Locus 2551

Sequence ID 3R_DroMel_CAF1
Location 6,923,900 – 6,924,005
Length 105
Max. P 0.605036
window4164

overview

Window 4

Location 6,923,900 – 6,924,005
Length 105
Sequences 6
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.72
Mean single sequence MFE -35.17
Consensus MFE -21.25
Energy contribution -23.13
Covariance contribution 1.88
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.30
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 0.14
SVM RNA-class probability 0.605036
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3R_DroMel_CAF1 6923900 105 - 27905053
--GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCGAG------UAUUUGCGUUUGGCUAUUUCCAAAUGUUGCUCGUCCUUGAUGAGCAAUGUAAUAAGGCUUUGGCCGCAUC
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>DroSec_CAF1 72666 105 - 1
--GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCGAG------UAUUUGCGUUUGGCUAUUUCCAAAUGUUGCUCGUCCUCGAUGGGCAAUGUAAUAAGGCUUUGCCCGCAUC
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>DroSim_CAF1 72917 105 - 1
--GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCGAG------UAUUUGCGUUUGGCUAUUUCCAAAUGUUGCUCGUCCUCGAUGGGAAACGUAAUAAGGCUUUGGCCGCAUC
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>DroEre_CAF1 74562 111 - 1
--GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCCAGUACGAGUAUUUGCGUUUGGCUAUUUUCAAAUGUUGCUUGUCCUCGAUGGGAAAUGUAAUAAGGCUUUGGCCGCAUC
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>DroYak_CAF1 74531 105 - 1
--GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCCAG------UAUUUGCGUUUGGCUAUUUUCAAAUGUUGCUCGUCCUCGAUGGGCAAUGUAAUAAGGCUUUGGCCGCAUC
--((((((((((....((((((........).)))))------...((((((((((......))))))((((((((((...))))))))))))))..)))).))))))..... ( -37.70)
>DroAna_CAF1 70605 84 - 1
CGGGCCAAGU--GGUUCUGGCUAAGGUCGAGUGCGAA------UAUUUGCGUUUGCUUAUUUUGA---------------------AUAAGGUAAUAAGCCAAUGGACGCAUC
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>consensus
__GGCCAAGUCUGAUUCUGGCCUAGGUCAUGUGCGAG______UAUUUGCGUUUGGCUAUUUCCAAAUGUUGCUCGUCCUCGAUGGGCAAUGUAAUAAGGCUUUGGCCGCAUC
..((((((((((.....(((....(((((..((((((........))))))..)))))....))).(((((.((((((...)))))).)))))....)))).))))))..... (-21.25 = -23.13 +   1.88)

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