Locus 2582

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,978,029 – 6,978,149
Length 120
Max. P 0.938246
window4212

overview

Window 2

Location 6,978,029 – 6,978,149
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 84.75
Mean single sequence MFE -37.49
Consensus MFE -28.97
Energy contribution -29.81
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.77
SVM decision value 1.29
SVM RNA-class probability 0.938246
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6978029 120 - 27905053
UCCAUUUAUCAUGCUAAACCCGUGAUCGGUUUGCCGAUCUUUAGUGAUCAGUUUUUCAACAUGGCUCAUGCCGAGCAAAACGGCUAUGGCAUAAUGCUGGACUUCAAGACGCUGAAUGCC
((((..(((.((((((...((((..(((((..(((((((......)))).(((....)))..)))....))))).....))))...)))))).))).)))).........((.....)). ( -33.50)
>DroPse_CAF1 48154 120 - 1
UCCAUAUAUCAUGGCAAGCCCGUCAUCGGUCUGCCGAUCUUCAGCGAUCAGUUCUUCAAUAUGGCCCACGCCGAACAGACCGGCUAUGGUAUUAUGUUGAACUUCAAGUCACUGAAGGCU
...........(((((.(.(((....))).)))))).(((((((.(((..(...((((((((((((...((((.......))))...)))..)))))))))...)..))).))))))).. ( -37.80)
>DroEre_CAF1 17331 120 - 1
UCCAUUUAUCAUGGCAAACCCGUGAUCGGAUUGCCGAUCUUCAGUGAUCAGUUCUUUAACAUGGCUCAUGCCGAGCAAACCGGCUAUGGCAUCAUGCUGGACUUCAAGACGCUGAAUGCC
............((((.......((((((....))))))(((((((.((.((((........(((....)))))))...(((((.(((....)))))))).......))))))))))))) ( -37.70)
>DroAna_CAF1 14054 120 - 1
UCCAUUUAUCAUGGCAAGCCAGUGAUUGGUUUGCCAAUCUUCAGUGAUCAGUUCUUCAAUAUGGCUCAUGCUGAGCAAGCGGGAUACGGUAUCAUGUUGGACUUUAAGAAUUUGAAGGCU
...........(((((((((((...))))))))))).(((((((..........(((((((((((((.....))))..((.(....).))..)))))))))..........))))))).. ( -36.45)
>DroPer_CAF1 48942 120 - 1
UCCAUAUAUCAUGGAAAGCCCGUCAUCGGUCUGCCGAUCUUCAGUGAUCAGUUCUUCAAUAUGGCCCACGCCGAACAGACCGGCUAUGGUAUUAUGUUGGACUUCAAGUCACUGAAGGCU
(((((.....))))).((((....(((((....))))).(((((((((..(...((((((((((((...((((.......))))...)))..)))))))))...)..))))))))))))) ( -42.00)
>consensus
UCCAUUUAUCAUGGCAAGCCCGUGAUCGGUUUGCCGAUCUUCAGUGAUCAGUUCUUCAAUAUGGCUCAUGCCGAGCAAACCGGCUAUGGUAUCAUGUUGGACUUCAAGACACUGAAGGCU
...........(((((((((.......))))))))).(((((((((........((((((((((((...((((.......))))...)))..)))))))))........))))))))).. (-28.97 = -29.81 +   0.84)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 10:39:51 2006