAGGCAAUUCGA
.((((((((...((((....)))).))))...(((((((((.(((((.((((((.(((....))).)))))).)))))))).)))))).....))))........ ( -42.80)
>DroSim_CAF1 43299 105 - 1
ACCUUGUGGACGUCUGCAUUCGGGACCACACAGGCGCUGGCACAUCUCAUUGAUGGCCGACUGGCGAUCGGUCAGAUGGCCGGGUGCCGUUUGCAGGCAAUUCGA
.((....))..(((((((..((....).....(((((((((.(((((.((((((.(((....))).)))))).)))))))).)))))))..)))))))....... ( -48.10)
>DroEre_CAF1 26834 105 - 1
ACCUUGGGGACGUCUGCAUUCGGGACCACACAGACGCUGGCACAUCUCAUUGAUGGCCGACUGGCGAUCGGUCAGAUGACCGGCUGCCGUUUGCAGGCAAUUCGA
.....(....)(((((((..(((.(((.....(((((((((.((((.....)))))))....)))).))((((....)))))).).)))..)))))))....... ( -43.80)
>DroYak_CAF1 28716 105 - 1
ACCUUGGGGCCGUCUGCACUCGGGACCACACAGGCGCUGGCACAUCUCAUUGAUGGCCGACUGGCGAUCGGUCAGAUGAUCGGGUGCCGUUUGCAGGCAAUUCGA
.((....))..(((((((..(((.(((...(((....((((.((((.....)))))))).))).((((((......))))))))).)))..)))))))....... ( -44.00)
>DroAna_CAF1 31914 105 - 1
UCCUUGGGGCUGUCUGCACUGGGGACCACACAGGCGCUGGCACAUCUCAUUCACGGCCGAGUAGCUAUCAGCCAGGUGAUCCGGCACCAGUUGCAGGCAAUUCAG
....((((..((((((((((((.(.((.....)))(((((..(((((.......(((.((.......)).))))))))..))))).)))).)))))))).)))). ( -38.11)
>consensus
ACCUUGGGGACGUCUGCAUUCGGGACCACACAGGCGCUGGCACAUCUCAUUGAUGGCCGACUGGCGAUCGGUCAGAUGACCGGGUGCCGUUUGCAGGCAAUUCGA
.((....))..(((((((..(((.(((...(((...)))...(((((.((((((.(((....))).)))))).)))))....))).)))..)))))))....... (-35.80 = -36.88 +   1.09)

alignment

secondary structure

dotplot

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